经络学说不仅可以说明人体的生理功能，在临床上也常用于阐释疾病的病理变化，同时对于指导疾病的诊断与治疗，也有极为重要的价值。
（一）阐释病理变化
在生理情况下，经络有通行气血、感应传导及联络脏腑组织等作用，而在发生病变时，经络也就成为病邪传播和反映病变的途径，故经络学说可用于阐释病理变化。
1．病邪传变的途径
经络内属于脏腑，外联体窍，加强了脏腑之间、脏腑和形体官窍之间的联系。经络的功能活动正常，气血运行通畅，各脏腑器官功能强健，则能抵御病邪的侵袭，防止疾病的发生。而当经络功能活动失常，则经气不利，病邪易于乘虚侵袭。在病理状态下，经络既可成为外邪由表入里的传播途径，亦可成为脏腑间病变相互影响的途径。《素问·皮部论》说：“邪客于皮则腠理开，开则邪入客于络脉，络脉满则注于经脉，经脉满则入舍于府藏也。”指出外邪侵犯体表，可通过经络的传导联系而内传脏腑。其传变规律一般为皮毛→孙络→络脉→经脉→脏腑。如外感寒邪，可由肌表内传肺、脾、胃等脏腑。表里脏腑之间的疾病，可以通过经络互相传变。如脾失健运，可影响胃的受纳和腐熟；大肠传导失司，可致肺失宣肃。非表里关系的脏腑之间，其病变也可以由经脉传变。如肝失疏泄，可以影响脾胃运化，因为足厥阴肝经入腹后，挟胃两旁，属肝络胆；肾阳亏虚，气化失司，水湿泛滥，可致水气凌心、射肺，因为足少阴肾经入肺，并注入胸中而络心。
2．内脏病变反映于体表的途径
由于内在脏腑与外周肢节、官窍等，通过经络密切相连，故内脏的病变也可通过经络，反映于体表的某些特定部位及官窍。如足厥阴肝经绕阴器，过腹，布胁肋，上连目系，故肝气郁结可见两胁及少腹痛，肝火上炎易见目赤肿痛，肝经湿热多见阴部湿疹瘙痒等。又如足阳明胃经入上齿中，手阳明大肠经入下齿中，故胃肠积热可见齿龈肿痛。胸痹、真心痛可表现为胸前区疼痛，且疼痛沿左侧手少阴心经循行路线放射至手臂内侧尺侧缘。
（二）指导疾病的诊断
由于经络有一定的循行规律，内脏病变常通过经络在相应的部位有所反映，所以可以根据经脉的循行部位以及所联系脏腑的生理和病理特点，来分析各种临床症状，以判断其病位、传变和发展趋势，从而指导疾病诊断。
1．循经辨证，判断病位
经脉各自有其特定的循行部位，因此，可以根据病变发生的部位，结合该部位经脉循行的情况，以推断病变所在的脏腑、经络。如腰部疼痛，多与肾有关；两胁疼痛，多为肝胆疾病；缺盆中痛，常是肺脏的病变。又如：可根据头痛的部位，确定病变所在经脉，痛在前额，多与阳明经有关；痛在两侧，多属少阳经病变；后头部及项部痛，多与太阳经有关；巅顶疼痛，多为足厥阴肝经之疾患。
2．按察腧穴，判断病位
腧穴是经气聚集的地方，是经络气血通达于体表的特殊部位。当脏腑病变时，病气常可在特定的腧穴等部位有较集中的反映，或表现为压痛，或呈现为结节状、条索状的反映物，或局部皮肤的色泽、形态、温度等发生变化。根据这些病理反应，即可推断疾病的部位。如肝病患者，肝俞穴或期门穴多有压痛；胆病患者，在胆俞穴及胆囊穴附近常有压痛；胃肠疾患者，在胃俞穴及足三里穴会有明显的痛觉异常；长期消化不良者，可在脾俞穴发现异常的变化；肺脏疾病患者，常可在肺俞、中府等穴有压痛。因此，在临床上，常用指压背俞穴、募穴或原穴的方法，通过对其异常改变的了解，以协助诊断疾病。
（三）指导临床治疗
1．循经取穴
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