神，是《内经》理论的重要内容，被称为人体精、气、神“三宝”之一，并且其理论体现于《内经》有关藏象、病机、病证、诊断、治疗、预后等各种学说之中，研究神的理论及其临床意义，具有极为重要的价值。《内经》中神的含义是很广的，有广义和狭义之分，下面分别论述之。
广义之神：《内经》中广义之神包含了神为天地之主宰、代表了自然界运动变化及其内在的规律，同时也是人体及动物生命力及生命活动的表现，这部分内容与中国古代哲学相关认识一脉相承。
第一，神为天地万物之主宰。《说文解字》曰：“神，天神引出万物者也。”徐灏注：“天地生万物，物有主之者曰神”，即天地万物的主宰。《广雅疏证》曰：“郑注《礼运》云：神者，引物而出。《风俗通》引《传》曰：神者，申也，申亦引也，神、申、引声并相近，故神或读为引。”又云：“神者，卷一云：神，引也。《尔雅》：引，陈也。神、陈、引古声亦相近。”可见，神具有申、引、陈之义，意为造就万物之主，产生万物之源，也就成为天地万物之主宰。随着人们认识水平的提高，逐渐把“神”看成是天地万物运动变化的内在规律，正如《中国大百科全书·哲学》云：“神，最初指主宰自然界和人类社会变化的天神，后来经过《易传》和历代易学家、哲学家的解释，到张载和王夫之，演变为用来说明物质世界运动变化性质的范畴。”从神含义的演变过程看，无论是天神，还是天地万物的主宰，或是运动变化的内在规律，都没有脱离主宰之义。《内经》并不承认神造就了人身，但却认为人体的主宰是神，如《灵枢·天年》云：“失神者死，得神者生”，举凡诊法、治疗、养生等，无一不以神为首位。《内经》更把神与人身之主、人身之本、君主之官等紧密结合起来，如心为君主之官而主神明。又如五脏为人身之本而均藏神，故有“五神脏”之称，进而建立了以五脏为中心的藏象系统。
第二，神代表自然界运动变化及其规律。有人从“神”字演变出发认为，神，从示申。申，电也。电，变化莫测，故称之为神，正如《易·系辞上》“阴阳不测谓之神。”神之示旁亦为周时所加。电字周以前无雨旁。人们先见电之天象，然后感悟到它有支配天地万物的作用，把它作为自己膜拜的对象，而加示为神。可见，神的一个基本含义就是指自然界的一些现象及其产生的原因，即自然界运动变化及其规律。《内经》继承了神的这一基本含义，如《素问·阴阳应象大论》说：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也”。《素问·气交变大论》云：“天地之动静，神明为之纪，阴阳之往复，寒暑彰其兆”。其“神明”即指自然现象与自然界变化的原因。
第三，神代表人体及动物之生命力及生命活动的现象。人体及动物之所以有生命，全在于内在神机，即生命力。《素问·五常政大论》：“根于中者，命曰神机，神去则机息。”机，《庄子·至乐》：“万物皆出于机，皆入于机”，成玄英疏：“机者，发动，所谓造化也。”神机，即说明神乃万物生命过程的内部主宰，乃造化之机，故《素问·玉机真脏论》说：“天下至数，五色脉变，揆度奇恒，道在于一，神转不回，回则不转，乃失其机。”若神机丧失，则无论如何高超的治疗技术也无法挽救生命，故《素问·汤液醪醴论》云：“形弊血尽而功不立者何？岐伯曰：神不使也”。张介宾注云：“凡治病之道，攻邪在乎针药，行药在乎神气，故治施于外，则神应于中，使之升则升，使之降则降，是其神之可使也。若以药剂治其内而脏气不应，针艾治其外而经气不应，此其神气已去，而无可使矣。虽竭力治之，终成虚废已尔，是即所谓不使也。”神还泛指人体外在的生命活动现象，举凡人之目、形、色、脉、语言、动作等，均有“得神”与“失神”之别。
狭义的神：《内经》中的狭义之神尤指人的精神心理活动，以现代心理学来看，《内经》中的神既包括了感知觉、记忆、思维与想象等认知过程和意志过程，也包括情感过程，还包括个性心理特征等内容。不仅继承了中国古代哲学的认识，而且又有所发挥。其内容主要有以下几方面。
第一，感知觉、记忆、思维与想象。这些属人的认知过程，也是人的最基本的心理活动。如《灵枢·本神》云：“所以任物者谓之心，心有所忆谓之意，意之所存谓之志，因志而存变谓之思，因思而远慕谓之虑，因虑而处物谓之智。”
第二，意志过程。它是自觉地确定目的并根据目的来支配和调节自己的行动，克服困难，从而实现预期目的的心理活动过程。
第三，情感。《内经》中神的含义之一指情感，即七情--喜、怒、忧、思、悲、恐、惊。情感是人对客观事物态度的体验，是人的需要和客观事物之间关系的反映，其中往往是以是否满足人的需要为中介。
第四，睡眠。睡眠本属于人的生理过程，不在心理活动范畴之列，故现代心理学并不单独讨论睡眠问题。但中医学则十分重视睡眠，把失眠、嗜睡、多梦等列入神志疾患范畴，认为睡眠由神所主，神静魂藏，则安眠。故《内经》认为睡眠也是人的神志活动表现之一。
第五，人格体质。人格，是《内经》中神的含义之一，也是现代心理学研究的重要内容。它主要表现为个人在对人、对己、对事、对物等各方面适应时所形成的态度、趋向和所显示的独特个性。体质，属于生理和病理学范畴，主要指遗传禀赋、生理素质等多方面的个体差异，不过中医学的“体质”含义，也有认为当包括心理素质者。
此外，《内经》中神还有一些其他含义：第一，可指代某些脏腑及气血的功能，如《素问·调经论》云：“神有余则笑不休，神不足则悲”，其中的“神”指的是心；《灵枢·九针十二原》云“所言节者，神气之所游行出入也。”指的是经气。第二，指鬼神。《内经》虽也数次提及鬼神，如《素问·五脏别论》云：“拘于鬼神者，不可与言至德”，《灵枢·贼风》云：“其所从来者微，视之不见，听而不闻，故似鬼神”等，但往往均不是用一个“神”字代表，而是“神”前加“鬼”字而成。可见，《内经》认为神与鬼神其概念并非等同，并对鬼神的存在及其作用，持彻底否定的态度。它之所以提及“鬼神”概念，也是为了批评这一当时社会上存在的观念而已。
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