《黄帝内经》作为中医学的经典著作，其对中医学的重要贡献不仅体现在建立了丰富而完善的理论体系，还在于其蕴含着丰富的临床应用内容。《黄帝内经》在临床中的应用主要体现在以下四个方面：
原文及理论在临床中的应用
《黄帝内经》奠定了中医理论的基础，可以说现在中医临床的治疗思路、方法都与《黄帝内经》的临床运用有着密切的关系。金元时代医家张子和说：“《黄帝内经》是一部治病的法书。”《素问》、《灵枢》的162篇原文不单是医学理论的基础，更是临床实践的指导。如《素问·六元正纪大论》中所说：“木郁达之，火郁发之，土郁夺之，金郁泄之，水郁折之。”指出了五郁的治疗原则，其对临床就有一定的指导意义。又如《三国志·魏书·方技传》中的华佗以怒愈病案、《医部全录·医术名流列传·文挚》中的以怒愈病案、《儒门事亲·内伤形》中的因忧结块的喜胜悲案、病怒不食的喜胜怒案、惊门的“惊者平之”案、《儒门事亲·九气感疾更相为治术》中的恐惧胜喜案、《续名医类案·癫狂》中的喜愈因忧致癫案、《续名医类案·哭笑》中的悲胜喜案，均是《素问·阴阳应象大论》的情志理论：怒胜思、思胜恐、恐胜喜、喜胜忧、忧胜怒，以及由于七情作用于人体引起人体气机的不同变化（《素问·举痛论》：“怒则气上，喜则气缓，悲则气消，恐则气下”、“思则气结”）的应用。再如“损者温之”、“劳者温之”，指出治疗劳损虚弱的疾病应重视阳气，从补益阳气入手治疗，也对临床很有启发。
内经思维在临床中的应用
意象思维是《黄帝内经》中的主要思维方式之一，意象思维作为中国传统思维的主要方法，既对《黄帝内经》理论构建有很深远的影响，又对临床运用有着重要的指导作用。如治疗哮喘从肝论治，肝在五行中属木，与自然界的风气相应，风性主动，而哮喘突发突止的症状恰与风之动的特性相应，故治疗哮喘时在治肺的基础上，加以平肝熄风之药常能收到更好的疗效。再如治干燥之病从辛温发散治疗，五气之燥与秋相应，秋的主令之气为燥，而秋在五化中主收，在五行属金，具有收敛的特性，故燥性收敛，在治疗中应从发散的角度考虑，使用辛温的药物。这些均是《黄帝内经》意象思维在临床运用的代表范例。
注家之论在临床中的应用
《黄帝内经》成书之后，后世皆奉其为圭臬。到1990年底，演绎发挥、考校编次、注释研究的著作达到400多部。而因注家所处时代、环境以及临床实践等因素，他们对原文的解释不尽相同。如《素问·生气通天论》中的“因于气，为肿，四维相代，阳气乃竭”。其中“因于气”，古人有两说法：一说“气”为“气虚”，指气虚浮肿之证。姚止庵说：“阳气盛，则四肢实而霍乱动，阳气虚，则手足浮肿，或手已而足，或足已而手，是相代也”；一说“气”指“风”邪，与上文 “因于寒”、“因于暑”、“因于湿”体例一致，即指感受风邪而肿之风水证。
而对“四维”的解释也有两种：一种解释为“四时”，如《太素》说：“四时之气，各自维守，今四气相代，则卫之阳气竭壅不行，故为肿也”；另一种解释为“四肢”，如马莳说：“四维者，四肢也”。“其手足先后而肿，此四维之所以相代也”。以上关于“气”与“四维”的解释，虽不统一，但各有依据，并且在临床也均可以见到相应的病例，说明注家之论对临床确有一定的指导意义。诸如此类的问题在《黄帝内经》有很多，我们应该根据具体情况分析前人的解释，更好地发挥诸注本对临床的指导。
内经不同学说在临床中的应用
谈到《黄帝内经》对临床的指导，我们不能忽视《黄帝内经》不同学术观点的作用，其实这一点才是《黄帝内经》对临床指导中最重要与最关键的地方，它对开拓临床治疗思路、创新治疗方法，具有重要的价值。
以脏腑经脉与体表的关系为例，《黄帝内经》中虽然在多个篇章中论述了肺与皮毛的密切关系，如《素问·五脏生成论》云：“肺之合皮也，其荣毛也”、《素问·六节藏象论》云：“肺者，气之本，魄之处也，其华在毛，其充在皮”，但也有篇章提到了心与皮表的关系，如《素问·刺禁论》云：“心部于表”，其实古代医家在研究医理时，由于心肺共居上焦，所以认为其功能往往有相互影响互通之处，如生理上有心主血脉与肺朝百脉，病理上有《素问·五脏别论》所云“五气入鼻，藏于心肺，心肺有病，而鼻为之不利也。”所以也不难理解心肺与皮表都有一定联系，两者运用时的侧重点也是值得探讨。肺主皮毛多侧重于皮毛受邪，内传于肺，使肺气机不利而致咳，如《素问·咳论》云：“皮毛者，肺之合也，皮毛先受邪气，邪气以从其合也；其寒饮食入胃，从肺脉上至于肺，则肺寒，肺寒则外内合邪，因而客之，则为肺咳。”临床上外邪侵犯肌表，邪气影响其所合的肺脏，使其宣发与肃降功能失常，出现咳嗽、鼻塞、发热之病。此时当从宣肺发汗解表入手，可根据病证之偏寒、偏热、偏燥而选用。至于“心部于表”则多侧重脏气紊乱所致之病，一般并非外邪侵袭所致疾患，若属外邪亦仅为火热之气。又由于“心主血脉”，故此类病症多见皮表气血运行障碍方面的症状，如皮表疼痛、灼热、瘙痒乃致疮疡等。另外，由于心主神明，《灵枢·本神》“所以任物者谓之心”，故临床上皮表的感知觉障碍，如痛、痒、麻木不仁等，亦可从心论治。心脏为阳中之太阳，通于夏气，故主一身之表。因而皮表之病，不可忽视从心辨治这一途径。
除心、肺之外，在《灵枢·五癃津液别》中曾云：“脾为之卫，肾为之主外”，提出脾有保护机体有卫外之功。“脾为之卫”侧重点在于脾胃功能正常，则脏腑得养，营卫充盛，正气存内。也为后世“扶正以祛邪”这一治疗方法提供了理论根据，后世玉屏风散之运用即是一例。“肾为之主外”与《素问·刺禁论》云“肾治于里”看似矛盾，其实这是从不同角度探讨肾之作用得出的不同结论，“肾治于里”侧重于肾的气机升降，而“肾为之主外”则不仅认识肾与人体五官的密切关系，更是从脏腑功能角度揭示了肾与卫气的联系，如《灵枢·营卫生会》所云“卫出下焦”，指出卫气昼始于足太阳、夜始于足少阴，与肾关系密切，临床上也多有感冒长期不愈，从补肾壮阳治愈的病案。至于经络与体表的关系，《黄帝内经》也提及足太阳经循行从头至项背、经背膂抵足小趾外侧端，《素问·热论》谓其“为诸阳主气”，言其经统领全身在表之阳气，故外邪(尤其是寒邪)侵袭人体，先伤在表之阳，则会表现出太阳经脉所循行处的症状，如头项痛、腰脊强以及阳气闭郁导致的发热、无汗、恶寒等症状。此时治疗，则当选用麻黄汤、葛根汤之类方剂，以温散在表之邪。因此依据《黄帝内经》中的不同学说与观点，联系临床实际，更有利于我们临床方法的创新，治疗思路的开拓。
从古至今，中医学理论的发展，就是以临床与经典融汇发展为动力。因此，《黄帝内经》理论的发展离不开临床，而临床的实践亦离不开《黄帝内经》的指导。
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