传说明代中期，少林寺和尚智正被朝廷任命为提督僧。有一次，智正和两名弟子去西凉（今甘肃兰州到嘉峪关一带），途中遇到歹徒12个人拦道行凶。智正和两名弟子奋起自卫，歹徒打不过，偷偷使用暗器，一个弟子当场被暗器打死，另外一个弟子中了暗器，昏迷过去。智正想起随身带的珍玉散，立刻给昏迷的弟子灌下。没多久，这个弟子就醒了过来。智正又用止血散帮他敷在伤处，过了一会儿，受伤的弟子恢复了精神，可以继续赶路了。
上面是少林寺书籍里记载的一则真实故事。在武侠小说里，嵩山少林寺的“还魂汤”“人力金刚丸”等被奉为圣药，传得神乎其神。
据记载，南朝宋齐间竺潜，字法深，人称深公，俗姓王，晋丞相武昌郡公王敦之弟。他精于医，著《僧深药方》（或称《深师方》），已佚，部分幸存于《外台秘要》《医心方》，其中有不少伤科方药。《深师方》记载了“疗从高坠下伤内”蓄血方，“疗堕落瘀血”汤方，“疗折腕伤筋骨”膏方，磋跌仆绝“急救方药”，“预备金疮”散方等，是中国少林伤科中最早记载骨折、筋伤、内伤、金疮的方书，标志着中国少林伤科的产生。
少林伤科源流
明清时期，中医伤科发展为两大学派，即重视脏腑辨证论治的温补伤科和重视气血经脉、点穴治伤的少林伤科。公元495年，印度僧人跋陀前来嵩山落迹传教，因而敕建少林寺。公元527年，印度高僧达摩到嵩山传授禅宗。达摩祖师编制了达摩十八手和心意拳，旨在健体防身。此外还有《诸导气诀》和《易筋经》《洗髓经》传世，为少林武术形成奠定了基础。而历代高僧大多法、武、医兼通，效国利民，闻名于世，更多的僧医擅伤科医术，开创了少林武术伤科。
明嘉靖二年（公元1523年），异远真人经过多年的民间搜集，整理出《跌损妙方》一书，少林伤科的真传秘方才为世人所知，异远真人因此被尊为少林伤科之始祖。明末至清中晚期，一些拳术技击家相承异远真人的按穴治伤、依穴位而加减用药的治疗法而自成伤科派系。中、晚清以后，战事纷乱，武术气功门派日益繁多，少林寺门徒有流散各地之趋势，再加上江考卿《江氏伤科方书》和赵廷海《救伤秘旨》的问世，使少林伤科技法逐渐流传于江湖跌打正骨医生手中。现今在浙江绍兴地区广为盛行的“三六九”伤科，为浙江世传著名伤科之一，原系“下方寺西里房伤科”，也是身出寺僧，源于少林，医武并蓄，针灸推拿并用。
在少林医药书籍当中，绝大部分为关于少林寺伤科的著作，如《少林寺秘方铜人薄》《少林寺跌打急救方》《少林寺存下班中铁打妇科万应良方》等。民间有《少林寺十二时辰十二穴秘方》《少林寺军阵伤科秘传》《少林寺跌打伤科万应方》等流传。清道光十三年（公元1833年）刊印了一本《少林寺伤科》。少林伤科的理论基础，如气血和经络等，和中医理论是一样的。在治疗上，少林伤科有极富自身特色的手法，包括“正骨手法”“点穴治病”等，也有一些非常好的药方，如“少林寺十三味总方”等。
现代中医骨伤科界中，与少林伤科有源流关系的医家不少，他们继承师传，发扬其特色，为发展中医骨伤事业作出不少贡献。
少林伤科三大特色
独特诊断 少林伤科诊断上有自己独特的方法，《少林真传伤科秘方·验症吉凶》较详细介绍四望诊伤方法，即望眼、甲（爪）、脚底、阳物。少林伤科长期以中医辨气血、经络、脏腑、阴阳为基础，以辨穴道、辨脉象、辨特异征象、辨脏腑绝证为方法。其中，辨穴道是少林伤科特有的。《江氏伤科方书》（成书于1840年）记载人体有小穴72处，大穴36处。其中论打中小穴，伤重亦无妨，打中大穴，虽轻难治亦死。因此，跌打损伤，“验伤何穴，其毒或轻或重，或深或浅，详细察明，治疗方可无误”。又认为12血头穴、36大穴、26要害穴都是禁打点的，如果被点伤即凶。根据现代解剖学，36大穴主要分布在头和胸腹部，一旦受伤，就有可能出现不同程度的颅脑、胸腹脏器的损伤，严重者往往危及患者生命。
精于骨伤整复 通于正骨学会“卸骨法，即精正骨科，诚非虚语”（《少林绝技卸骨》）。技击家认为“能卸骨，能上骨，称治手”，否则是“死手”，其技虽精，实不足取，学习卸骨（擒拿）以后，进而学伤科自然容易。接骨上骱，有赖功夫，臂脱胫折，一推一揉，一擒一拿，立刻恢复原状，消除痛苦。少林伤科对骨折、脱臼、筋伤等，重视手法整复。《少林真传伤科秘方》《少林寺跌打奇验全方》详细记述了颅骨躯干、四肢骨折和肩、腕、肘、膝、腕、指、趾脱臼的手法整复，以及“夹绑”固定法。颈椎压缩性骨折、脱臼，少林伤科采用仰卧位足踏带牵引整复法，较之明代采取悬吊带牵引整复有了较大进步。
善于点穴 少林点穴颇为神奇，武医术精者一举足能制强敌于死，亦可略施手法，而使垂危的患者救活。点穴主要是阻滞气血流行，使全身受到钳治；若能开启门户，使气血复其流行，经脉疏通，病伤自愈。如某时点人，闭住其穴，则气血必滞于其穴之后。少林点穴法有一套辨证施治手法将常用的点摸、点打、点揉、点划手法归为补、泻、温、清四法，遵循《内经》“虚则补之，实则泻之，寒则温之，热则清之”的治则，应用于骨折、筋伤、脱臼、内伤和各种杂病的治疗，为少林伤科一大特色。
少林伤科方药特点
少林伤科认为轻伤皮肉或筋脉，止血为第一重要，须先止血，然后内服药物培其元气。掺药止血，常选用桃花散、旱金枪方、圣金刀散、珍珠八宝散；敷药止血法，常选用少林止血散、少林万能止血散、少林金伤散、杨家枪伤散；单方止血，如鲜马灯草。内服药选用外伤见血主方加减。
金疡红肿溃烂或溃烂不愈，采用内外结合治疗。内服解毒祛腐、消肿止痛、生肌收敛药物，常选用金枪烂方、金伤愈灵丹；外用敷贴拔毒生肌药散等膏药，常用少林拔毒生肌散、少林观音膏，明清僧医临床特效药膏少林万应膏、少林回春膏、少林拔膏、少林白衣菩萨膏。
对于破伤风病，少林伤科辨病与辨证结合，按邪居表或半表半里进行论治，强调预防。凡破伤后，防风邪由创侵入，可先服托里散，外敷玉珍散，以防之。风邪在表，时或寒热，筋惕搐弱，脉浮弦，宜汗之散之，羌活防风散，或千里奔散或雄鼠散。风邪在半表半里，头微汗，身无汗宜汗和之，宜羌活汤或羌麻汤。风邪传入里，口禁舌强，项背反张，筋惕搐弱，痰涎壅盛，宜祛风止痉，玉真散或消风散，或有便秘，宜江膘丸或大芎黄丸。
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