《黄帝内经》中的五运六气理论知识是以气—阴阳—五行—神理论为基础，应用干支甲子为演绎工具，论述天时气候与人类生存环境的变化关系、论述与气候变化相关的脏腑疾病流行特征，以及如何预测、治疗疾病。藏象、气机气化、组方法度、治则治法都是以五运六气知识为背景提出的，舍此则无以求治其文化源头和理论根基。这就是认为五运六气理论所凝练的学术立场是中医药理论发展的“臬圭”和“准绳”的理由。
之所以运气理论凝练出的学术立场是中医药理论发展 的“臬圭”和“准绳”，不是虚妄之词，而是有其充分理由的。
藏象之论
藏象理论是《黄帝内经》（简称《内经》）专论五运六气理论10篇中的《素问·六节藏象论》在论述运气理论相关内容的基础上，以“藏象”为命题，强调从事物共性和个性两方面的认识方法。原文以草木为例，肯定了万物禀受阴阳之气的不同有多有少。尽管万物皆由阴阳二气所生，条件相同，但禀受的阴阳二气是有差别的，这就表现为世界万物千差万别的复杂性。原文以草之五味变化“不可胜极”，五色变化“不可胜视”，以此说明万物的复杂内涵。当然，万物变化的千差万别，不仅与其禀受的阴阳之气多少有关，还与万物本身的物种有关，与土壤气候等条件有关，与当年相关气运特点有关。人类作为自然界万类物种的一员，也有禀受阴阳之气多少的问题，就每一个体胎孕中五脏六腑，乃至皮肉筋脉骨五体、眼耳口鼻舌五官、爪面唇毛发五华等的先天发育过程，或者在后天各自行使不同机能之时，对于不同时空的阴阳之气发生的气运变化，无不存在着“嗜欲不同，各有所通”和“天地之运，阴阳之化，其于万物，孰多孰少”的通应气化关系，此即如“岁有胎孕不育，治之不全，何气使然……六气五类，有相胜制也，同者盛之，异者衰之，此天地之道，生化之常也”（《素问·气交变大论》）。所以该篇将五运理论与藏象内容一并论述，在于突出人体脏腑不仅与人体外在的生理、病理之象相应，而且与人类生存的自然环境中的气运之象、物象相通相应。这也是该篇将此两个貌似截然不同体系的知识列为一章论述的良苦用心。而这一理念全面体现于运气理论的临床应用之中，如《素问·至真要大论》所论不同气运条件下的脏腑疾病流行特征、不同气运条件所致脏腑病证的临床表现特征、不同气运条件下所致脏腑病证的临床组方、用药特点等，无一不是藏象知识在运气理论中的具体应用。
病机之论
《素问·至真要大论》率先提出“病机”概念，认为掌握病机的重要性和病证与病机的归属关系，从而奠定了“审察病机，无失气宜”的辨证大法。这既是该篇辨证之大纲，也是医生治病必须细察疾病变化的关键所在(“审察病机”)，同时还要结合气候变化去立法制方(“无失气宜”)，才能得到满意的效果。在该篇原文中提出了掌握病机的重要性。病机学说是《内经》作者在应用运气理论指导临床实践经验中凝练的心得，是其实践经验的结晶，因而自其形成之日至今，不仅对中医临床实践有重要的指导意义，而且也奠定了中医病机学说的基础，指导后世病机学说的发展，因而成为中医病机理论的灵魂和源头。
标本之论
《素问·至真要大论》认为，“夫标本之道，要而博，小而大，可以言一而知百病之害。言标与本，易而勿损；察本与标，气可令调。”对于《内经》中标本的含义，马莳认为，“标本之义，至广至详，有天地运气之标本，有病体之标本，有治法之标本”。诸如《素问》的《六元正纪大论》《六微旨大论》皆言天地运气之标本；《素问·标本病传论》及《灵枢·病本》乃以病之先后论标本；《素问·汤液醪醴论》以病者、医者分标本。《素问·至真要大论》则以风、寒、湿、热、燥、火（暑）六气为本，以三阴三阳为标。故而以《内经》运气理论为主创立的标本知识就成为后世中医药学标本理论的根基。
气化理论
气化是中华民族传统文化的重要范畴，也是《内经》所论生命科学知识体系中的重要命题，先秦诸子但凡论气，无不涉及气化的内涵。但是，作为“气化”词语，则是在《内经》之中首次运用，自此就成为中医药学的重要理论而广受关注。
气化，是指气的运动及其所产生的变化。要解读《内经》中的“气化”意涵，务必要对所论“气”和“化”的原文内涵有所认识，才能够全面而深刻理解其中的意义。仅就“化”字而言，《素问》中出现了524次，《灵枢》中出现了34次，而“气化”术语仅在《内经》中出现了13次，其中12次是以五运六气理论为背景加以应用的。仅以“化”而言“气化”之义，主要有：①天地间阴阳之气相互作用所导致万事万物的一切变化，如《素问·六节藏象论》之“天地之运，阴阳之化，其于万物，孰多孰少”者是；②天地间一切事物（包括人类）的新生过程及其所需的能量，所以张介宾解释为“变化之薄于物者，生由化而成，其气进也；败由变而致，其气退也，故曰变化之相薄，成败之所由也”；③生物生、长、化、收、藏过程中“化育、孕育”的阶段（包括人类的生、长、壮、老、已），五行中“土”主“化”，如《素问·六元正纪大论》的“长化合德，火政乃宣，庶类以蕃”之高世栻所释“化，土气也”，即是；④运气术语。风、热、暑、湿、燥、寒六气的运行变化及其相应的自然界变化（包括气运变化对人体的影响），如《素问·气交变大论》之“各从其气化也”即是其例；⑤人体脏腑及其精气所发生的一切生理变化以及能量、信息的转化（此中又有《素问·阴阳应象大论》所论“精化为气”之人体精、形和各项机能，源于药食性味的气化活动；《素问·天元纪大论》之“人有五藏化五气，以生喜、怒、思、忧、恐”所说的情感活动是五脏之精的气化结果）；⑥特指阳气运化津液的作用和过程（《素问·灵兰秘典论》）等内容。
在《内经》运气理论12次论气化中，认为风、热、暑、湿、燥、寒六气的运行变化及其相应的自然界的一切变化，包括气运变化对人体的影响，自此以后逐渐成为中医药理论中的重要概念而加以广泛应用。
气机升降理论
《内经》五运六气理论缔造的中医药学知识将人体这一复杂的物质和能量的代谢过程，高度地、形象地用“升降出入”予以概括。这是脏腑经络、阴阳气血矛盾运动的基本过程。阴阳气血既是内脏活动的物质基础，又是在内脏的矛盾运动中所产生。升降出入是泛指体内所有物质的运动和变化，这一过程包括精微物质的吸收、敷布、利用及相互转化和能量代谢，同样亦包括所有机体各部分利用后的尾废物质的转化、运送和排除过程。人体内物质这一复杂的升降出入运动是在神的统一支配下，每一脏腑组织各自以不同方式的升降出入运动，参与机体的总体运动。生命活动总的画面是由各个脏腑功能活动的分画面有机组合的结果。由此可见，人体气机升降出入运动，非指一两种物质，亦非指一两个脏腑单独活动的结果。所谓非指一两种物质，就是说体内每一种物质都有自己的升降出入运动方式，而且一切代谢中的物质，又都是围绕整体气机的升降出入而运动。所谓非指一两个脏腑，就是说人体每一脏腑器官都有自己的升降出入的运动方式，而所有的脏腑器官又都是围绕整体气机的升降出入运动进行着协调的活动。所以一切人体内物质的最基本、最重要的活动方式，不局限于任何一物质或任一脏腑。此即文中所说的“升降出入、无器不有”（《素问·六微旨大论》）之义。由于气机的升降出入运动是对人体脏腑功能活动的基本形式的概括，能使体内外物质在新陈代谢过程中产生升降与出入的变化，并保持协调关系。所以自《内经》的五运六气理论始，就把人体生命活动的基本过程高度地概括为气机升降出入运动。故有“气之升降，夭地之更用也”“高下相召，升降相因而变作矣”“非出入，则无以生长壮老已，非升降，则无以生长化收藏”之论。可见，气机的升降出入运动和新陈代谢一样，是生物体(植物和动物体的总称)的生命基本特征之一，是维持生物体生长、繁殖、运动过程中化学变化的总称。体现于生命活动的各个环节，贯穿于生命活动的始终。
组方法度
为“主病之谓君，佐君之谓臣，应臣之谓使”（《素问·至真要大论》），这是《内经》依据运气理论背景为中医药学临床治病时遣药组方所立的规矩，并且依据气运变化，示范了如何依据六气淫胜时的疾病流行特点进行组方。在具体组方法度中，又有“君一臣二，奇之制也；君二臣四，偶之制也；君二臣三，奇之制也；君二臣六，偶之制也”（《素问·至真要大论》）之规定，此后《神农本草经·卷一·叙录》之“药有君、臣、佐、使以相宣摄合和”又有进一步的发挥，自此成为历代医家遵循的臬圭和准绳。
治则治法
《内经》不仅确立了丰富的治则治法理论，并且结合相关理论给予了多彩的临床应用使用范例，这是在讨论运气原文所传载治病方法中最为丰富而详尽的凝练，如治病求本、标本缓急、正治反治和因时、因地、因人治宜等法则。
治标治本原则认为，临证治病，务必要做到制方有法度，治病明标本。只有明乎病生于本或生于标，才能“可以言一，而知百病之害”，所以就从辨证求因的角度，并紧扣气候变化，论述了百病之生于本或生于标和中气及其治法。“病反其本，得标之病，治反其本，得标之方。”就是说，病有标本，生于本者，生于风寒湿热燥火；生于标者，生于三阴三阳之气。如太阳为诸阳之首，而本于寒水。又若病本寒反得太阳之热化，谓病反其本，得标之病，治宜反用凉药以治热，谓治反其本，得标之方。余仿此类推。治病必求其本，求本即可以治标。
再如正治反治原则，提出了“逆者正治，从者反治”“微者逆之，甚者从之”（《素问·至真要大论》）。再如因时、因地、因人制宜原则，《素问·六元正纪大论》之“用凉远凉，用寒远寒，用温远温，用热远热，食宜同法”则是“因时制宜”原则的具体应用之例；《素问·五常政大论》之“高者气寒，下者气热，故适寒凉者胀，之温热者疮，下之则胀已，汗之则疮已，此凑理开闭之常，太少之耳”就是因地、因人制宜治则应用的例证。虽然《内经》多篇具有治病方法的内容，但真正奠定中医药治病法则的应当是在传载运气理论的篇卷之中。
此处仅就以上七个方面的相关内容，简要地表达了《内经》传载的运气理论是中医药学的灵魂和准绳的理由。据此可以看出，如果不明白五运六气理论，就很难从深层次上理解上述奠定中医药理论基础的重要概念及其理论的背景和本源意义。这也能体现五运六气理论在中医药学中的重要地位。
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