子、丑、寅、卯、辰、巳、午、未、申、酉、戍、亥，是古人记时的十二个符号，统称“地支”。 “子午”是十二地支中的两个支。子为初，亦是阳之始，阴之终，为23时至次日l时；午为阳之终，阴之始，从11时至13时。“子午”不仅表示一天昼夜的阳阴盛衰，还表示一年四季的阴阳盛衰；阴历十一月为“子”，十一月里冬至阴尽阳生；五月为“午’，五月里夏至阳尽阴生。昼夜长短和气候温凉寒热周而复始，然而人处于自然界中，人体气血的循环，必然受大自然的影响，周而复始，有规律地变化着。因此，根据天人相应的阴阳进退规律，按时循行取穴、调整阴阳气血的偏盛偏衰，都可应用“子午流注”来表示人体气血盛衰的流注规律。
“流注”中，流指流动，注指灌注、集中。它将人体血气比作水，从子到午，从午到子，循环流注。随着时间的变换。阳阴各经气血有盛有衰，犹如海水涨潮退潮，有固定的时间一样。潮水能够定时涨退，主要是由于日、月，的吸力。因此，古人认为人体的气血和各部分的组织，亦受日月吸力的影响，将产生各种不同的反应。正如《灵枢·岁露论》所说：“人与天地相参也，与日月相应也；故月满则海水西盛，人血气积，肌肉充，庋肤致……至其月郭空，则海水东盛，人气血虚，其卫气去，形独居。" 《素问·八正神明论》对气血和日月的关系及其对于针灸的影响进一步指出：“法天则地，台以天光”，“凡刺之法，必候日月星辰四时八正之气，气定，乃刺之。是故天温日明，则人血淖液，而卫气浮，故血易泻，气易行；天寒日阴，则人血凝泣，而卫气沉。月始生，则血气始精，卫气始行；月郭满，则血气实，肌肉坚；月郭空，则肌肉减，经络虚，卫气去，形独居。是以因天时而调血气也”。这就把血气和日月的关系直接联系起来，认为日光有阴晴寒暖的不同，遂使气血有浮沉聚散之变异。月郭有空满盈亏的现象，亦使气血有虚实增减的感应。因此，季节和时间与治疗有着密切的关系。
古人用“子午流注”来预知人体气血定期性的盛衰，根据长期积累的经验，体会出：一日之中，气血周流盛衰的时间，以十二经的六十六穴为主，规定了每一日、时经穴的开闭及针治最当的时机。经穴在开时，气血当盛，如潮汐之涨；阖时气血衰退，如潮汐之退，并从阴经转入阳经或从阳经转入阴经。气血在周身的循环，先后盛衰不同，相互交错地流注着。虽然如此，可是很有规律，如同潮水的定期涨退一样。此即“子午流注”定名的意义。
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