《金匮要略》在《内经》、《难经》的理论指导下，运用脏腑，经络、气血、阴阳、表里、寒热、虚实以及外感、内伤等理论阐述了多种杂病的证治，而以脏腑经络学说为基本的理论依据。除《脏腑经络先后病》、《五脏风寒积聚病》作为篇名提出外，这一理论依据，主要体现在下列几个方面：
论述整体观念
人体五脏之间、五脏与六腑之间、脏腑与经络之间都有密切的联系，一脏有病会影响他脏，在治病时要注意照顾整体。本书一开头就举肝病为倒，说明见到肝病要防止传脾，应当先调补脾脏。这种整体观念贯穿于全书的始终。人体是统一的，而人与自然的关系也是不可分割的，自然界的不正常气候常常是引起疾病的重要原因。但是，只要“五脏元真通畅，人即安和”，就能适应气候变化，抵御外部侵袭。
说明发病情况
内伤杂病发于里，反缺脏腑的病变，而在疾病过程中由于感受外邪，往往又兼见经络病变，病情比较复杂，治疗肘必须分别先后，这就是《脏腑经络先后病》篇名的由来，疾病的发展变化虽多，但首先是病邪乘虚南经络传入脏腑。病因必须通过脏腑经络而发生作用，一切疾病的根本原因在人体内部变化，离开了脏腑经络，病因也就失去存在的意义。
划分证候类型
本书按疾病分篇，既重视辨病，又注意辨证，它是在辨病的基础上辨证，认为证候的产生，是脏腑经络发生病变的反应。故在划分证候类型时，以脏腑经络为中心。例如中风病分在络在经、入腑入脏，在络最轻，在经较重，入腑入脏，则病势深、病情重。五脏风寒证分中风与中寒两类，有肺中风、肺中寒，肝中风、肝中寒等等。这种划分证型的用意在于阐明五脏受邪后由内到外的一系列病理政变。痰饮咳嗽病除分四饮外，又分别提出水在心、水在肺，水在脾、水在肝和水在肾。水气病在划分证型上也有类似情形，在风水、皮水等等证候外，还有心水、肝水、脾水、肺水、肾水等名称。
此外，病位不同，病机相同的，有肺痈与肠痈，肝着与肾着。病位相同，而病机相异的有肺痿、肺痈、肺胀，胃反，胃实等等。
阐述病理
《金匮》阐述病理的基本形式是以脏腑经络为主体，结合气血阴阳，寒热虚实，边叙脉症，边说机理，以揭露人体内在矛盾。如肺痿肺痈咳嗽上气病篇指出虚寒性肺痿的病理是“肺中冷”。《五脏风寒积聚病》篇论三焦病证说：“大肠有寒者多骛（鸭）潴，有热者便肠垢”；论邪哭（无故悲伤哭泣）的病理是“血气少”、“心气虚”。《血痺虚劳病》篇阐述虚劳挟瘀的病理是“经络营卫气伤，内有干血”等等。
论证脉象
脉象的变化，反映气血活动的变化，而气血产生于脏腑，流动于经络，因此，脏腑经络病变必反映于脉。《金匮》常通过脉象来阐明脏腑病变。例如论肺痿肺痈时说：“脉数虚者为肺痿，数实者为肺痈。”论消渴的中消证说：“趺阳脉数，胃中有热，即消谷引食。”论黄疸的病理说：“寸口脉浮而缓”，“脾色必黄，瘀热以行。”说明由于感受外邪，导致脾湿蕴郁化热，发为黄疸。
判断预后
内伤疾病的根源在于内脏的变化，其预后好坏也决定于脏腑本气的虚实和病势的趋阳。所以本书以“入脏”“入腑”为判断预后的重要依据，有“唇口青、身冷，为入脏即死”，“身和、汗自出，为入腑即愈”之说。由于五脏为阴，主内，六腑为阳，主_外，“六腑气绝于外”，“五脏气绝于内”，则变证丛生，预后不良。
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