子午流注治病的原理是根据宇宙间自然周期变化规律和气的上下、升降、沉浮发展起来的。在中国著明的哲学家老子所著的《道德经》中载有：“人法地，地法天，天法道，道法自然。”即是说人的气血升降环周规律从大地的五行水火升降规律得来；地的水降火升是效法天的太阳对海水的蒸发变为雨云的升降，而它又是效法日月阴阳道路周期的升降规律而形成的。
在人体之中，气血是循经络运转周流不息，这种周流即是流注。自然界的各种周期变化，都属于流注的范畴，如水、火的相互交并产生真气的上下升降。天地云雨、河海周流有节奏、有季节的变化，人体的气血流注盛衰与之相应。子午流注就是效法天地日月运转所发生的人体气盛气衰现象，掌握了盛衰规律即可调理气血。如《素问·脉要精微论》说：“是故冬至四十五，阳气微上，阴气微下；夏至四十五日，阴气微上．阳气微下。”又如《素问·六节藏象大论》中说：“五日谓之候，三候谓之气。”说明自然界的阴阳消长，气候变化是无休止的。五天之中有一个小变化，谓之候；一年三百六十五天分为七十二候。十五天之中则有一个较大的变化，这就产生了二十四节气。
在自然界无论动物还是植物均有其自身的生物钟，如雄鸡报时在寅、桂花中秋开放。自然界的光热、温度、潮汐对生物有着不同的影响。人类生活在大自然之中，必与大自然变化相适应。如《灵枢·岁露论》说：“人与天地相参也，与日月相应也，故月满则海水西盛，人血气和，肌肉充，皮肤致，月郭空，则海水东盛，人气血虚，其卫气去，形独居。”这说明月亮不仅对海水有吸引力，从而引发海水涨潮落潮，还对人体气血盛衰有着影响。古人根据这种规律，提出了“凡刺之法，必候日月星辰，四时八正之气，气定乃刺之……是故天温日明，则人血淖液，而卫气浮……月始生，则气血始精，卫气始行；月郭满，则血气实，肌肉坚；月郭空，则肌肉减，经络虚，卫气去，形独居。是以因天时而调血气也”（《素问·八正神明论》）。人们观察到日月星辰的运行是有规律的，进而制定了岁、时、节气的时序；认识到四季变化和月的朔望晦弦对人的影响，产生了天人相应的观点；认识到人体气血和各脏腑对周围环境的刺激会产生一定的反应，进而提出产生了子午流注学说及其指导下的治疗方法。
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