《伤寒论》的治疗原则，总的说来，不外祛邪和扶正两个方面，而且始终贯串着“扶阳气”、“存阴液”和“调整阴阳”的基本精神，以达到邪去正安，阴阳平衡的目的。此外，在病情错综复杂，表里证混同出现的情况下，还府根据随证施治的精神，权衡病情的表里先后和轻重缓急，制定出先表后里、先里后袭，或表里同治之法。
扶正祛邪六经病的产生均是在正气不足的前提下因感受外邪而引起的，“邪之所凑，其气必虚”，因而六经病的治疗自始自终围绕着扶助正气，驱遂病邪这个基本原则。所谓扶助正气是指扶阳气和存阴液两个方面，阳气是指机体正常的生理活动机能，阴液则是维持机体活动的物质基础，它们共同维护生命、保持机体的健康。正气旺盛，就能抵御外邪。因此说，扶正就是调动人体抗御病邪的能力，以消除病理上的损害。祛邪则是借助药物力量，将引起致病的外邪通过一定的途径驱除出去。扶正是为了有效的祛邪，祛邪是为恢复健康创造条件。
调整阴阳祖国医学认为阴阳平衡的失调是引起病理改变的重要原因，因此调整阴阳就成了治疗上的重要原则。如《素问·至真要大论》说：“谨察阴阳所在而谰之，以平为期。”其具体方法主要包括扶阳抑阴和存阴制阳。在六经病中，凡阴盛阳虚的病证，治疗时都应该用“扶阳抑阴”的方法。如阴证，寒证多以阳气的盛衰和存亡来决定病势的进退和吉凶，因此在治疗上时刘都要注意固护阳气。《伤寒论》中的理中汤，四逆汤、白通汤、附子汤、真武汤等方剂，都是为扶阳、回阳、抑制阴寒之邪而设。相反对于阳盛阴虚的病证则当采用“存阴制阳”的方法，如在阳热亢盛的时候，用清热法时就应考虑保存津液。白虎汤的作用，主要在于清热、制止阳邪，但目的是保津；承气汤的作用是通里攻下，但目的在予存阴。又如少阴热化证在病理上是阴虚阳亢，治疗更是以存阴为主，因为阴液的存亡，对预后吉凶有非常密切的关系。由此可见，扶阳押阴和存阴制阳有同等重要的意义。
表里先后治则在疾病的形成和发展过程中，各种证候往往混同出现。当表里同病时，应按表里证的先后缓急，采取相应的治疗措施。一般的说，表热里实之证宜先解表后治里，若先治其里，必致表邪内陷，则可造成下利、结胸、痞证等变证。而表热里虚之证宜先补里虚，后解表邪，如先后颠倒，不惟表邪不能外解，而且会伤及正气，使里虚之证加重，甚至引起亡阳虚脱之变。但在表里同病，缓急比较均衡的情况下，又应表里兼治。如太少两感脉沉、四肢不温、发热、无汗，治疗上就应使用麻黄附子细辛汤或麻黄附于甘草汤温里达表。又如里有蕴热，外感风寒，症见恶寒发热、不汗出而烦躁，则可用大青龙汤解表清里。
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