针灸疗法最早见于战国时代问世的《黄帝内经》一书。《黄帝内经》说：“藏寒生满病，其治宜灸”，便是指灸术，其中详细描述了九针的形制，并大量记述了针灸的理论与技术。两千多年来针灸疗法一直在中国流行，并传播到了世界。而针灸的出现，则更早。
远古时期，人们偶然被一些尖硬物体，如石头、荆棘等碰撞了身体表面的某个部位，会出现意想不到的疼痛被减轻的现象。古人开始有意识地用一些尖利的石块来刺身体的某些部位或人为地刺破身体使之出血，以减轻疼痛。古书上曾多次提到针刺的原始工具是石针，称为砭石。这种砭石大约出现于距今8000至4000年前的新石器时代，相当于氏族公社制度的后期，人们已掌握了挖制、磨制技术，能够制作出一些比较精致的、适合于刺入身体以治疗疾病的石器，这种石器就是最古老的医疗工具砭石。人们就用"砭石"刺入身体的某一部位治疗疾病。砭石在当时还更常用于外科化脓性感染的切开排脓，所以又被称为针石或 石。《山海经》说："有石如玉，可以为针"，是关于石针的早期记载。中国在考古中曾发现过砭石实物。可以说，砭石是后世刀针工具的基础和前身。
灸法产生于火的发现和使用之后。在用火的过程中，人们发现身体某部位的病痛经火的烧灼、烘烤而得以缓解或解除，继而学会用兽皮或树皮包裹烧热的石块、砂土进行局部热熨，逐步发展以点燃树枝或干草烘烤来治疗疾病。经过长期的摸索，选择了易燃而具有温通经脉作用的艾叶作为灸治的主要材料，于体表局部进行温热刺激，从而使灸法和针刺一样，成为防病治病的重要方法。由于艾叶具有易于燃烧、气味芳香、资源丰富、易于加工贮藏等特点，因而后来成为了最主要的灸治原料。
“砭而刺之”渐发展为针法，“热而熨之”渐发展为灸法，这就是针灸疗法的前身。
针法起源于我国南方，灸法起源于我国北方(见《黄帝内经?异法方宜论》)。随着自2600 BC开始的对鲁西豫东荒地的大开发，来自四面八方的移民纷纷涌入鲁西豫东地区，使这一地区成为龙山文化时代(2600 BC-2000 BC)中国人口最多密度最大的区域。众多人口产生了大量医疗服务需求，来自南方的针疗法和来自北方的灸疗法分别被南北移民带入鲁西豫东地区。鲁西豫东地区古称“东方”，《王制》：“东方曰夷”。所以针灸疗法可以被视为我国古代东夷族的文化贡献。这一点，《黄帝内经》有清楚的记载，其《异法方宜论》篇曰：“砭石者，亦从东方来。”全元起注《素问》曰：“东方之人多痈肿聚结，故砭石生于东方。”伏羲被古今学者公认为东夷族首领，因此，针法所用针具被体系化标准化为“九针”(参见本百科词条“九针”)的功劳被归于伏羲。《路史》之《后纪一》引《帝王世纪》：“太昊(伏羲)制九针，以拯夭枉。”不过，文献也同时把这功劳归于黄帝。《备急千金药方》序言：“黄帝受命，创制九针。”这是因为伏羲和黄帝是同时代人，在位的时间很接近，所以把医疗器材标准化的功劳同时归在这两位帝王名上是说得通的(据《针灸甲乙经》作者皇甫谧在其史学著作《帝王世纪》中的记载，伏羲之都是今淮阳，而黄帝曾都于曲阜，这两个都城都在鲁西豫东地区)。查《三皇五帝年表》(另见本百科词条“三皇五帝年表”)，伏羲在位时间是2400 BC至2370 BC，黄帝在位时间是2337 BC至2307 BC。所以，中国针灸疗法和针具系列正式形成的时间在2400 BC至2300 BC这一百年间，地点在鲁西豫东地区。
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