自明朝方有执首提王叔和窜乱《伤寒论》经文以后，唱和者相继而起，喻昌、张璐、吴仪洛、程应旄、周扬俊、黄元御、章楠各有著述以讥评叔和，逐渐形成错简重订学派。吴仪洛言：“自叔和而后，《伤寒论》一书沉沦于羊肠鸟道中者几千余年，有明方有执出，著《伤寒论条辨》，澄几研理，卓识超于前人。”
错简派的观点影响到日本。公元1856年（日本安政三年）丹波元坚弟子堀川济以日本枫山秘府所藏赵开美《伤寒论》（坊刻本，非原刻）为底本翻刻之名曰《翻刻宋版伤寒论》，丹波元坚撰序，云：
“顷日，从子兆焘于枫山秘府始览清常原刊本，狂喜之至，恭请借贷，亟取校之。其文字端正，可以订宽文本者不一而足，真为治平之旧面，此其所谓书之最近古者非耶？余弟子崛川济勤学好古，每患此经世无善本，仍影摹刊印，以播于世。于是宋校之旧，复发韬光，而人人得求古以从之，则所谓生乎千载之下，而欲知千载之上者，舍此其何以哉？抑夫王安道以《辨》《平》二脉及汗吐下等篇为叔和所补，尔来各家吠声附和，肆逞私见，窜易章句，以为复古，皇国诸人，亦蹈其辙，不知此类悬料臆揣，逾改逾误，遂使微言大义，日就榛莽，而古本之淹晦，亦职事之由，岂可不重痛叹耶？”
章太炎《伤寒论单论本题辞》说：“明赵开美以宋本摹刻，与成无己注本并行，至清而逸，入日本枫山秘府，安政三年，丹波元坚又重摹之，由是复行于中土。”章太炎所研读者为日本安政三年本。章太炎以考据目光，对所谓叔和窜易章句变乱经文种种言论加以甄别，写多篇文章批评错简重订派。
章太炎面对如此严重的学术纷争，他严正申明：
叔和严谨，未乱经文。《论<伤寒论>原本及注家优劣》指出：“《伤寒论》自王叔和编次逮及两宋，未有异言。”叔和之失，独在以《内经》一日一经之说强相附会，遂失仲景大义。按《论》云：“病有发热恶寒者，发于阳也；无热恶寒者，发于阴也。发于阳，七日愈，发于阴，六日愈。”此为全书起例。阳即太阳，阴即少阴。七日愈，六日愈，则未传经甚明。病有发于阴者，则阴病不必自阳而传又甚明。
又云：夫仲景据积验，故六部各自为病。叔和拘旧义，故六经次第相传。彼之失也，则在过尊轩岐，而不暇与仲景辨其同异。后人诋讥叔和，核正序例六日传遍之义，斯可已；若谓叔和改窜仲景真本，以徇己意，何故于此绝相抵牾之处而不加改窜耶？辩论虽繁，持之不得其故矣。
1923年章太炎在杭州中医学校讲演，指出：“昔人谓少阴病必由太阳传入者，则由叔和序例日传一经之说误之。按日传一经，义出《内经》，而仲景并无是言。”在《答张破浪论误下救下书》中又指出，叔和之失在于将《内经》的一日传一经的观点纳入《伤寒论》中，叔和之误，唯在此处。其文如下：
破浪足下：来书疑仆过信叔和。叔和于太阳篇痉、湿、暍外，未尝改易仲景旧次。拙著《杂病新论》中（按，1957年人民卫生出版社排印出版，更名《章太炎医论》，该书收太炎论文三十八篇 ），已有证明，可参究之。夫叔和之误，在其序例强引《内经》一日传一经之说，与本《论》义不相涉，而不在其编次论文。方、喻以来诸师，疏发大义，卓然可观，其攻击序例，不遗余力，仆亦犹是也。若夫自我作古，变异章句，反以叔和为误编者，此犹宋儒颠倒《大学》，以旧本为错乱也。是乃晚近恶习，亦何足尚焉。
成无己《注解伤寒论》将林亿校语尽删之，叔和按语亦时加删剟，章太炎以日本堀川济《翻刻宋版伤寒论》为依据，将叔和按语逐条寻出，写有如下考证，确证叔和绝未改窜经文。这是一段非常重要的考证文字，语语有据，绝无犹豫，见《论伤寒论原本及注家优劣》：
明赵清常所刻《伤寒论》有二：一单《论》本，为林亿等校定者；一为《论》注本，即成无己所注者。单《论》本方下时有叔和按语（大字者，叔和按语也；夹注者，林亿校语也）而成注本多删之。如云：“疑非仲景方、疑非仲景意”者，凡得四条：
①芍药甘草附子汤方下云：疑非仲景方（笔者按，见《伤寒论》第68条）；
②黄连汤方下云：疑非仲景方（按，见第173条）；
③蜜煎方下云：疑非仲景意，已试甚良（按，233条）；
④小青龙汤方下云：荛花不治利，麻黄主喘，今此语反之，疑非仲景意（按，40条）。
“亦有明源流较同异”者，凡得七条：
①柴胡桂枝汤方下云：本云人参汤，作如桂枝法，加半夏、柴胡、黄芩，复如柴胡法，今用人参作半剂（按，见146条）；
②生姜泻心汤方下云：附子泻心汤，本云加附子。半夏泻心汤、甘草泻心汤，同体别名耳。生姜泻心汤，本云理中人参黄芩汤，去桂枝、朮，加黄连，并泻肝法（按，见157条）；
③大柴胡汤方下云：一方加大黄二两，若不加，恐不为大柴胡汤（按，见103条）；
④麻黄杏子甘草石膏汤方下云：温服一升，本云黄耳杯（按，见63条）；
⑤去桂加白术汤方下云：附子三枚，恐多也。虚弱家及产妇减服之（按，见174条）；
⑥桂枝二麻黄一汤方下云：本云桂枝汤二分，麻黄汤一分，合为二升，分再服，今合为一方（按，见25条）；
⑦桂枝二越婢一汤方下云：本云当裁为越婢汤、桂枝汤，合之饮一升，今合为一方，桂枝汤二分，越婢汤一分（按，见27条）。
上述文字是章太炎为醒目划分的段落，每段前标以数字。
这是章太炎从原书里发掘出来的王叔和按语。以前人们读《伤寒论》大多是成无己本，而成本多删王叔和按语，即使读了堀川济翻刻宋本，对这些按语也不加留意，甚至不知道是王叔和按语。章太炎读书心细如发，读书得间，目光如电，罅漏毕照。
下面是章太炎对上述材料的分析判断：
其称“本云”者，是仲景原本如此，而叔和删繁就简，或以今语通古语，此即故书、今书之别。其云“疑者”，则不敢加以臆断。此等成本多删去之，唯存芍药甘草附子汤、大柴胡汤、麻黄杏子甘草石膏汤、桂枝二越婢一汤方下四事尔。假令叔和改窜仲景真本，疑者当直削其方。有大黄无大黄者，当以己意裁定，焉用彷徨顾却为也？叔和于真本有所改易者，唯是方名，如上所举生姜泻心汤等；有所改编者，唯痉湿暍一篇。其文曰：“伤寒所致太阳痉湿暍三种，宜应别论，以为与伤寒相似，故此见之。”此则痉湿暍等本在太阳篇中，叔和乃别次于太阳篇外。然则方名改易者，犹郑注《周礼》有故书、今书；篇第改编者，犹《艺文志》承袭《七略》，有所出入，一皆著之明文，不于冥冥中私自更置也。可不可诸篇，叔和自言“重集”，亦不于冥冥中私自增益也。详此诸证，即知叔和搜集仲景遗文，施以编次，其矜慎也如此，犹可以改窜诬之耶？
六经病中有不少“本云”或“本方缺”，资料如下：《伤寒论》卷二《辨太阳病脉证并治上第五》第21条之“本云桂枝汤，今去芍药”，卷三《辨太阳病脉证并治中第六》第62条“本云桂枝汤，今加芍药生姜人参”，第63条“本云黄耳杯”，以上之“本云”犹“底本云”，底本指《伤寒论》。第89条“方本阙”之“本”，谓《伤寒论》。又如 “半夏二十铢，本云五枚洗”“本云柴胡汤再服”之“本云”皆指《伤寒论》，亦皆王叔和按语也。第107条、112条、117条、146条、157条、162条“本云”意义同上。《辨不可发汗病脉证并治第十五》小注：“一法，方本阙”。按，“方本阙”之“本”指《伤寒论》，谓《伤寒论》原阙此方。凡此皆叔和校語，皆显白言之，“不于冥冥中私自增益也。”
章太炎《论<伤寒论>原本及注家优劣》撰于1924年，时年55岁，原载《猝病新论》，1938年由章氏国学讲习会刊行。1957年人民卫生出版社出版，更名为《章太炎医论》。他在《自述学术次第》（《制言》半月刊第25期）中说：
余生亡清之末，少惎异族，未尝应举，故得泛览典文，左右采获。中年以后，著篹渐成，虽兼综故籍，得诸精思者多，精要之言，不过四十万言，而皆持之有故，言之成理，不好与儒先立异，亦不欲为苟同。
1913—1916章太炎被袁世凯囚禁于北京共和党党部、龙泉寺、钱粮胡同等处，艰苦备尝，致夫人汤国梨信说：“迩来万念俱灰，而学问转有进步，盖非得力于看书，乃得力于思想耳。平生所好又在医学，君亦尝涉猎及此，愿同注意。家中颇有医书二三十部，皆宋明精本，数年搜求，远及日本，而后得之，望为我保持也。”上述精思卓见，皆来自积学深思，与推想叔和应当如何不应当如何之“遥想当年”者截然异趋，不可同日语也。
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