子午流注取穴法主要包括“纳甲法”、“纳子法”和“纳络法”三种。
纳甲法
纳甲法是根据日天干开穴，天干起于甲，故称纳甲法。其原则如《针灸大成》云：“按日起时，循经寻穴，时上有穴，穴上有时。”这个原则说明两个问题，一是根据时辰开穴，二要循经开穴。
（一）按时推算
根据时干支的顺序推算取穴，它的规律是阳日阳时开阳经之穴，阴日阴时开阴经之穴，这个规律是指开井穴而言的。与此同时：天干属阳主进，故天干由甲→乙→丙→丁→戊→己→庚→辛→壬→癸。地支属阴主退，故由戌→酉→申→未→午→巳→辰→卯→寅→丑→子→亥。
开井穴的时辰和天干与值日天干一致，故甲戌→足窍阴，乙酉→大敦，丙申→少泽，丁未→少冲，戊午→厉兑，己巳→隐白，庚辰→商阳，辛卯→少商，壬寅→至阴，癸亥（癸丑）→涌泉，即阳始丁亥行于丑。
（二）循经开穴
循经开穴是根据时干配以脏腑阴阳并按照“井、荥、输、经、合”五行相生的顺序来开穴，即每日在开井穴之后，按照阳时开阳经，阴时开阴经的规律和五输五行相生的顺序开穴。归纳起来的要点有“经生经，穴生穴”、“返本还原”、“日干重见”、“气纳三焦”、“他生我”、“我生他”、“血归包络”。下以胆经为例解释。
经生经，穴生穴——每一天开取井穴后，欲得知以后各个时辰应开的穴，即按“经生经，穴生穴”的原则，如胆经开穴如下。
甲→丙→戊→庚→壬（阳干）
胆→小肠→胃→大肠→膀胱（经生经）
井→荥→输→经→合（五输穴）
金→水→木→火→土（五行，阳井金）
返本还原：子午流注规定，每当开输穴（第三个穴位）的时候要同时开值日经的“原穴”。例如胆经值日，开陷谷（输穴）的同时要开胆经原穴丘墟。同样，肝经值日，开太白（输穴）的同时开肝经原穴太冲，这就称为返本还原。
重见及重见穴——天干重逢就是重见。甲日胆经值日，从甲戌时足窍阴起，接着丙子、戊寅、庚辰、壬午，最后是甲申时，两“甲”相逢，称为“重见”，在重见时所开的穴位称为重见穴。
气纳三焦——三焦主气属阳，为阳气之父，凡是阳经值日，它的重见穴都是三焦经的五输穴，这种配属方法的专用名词称气纳三焦。
他生我——“他”是指重见穴的五行属性，“我”指值日经的五行属性。例如，液门是三焦经的荣穴属木，胆经属木，按五行相生为“水竹生“木”，所以叫“他生我”。
我生他——指值日经与重见穴的五行相生关系。“我”指的是值日经，“他”指心包经。例如，肝经值日，五行属木，重见穴劳官为荥火穴，因木生火，故称“我生他”。
血归包络——心包主血，为阴穴之母，属阳，凡是阴经值曰，其重见穴都是心包经的五输穴，这种配属方法专用名词为血归包络。
甲日胆经值日
时辰：甲戌→丙子→戊寅→庚辰→壬午→甲申（日干重见）。
时间：19～21时，23～1时，3～5时，7～9时，11～12时，15～17时。
经脉：胆→小肠→胃→大肠→膀胱→三焦（气纳三焦）。
穴别：井→荥→输→经→合→荥。
穴位：足窍阴→前谷→陷谷→阳溪→委中→液门（水生木即他生我）。
五行：金→水→木→火→土→水。
乙日肝经主气
时辰：乙酉→丁亥→己丑→辛卯→癸巳→乙未（天干重现）。
时间：17～19时，21～22时，1～3时，5～7时，9～11时，13 ～15时。
经脉：肝→心→脾→肺→肾→心包（血归包络）。
穴别：井→荥→输→经→合→荥。
他）。
五行：木→火→土→金→水→火。
关于纳甲法的开穴，徐氏逐日按时开穴歌有较为有趣的概括，具体如下。
甲日戌时胆窍阴，丙子时中前谷荥，
戊寅陷谷阳明输，返本丘墟木在寅，
庚辰经注阳溪穴，壬午膀胱委中寻，
甲申时纳三焦水，荣合天干取液门。
乙日酉时肝大敦，丁亥时荥少府心，
己丑太白太冲穴，辛卯经渠是肺经，
癸巳肾宫阴谷合，乙未劳宫水穴荥。
丙日申时少泽当，戊戌内庭治胀康，
丙午时受三焦木，中渚之中仔细洋。
丁日未时心少冲，己百大都脾土逢，
戊日午时厉兑先，庚申荣穴二间迁，
壬戌膀胱寻柬骨，冲阳土穴必还元，
戊辰气纳三焦脉，经火支沟刺必痊。
己日巳时隐白始，亭未时中鱼际取，
庚日展时商阳居，壬午膀胱通谷之，
甲申临泣为输木，合谷金原返本归，
丙戌小肠阳谷火，戊子时居三里直，
庚寅气纳三焦合，天井之中不用疑。
辛日卯时少商本，癸巳然谷何须忖，
乙未太冲原太渊，丁酉心经灵道引，
壬日寅时起至阴，甲辰胆脉侠溪荥，
三焦寄有阳池穴，返本还原似的亲，
壬子气纳三焦寄，井穴关冲一片金，
关冲属金壬属水，子母相生恩义深。
癸日亥时井涌泉，乙丑行间穴必然，
丁卯输穴神门是，本寻肾水太溪原，
包络大陵原并过，己巳商丘内踝边，
辛未肺经舍尽泽，癸酉中冲包络连，
子午截时安定穴，留传后学莫忘言。
子午流注纳子法
子午流注纳子法是根据地支开穴，具体有以下两种运用方法。
（一）补母泻子法
根据《内经》“虚则补其母，实则泻其子”的治疗原则，在某经经气旺时行泻法，经气衰时行补法。例如肺实证，应在肺经所旺的寅时针刺肺经合水穴——尺泽，并行泻法；肺虚证，则应在肺经始衰时，即卯时针刺肺经母穴、土穴太渊，并行补法。如果补泻时辰已过或不虚不实的病证，则在该时辰里取本穴或原穴，行平补平泻手法。原文是指十二经之原穴，阴经以输代原，阳经自有一原穴。阳经治原即以治输，阴经治输即以治原，原穴有调整脏腑之气及三焦之气的作用。本穴指该穴的五行属性和该经的五行属性相同，如肺经为金，经渠为金，故肺经的本穴为经渠。
（二）按时循经取穴
它是以一天分为十二时辰，一个时辰分配一经，并不局限于某一时辰内应取某穴，仅是规定了某时辰配合某经在这个时辰里，该经自起点到终点的各穴都可以适用。如肺经的疾患，均可在寅时选肺经的穴位治疗。这种方法的理论依据是明代李梃《医学入门》，书中云：“手太阴肺经，每朝寅时从中府起，循臂下行，至少商止。手阳明大肠统卯时自商阳起至迎香止。足阳明胃经，辰时自迎香穴交于承泣穴，上行至头维，对人迎循胸腹下，至足趾厉兑穴止。足太阴脾经，巳时自足阳明交与隐白，循腿腹上行，至腋下大包穴止。手少阴心经，午时自大包交与极泉循臂行至小指少冲穴止。手太阳小肠经，未时自少冲交与少泽，循肘上行，至听官穴止。足太阳膀胱经，申时自听宫交与睛明，循头颈下背腰臀腿，至足至阴穴止。足少阴肾经，酉时自至阴交与涌泉，循腋上行，至胸俞府穴为正。手厥阴心包络，戌时自俞府穴交与天池，从手臂下行，至中冲穴止。手少阳三焦经，亥时自中冲交与关冲，循臂上行，至耳门穴止。足少阳胆经，子时自耳门交与瞳子髂，循头耳两胁下行，至足窍阴穴止。足厥阴肝经，丑时自窍阴交于大敦，循膝股上行，至期门穴为止”。以上所述的流注时间，完全以一天中的12个时辰为主，每一个时辰配合一经，如辰时为胃经所旺时辰，从起点到终点45个穴位均可根据病情选用。
子午流注纳络开穴法
纳络开穴法应归入子午流注纳子法范畴。纳子法是在某经旺的时辰里，从起点到终点的各穴位均可选用。而纳络开穴法是开值时经的络穴，在此同时开对称经的络穴。络穴联系表里阴阳二经，同时开2个络穴，能调整4条经脉的经气，使之恢复正常。临床多用于气滞血瘀所致的各种痛证。
例如：某患者于某日9时10分由于风寒之邪阻滞经络而诱发的落枕就诊，此时正好为足太阴脾经值时，故取脾经络穴公孙（双侧），在取对称经手少阳三焦经之络穴外关（双侧），配以足太阳膀胱经之天柱穴（双侧），用泻法，动留针15分钟后，颈部活动自如。
灵龟八法
灵龟八法，亦称为“奇经纳卦法”。它主要是将日、时、干支的4个基数加在一起，然后按阳日被9除，阴日被6除，用其剩余之数，再找符合九官八卦基数的开穴治病的方法。
灵龟二字，按《尔雅·释鱼》记载，龟可分为十种：“一曰神龟，二曰灵龟，三曰摄龟，四曰宝龟，五曰文龟，六曰筮龟，七曰山龟，八曰泽龟，九曰水龟，十曰火龟”，其中就有一种为灵龟。李时珍说：“在山曰灵龟，皆国之守宝……年至百千，则具五色，而或大或小，变化无常。”刘向《说菀》说：“灵龟文五色，似玉似金，背阴雨阳，上隆象天，下平法地……蛇头龙胫，左睛象日，右睛象月，千岁之化，下气上痛，能知存亡吉凶之变。”因此，它既是古代人卜吉凶的神灵，而且最早的文字——古人认为最神圣的卜辞也刻在它的背甲上。《淮南子》说：“牛蹄彘颅，亦骨也，而弗灼，必问吉凶于龟者，以历岁久矣。”可见龟的长寿引起人们的顶礼膜拜，它和龙凤麒麟被誉为古代的四灵。 《周易通义》释：“灵龟，代指财宝，财富。”晋代葛洪《抱朴子》一书记裁：“千岁灵龟……以羊血浴之，乃剥取其甲，火炙捣服与寸匕，日三，尽一具，寿千岁。”可见灵龟的含义有二：其一说明灵龟八法有神灵变化之功；其二是把此法视为财宝，以喻其珍贵。
