取穴原则是取穴依据，当疾病确诊后，用哪些耳穴进行治疗，根据什么原则选择穴位，这是采用耳针治疗首先要解决的问题，取穴的正确与否直接关系到疾病的疗效。耳针的取穴原则一般根据下列五个方面进行：
一、相应部位取穴：即根据人体的患病部位，在耳郭的相应部位（耳穴）取穴，如胃疾，取“胃”穴；肩关节周围炎取“肩关节”穴等等。这种取穴方法，是耳针取穴的基本方面。
二、藏象辨证取穴：是根据祖国医学戴象学说的理论，按照各脏腑的生理功能和病理表现进行辨证取穴的方法。如脱发，藏象学说认为“肾其华在发气故取“肾”穴来治疗；又如藏象学说认为卫肺主皮毛”，故取“肺”穴来治疗各种皮肤病；再如治疗心血管疾病时，根据藏象学说：“心与小肠相表里”取“小肠“穴往往能取得满意效果等等。
三、经络学说取穴：按经络学说取穴，分为循经取穴及经络病候取穴；
1.循经取穴是根据经络循行部位取穴。如坐骨神经痛（后支），其部位属足太阳膀胱经的循行部位，即取”膀胱”穴治疗。又如偏头痛，其部位属足少阳胆经的循行部位，故取“胰胆穴来治疗。
2.按经络病候取穴是根据经络之“是动则病”“所生病”的病候来取穴。如齿油，手阳明大肠经是动则病为齿痛，故取大肠“穴来治疗。再如，手少阴心经……是主“心”所生病者（目黄、胁痛、腐臂内后廉痛、掌中热痛），则可取“心”穴来治疗。
四、按现代医学理论取穴：耳穴中有许多穴位是根据现代医学理论命名的，如交感、皮质下、肾上腺、内分泌……等等。这些穴位的功能是与现代医学的理论一致的。如交感穴，是近代研究发现此穴有近似交感神经和副交感神经的作用而命名的。又如肾上腺穴，是近代研究发现此穴有近似肾上腺的功能而命名的．因此，必须用现代医学的理论来理解和运用这些耳穴。如胃肠疾患与植物神经系统有关，可取“交感”穴；又如肾上腺所分泌的激素有抗过敏、抗炎、抗风湿等作用，可取”肾上腺”穴来抗过敏、抗炎、抗风湿等等。
五、按临床经验取穴：是在临床实践中发现某个（或某些）穴位对治疗某病有效而取用之，如腰腿痛，取“外生殖器”穴；肝昏迷用”耳尖“放血；老花眼取“枕”穴等等。
每症取穴之多寡，应根据病情和上述五点取穴原则，进行全面考虑后选用。各论中列出的“主穴”和“配穴”，可根据上述原则选用2-3个主穴，再选用1-2个配穴。
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