章太炎精于《伤寒论》文献研究及理论研究，他的研究成果至今犹有重大价值。1994年上海人民出版社出版《章太炎全集》，2016年重加编写再次出版，内有多篇《伤寒论》文献考据论文。
章太炎以《宋版伤寒论》为依据，将王叔和注语寻出，不仅确证王叔和绝未改窜经文，而且确证宋本《伤寒论》正文中有许多王叔和注语。这是一个前无古人的发掘工作。此前，人们读的多是成无己《注解伤寒论》，而成无己对《伤寒论》正文中包含王叔和注语不曾知晓。读赵开美白文本《伤寒论》者，对正文中的王叔和注，亦无所考、无所知。章太炎对王叔和注语的揭示与分析有重大意义。下引章太炎《论〈伤寒论〉原本及注家优劣》之文：
明赵清常所刻《伤寒论》有二：一单论本，为林亿等校定者；一为论注本，即成无己所注者。单论本方下时有叔和按语（大字者，叔和按语也；夹注者，林亿校语也）而成注本多删之。如云：
“疑非仲景方、疑非仲景意”者，凡得四条：1.芍药甘草附子汤方下云：疑非仲景方（68条）；
2.黄连汤方下云：疑非仲景方（173条）；
3.蜜煎方下云：疑非仲景意，已试甚良（233条）；
4.小青龙汤方下云：荛花不治利，麻黄主喘，今此语反之，疑非仲景意（39条）。
亦有明源流，较同异者，凡得七条：
1.柴胡桂枝汤方下云：本云人参汤，作如桂枝法，加半夏、柴胡、黄芩，复如柴胡法，今用人参作半剂（146条）；
2.生姜泻心汤方下云：附子泻心汤，本云加附子。半夏泻心汤、甘草泻心汤，同体别名耳。生姜泻心汤，本云理中人参黄芩汤，去桂枝、朮，加黄连，并泻肝法（157条）；
3.大柴胡汤方下云：一方加大黄二两，若不加，恐不为大柴胡汤（103条）；
4.麻黄杏子甘草石膏汤方下云：温服一升，本云黄耳杯（63条）；
5.去桂加白术汤方下云：附子三枚，恐多也。虚弱家及产妇减服之（174条）；
6.桂枝二麻黄一汤方下云：本云：桂枝汤二分，麻黄汤一分，合为二升，分再服，今合为一方（25条）；
7.桂枝二越婢一汤方下云：本云当裁为越婢汤、桂枝汤，合之饮一升；今合为一方，桂枝汤二分，越婢汤一分（27条）。
这是章太炎从宋本《伤寒论》发掘出来的王叔和按语。章太炎通过精心研考，发现宋本《伤寒论》正文中包含王叔和之语，实为突破性的研究成果。章太炎读书心细如发，目光如电，罅漏毕照，所以才有这样的成就。下面是章太炎对上述材料的分析判断：
其称“本云”者，是仲景原本如此。其云“疑者”，则不敢加以臆断。此等成本多删去之，唯存芍药甘草附子汤、大柴胡汤、麻黄杏子甘草石膏汤、桂枝二越婢一汤方下四事尔。假令王叔和改窜仲景真本，疑者当直削其方。有大黄无大黄者，当以己意裁定，焉用彷徨顾却为也？王叔和于真本有所改易者，唯是方名，如上所举生姜泻心汤等；有所改编者，唯痉湿暍一篇。其文曰：“伤寒所致太阳痉湿暍三种，宜应别论，以为与伤寒相似，故此见之。”此则痉湿暍等本在太阳篇中，王叔和乃别次于太阳篇外。详此诸证，即知王叔和搜集仲景遗文，施以编次，其矜慎也如此，犹可以改窜诬之耶？
章太炎云：“本云者，是仲景原本如此”，许多读者对“本云”缺乏正确理解，章太炎予以正确解释。
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