《内经》中的阴阳理论，虽还带有哲学烙印，但具有了丰富医药学知识的自然科学特征，赋予阴阳理论以新的生命力，并得以完整系统表述和传承。
《内经》之所以要用阴阳知识构建生命科学知识体系，这与阴阳理论是国人固有、原创的世界观和方法论不无关系。
阴阳理论是研究其概念、特性、相互关系及其在生命科学中具体应用的知识体系，《黄帝内经》先后四次对阴阳概念予以定义，全面展示了阴阳特性、阴阳相互关系，并从其具体应用中示人以为何要运用这一观念来构建自己的知识体系。只有认真阅读其中的相关原文，才能对此有一深刻而系统的理解。
阴阳概念及其发生
阴阳概念源于古人在长期生产、生活中“近取诸身，远取诸物”（《易·系辞下》）的取象思维。阴阳概念的初意，是人们通过对太阳活动及其产生的向光、背光，温热、寒凉，晴天、阴天等自然现象长期的观察和体验，在“远取诸物”取象思维下产生和抽象的。 如阳和阴字的写形得到证实。“有日则为阳，无日则为霒（阴）”。阴阳概念的发生，就是“太阳的启示”。
《诗经》是最早使用阴阳词语的古代文献。其中所涉及的阴和阳所指，不外乎有：向光面和背光面、温热和寒凉、明亮和晦暗等意。春秋战国至西汉时期，阴阳概念被广泛地用以解释天地万物及其运动变化规律，如认为“阴阳者，天地之大理也。四时者，阴阳之大经也”（《管子·四时》）。“春夏秋冬，阴阳之更移也；时之长短，阴阳之利用也；日夜之易，阴阳之变化也”（《管子·乘马》）。在对阴阳有如此深刻认识的基础上，便有了“一阴一阳之谓道”（《易传·系辞上》）的抽象。
阴阳理论形成并被广泛运用的秦汉，正是《内经》的医学理论构建时期，这一世界观和方法论就被逐渐地引入于医学领域，广泛地用以解释生命现象和相关的医学知识，并逐渐地与医药知识融为一体，成为中医理论的重要组成部分。
因此《内经》中的阴阳理论，虽还带有哲学的烙印，但具有了丰富医药学知识的自然科学特征，赋予阴阳理论以新的生命力，并得以完整系统的表述和传承。
《内经》先后四次对阴阳概念进行定义，明代张介宾将经文中的定义概之曰：“阴阳者，一分为二也”，这是对阴阳意涵的高度概括，揭示了阴阳是“天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也。治病必求于本”（《素问·阴阳应象大论》）。这里所表达的阴阳，是对自然界相互关联的某些事物、现象属性对立双方的概括，是对物质世界运动变化规律的抽象。既可表示同一事物内部存在的对立两个方面，更多的是揭示自然界相反相成的两种（或两类）物质及其现象的属性。
事物的阴阳属性特征及其医学意义
《内经》中阴阳概念是应用最多的关键词，其涉及医学领域中的各个方面。
相关性
阴阳的相关性指大凡对事物进行阴阳属性归类时，其所归类的事物，务必是相互关联的，不相关联则不能归类其阴阳属性，如“天地者，万物之上下也；阴阳者，血气之男女也；左右者，阴阳之道路也；水火者，阴阳之征兆也；阴阳者，万物之能始也”（《素问·阴阳应象大论》）。无论其中的血气、男女、水火、左右、上下等，无不是在相互关联的背景下的阴阳属性归类。否则，不相关联的事物不予以阴阳属性的归类。
抽象性
阴阳概念的抽象性指天地万物的变化规律被凝练为“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪”的时候，已不再是《诗经》所指日光向背等的意涵，而是可以表达诸多事物变化规律的术语，即“阴阳者，有名而无形”（《灵枢·阴阳系日月》）之意。大凡《内经》所用的阴阳术语，多属于此。
普遍性
阴阳的概念普遍用于对自然界万事万物的认识，大日月星辰，小到脏腑气血、药食性味，毫无例外地应用阴阳知识予以归纳、解释，如气与血，脏与腑，物质与功能、亢奋与抑制、寒凉与温热、辛甘与酸苦、男与女、太阳与太阴等。即所谓 “阴阳者，数之可十，推之可百，数之可千，推之可万，万之大不可胜数，然其要一也”（《素问·阴阳离合论》）之义。
相对性
阴阳概念的相对性是指属于阴或阳的两方是相对的，而非绝对。
阴阳的可分性
即阴中有阳，阳中有阴。如人体脏腑的阴阳属性，六腑属阳，五脏属阴，而五脏中肺心属阳，肝脾肾属阴；药食气味如“阳为气，阴为味……味厚者为阴，薄者为阴之阳，气厚者为阳，薄为阳之阴”（《素问·阴阳应象大论》）。故有“阴中有阴，阳中有阳”（《素问·金匮真言论》）之说。
阴阳在一定条件下可以相互转化
阴可转化为阳，阳可转化为阴。但阴阳转化，必具一定条件。如“寒极生热，热极生寒”，“极”就是必备条件。《灵枢·论疾诊尺》也说：“四时之变，寒暑之胜，重阴必阳，重阳必阴……寒甚则热，热甚则寒……此阴阳之变也。”“阴阳之变”就指阴阳间的互相转化。另如四季气候的变迁，兴奋和抑制的转化，热证治疗失误可以转化成寒证等，都说明在一定条件下的阴阳互相转化。
事物阴阳属性划分是变化的
划分事物阴阳属性的前提改变，事物的属性也随之而变。如人体“背为阳，阳中之阳，心也；背为阳，阳中之阴肺也；腹为阴，阴中之阴肾也；腹为阴，阴中之阳肝也；腹为阴，阴中之至阴脾也”（《素问·金匮真言论》）。说明事物的阴阳属性划分，不是固定不变的。在划分前提改变时，其属性也可改变。这可解释事物的多变性、运动性、复杂多样性，使之更符合自然规律。
阴阳属性的严格规定性
不可反称性
在划分阴阳的前提条件不改变的前提下，相对立的两个事物或同一事物内部相互对立的双方属阴属阳的属性不能反称，不可颠倒。如在严格规定条件下的阳虚证、阴虚证，以及相应的补阳补阴治法，是不能颠倒称谓的，有重要的指导意义。
严格规定性
《内经》中的阴阳仅局限于对人体某些有严格限定某些物质和作用的概括，这就是“本体阳”、医学中严格规定的“阳”、是对人体具有温热、兴奋、气化、推动、弥散、外向、升举等作用或特性的事物及其功能的表达，或称“阳气”，如果呈病理性亢盛则“阳胜则热”，如其不足则“阴胜则寒”。医学中严格规定的“本体阴”，是对人体具有滋润、抑制、收敛、凝聚、内守、沉降等作用或特性的事物及其功能的表达，或称“阴气”，当其病理性太过则有“阴胜则寒”，不足则“阴虚则热”。这种属阴属阳的认定，是有严格前提条件的，不能颠倒，这是其又一特征。
阴阳的相互关系
阴阳对立统一法则在《内经》中涉及面很广，就其相互关系而言，有以下方面：
阴阳互藏
阴阳互藏是关系中的基础、前提。《内经》之“阴中有阴，阳中有阳”就表达了阴阳互藏之意。无论属阴、或属阳的事物，都蕴含有阴阳两方面，这是事物能够发生、存在、发展的内在基础。故有“天本阳也，然阳中有阴；地本阴也，然阴中有阳，此阴阳互藏之道”（《类经·运气类》）之论。
阴阳交感
阴阳二气在运动变化中有相互交泰、相互感应的作用。如“天气下降，气流于地；地气上升，气腾于天，故高下相召，升降相应，而变作矣”（《素问·六微旨大论》），及“天有阴阳，地亦有阴阳……动静相召，上下相临，阴阳相错，而变由生也”（《素问·天元纪大论》）。相召、相错、相临，即指阴阳二气有相互感应与交合、交流作用，这是自然界事物发生运动变化的根源与动力。正因为阴阳双方不断地进行着物质的、信息的交流，才使得双方能够发生诸如对立制约、互根、互用、消长、转化等作用。
阴阳互制
阴阳相互制约关系，指阴阳双方是对立、制约的。如“阴胜则阳病，阳胜则阴病”，及“积阳为天，积阴为地。阴静阳躁，阳生阴长，阳杀阴藏。阳化气，阴成形”中所讲的刚躁与柔静、动与静就是阴阳的相互制约、消长，产生了自然界的正常运动，人体亦然（《素问·阴阳应象大论》）。说明阴阳的制约、消长失调，会导致疾病的发生。双方通过相互制约而达到“阴平阳秘”（《素问·生气通天论》）状态，是指阴阳在相互对立制约中取得的动态平衡。
阴阳互根
阴阳互根是指对立统一的阴阳双方，都是以对方的存在为前提、依据，如果离开对方的存在，己方也就失去存在的意义。此即阴根于阳，阳根于阴。如“阴在内，阳之守也；阳在外，阴之使也”（《素问·阴阳应象大论》）就指事物内部的阴阳双方，彼此间互为前提的关系，故有“阴阳又互为其根，阳根于阴，阴根于阳”（《医贯砭·阴阳论》）之说。
阴阳互用
阴阳互用是指在阴阳相互依存的基础上，双方又能相互促进、相互资助，如“阴者，藏精而起亟也；阳者，卫外而为固也”（《素问·生气通天论》），是指二者的互用关系，故有“阴不可无阳，阳不可无阴”“阳无阴以生，阴无阳以化”（《质疑录》）。
阴阳相互消长
阴阳的相互消长是指阴阳之间在一定时间、一定限度内，彼此之间不断地进行着此消彼长，或此长彼消的运动变化之中。此又有阴阳对立状态下的彼此消长和阴阳互根前提下的同消同长。前者如一年四季的阴阳消长，如“冬至四十五日，阳气微上，阴气微下；夏至四十五日，阴气微上，阳气微下”（《素问·脉要精微论》），及“阳胜则阴病，阴胜则阳病”之例；后者如阳损及阴、阴损及阳的病理，即为阴阳同消,故有“阴阳互藏其宅，故伤其阳即及其阴，伤其阴亦及其阳”（《吴医汇讲·阴阳常变论》）；而治疗学中的益气养血法、补血益气法、阳中求阴法、阴中求阳法均属其例。
阴阳转化
阴阳相互转化是指对立的双方，在一定条件下可以向其各自相反的方向转化，即“阳可变为阴，阴可变为阳”（《类经附翼·医易》）。阴阳转化是阴阳消长运动发展到一定阶段，事物内部双方的本质属性发生了改变。如若阴阳消长是事物运动过程的量变过程，那么阴阳转化就是事物矛盾运动中的质变。《素问·阴阳应象大论》就运用“寒极生热，热极生寒”“重寒则热，重热则寒”“重阳必阴，重阴必阳”分别从病证转化、气候转化、四季伏邪发病三个角度论述了阴阳的转化关系。
阴阳自和
阴阳自和是指事物内部的阴阳双方，在对立、互根、消长、转化过程中，通过自身的“胜复”机制而趋于新的和谐有序状态，即属“自和”机制。有胜则有复，胜多则复多，胜少则复少（《素问·至真要大论》）机制，就从自然界气候变化中的角度表达了阴阳间的自和规律。
阴阳平秘
阴阳平秘是指对立统一的阴阳双方，经过自和机制而自动趋于动态平衡状态，自然界的六气通过“胜复”机制，于总体状态复归于协调有序。在人体则是“阴平阳秘，精神乃治”（《素问·生气通天论》）。这是指人体在生命进程中，不断通过阴阳自和机制，保持各生命阶段的和谐有序状态。各种养生方法，都是辅助人体自身的阴阳自和机制并使之稳固，确保机体的“平秘”状态。
《内经》在构建生命科学知识体系时，全面应用了阴阳之间上述种种关系，才形成了独特的、有现实意义的“阴阳和态健康观念”（《灵枢·本脏》）。
为何用阴阳构建生命科学知识体系
《内经》之所以要用阴阳知识构建生命科学知识体系，这与阴阳理论是国人固有、原创的世界观和方法论不无关系。
阴阳乃宇宙万物变化的总规律
“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀（shái衰退）之本始，神明之府也，治病必求于本”（《素问·阴阳应象大论》）。这是《内经》在对阴阳概念及相关理论深刻认识的基础上，将其引入医学领域，用以揭示与人体生命相关事物或生命活动本身的奥秘、构建医学理论的思维方法。
《内经》用以释疑解惑
《内经》认为，“明于阴阳，如惑之解，如醉之醒”（《灵枢·病传》），是当时开启人们步入探索生命奥秘殿堂大门的钥匙，因此广泛地运用这一世界观和方法论来构建其医学理论体系，将此前逐渐形成的阴阳哲学观念与医学内容融合为一体，成为源于而又深刻于哲学的标志，是中医理论体系发生的文化基因。
阴阳理论可全面解释人体生命过程
《内经》是在“生之本，本于阴阳”(《素问·生气通天论》）的阴阳生命观念指引下，全面应用阴阳理论解释生命现象。以“人生有形，不离阴阳”（《素问·金匮真言论》）说明人体组织结构；以“阴平阳秘，精神乃治”（《素问·生气通天论》）说明人体生理状态；用阴阳失调概括人体疾病的基本病机；用“善诊者，察色按脉，不离阴阳”（《素问·阴阳应象大论》）突出阴阳理论在诊法、辨证中的地位；在“谨察阴阳所在而调之，以平为期”（《素问·至真要大论》）原则下，指导治则治法的确立乃至临床各种治疗方法的实施等。
第一次用阴阳理论解释生命科学
阴阳理论形成的先秦，时逢《内经》构建生命科学知识体系之时，必然将其引入医学领域。先秦“阴阳者，天地之大理也”“春秋冬夏，阴阳之推移也；时之短长，阴阳之利用也；日夜之易，阴阳之化也”（《管子·四时》）等阴阳观念，直接成为《内经》阐述生命科学知识中阴阳理论的运用，这就是“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪”。因此，《素问·阴阳应象大论》则是中华民族传统文化中第一次应用阴阳理论解释生命科学知识的范例。
应用阴阳理论举例
阴阳理论体现于《内经》所构建的生命科学知识体系的所有层面，如：阴阳解释人体脏腑结构，至今都是中医药理论中研究脏腑知识的依据；用以解释人体生理机能；分析病因性质和发病规律；归纳相关病机；指导临床诊断和辨证思维；指导制订相关的治疗原则和治疗方法；用于对药物性味功效的分析；指导建立养生理论和调养方法等。
大道至简，在中华民族传统文化中，《内经》第一次全面而系统地阐述了阴阳理论这一中国人的思维模式，此处仅以部分原文为例，表达阴阳理论在构建医学知识中的作用及其意义。《内经》构建的生命科学知识体系充分凸显了原创的阴阳思维套路，这就是张介宾所说的“医道虽繁，而可以一言以蔽之者，曰阴阳而已”（《景岳全书·传忠录》）。
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