卫气营血辨证与兰焦辨证均是认识温病发展变化规律、辨别证候和概括施治的方法。这两个辨证方法虽然名称不同，但在温病临床上都是为了分析病理变化，明确病变部位，掌握病势进退，认识病情轻重，说明疾病演变过程，归纳和概括证候类型，为确立治疗方法和选方用药提供依据。因此，两者既有共同之处，又有不同之点。
共同之处，如在辨证上，卫分的风热袭仲、肺卫不宣证与上焦邪袭肺卫、帅气失直证，气分的肺热炽盛证与上焦的热邪壅肺、肺气郁闭证，气分的胃热炽盛证，肠道热结证，脾胃湿热证与中焦的脾胃病变，热入营分的热闭心包和逆传心包证与上焦邪陷心包证等证候类型是一致的。
不同之点，如温病发展到危重阶段可深入血分，出现血热炽盛、邪热迫血妄行等静种出血证候，这是温病中比较常见的，卫气营血辨证中有较详细的论述，而三焦辨征却恰恰缺少这方面的内容。再者，温病末期邪热往往灼伤肝肾真阴，三焦辨证论述详尽，而卫气营血辨证似嫌不足。在传变上，两者皆有顺传、逆传之说，其内容基本相同，不过卫气营血辨证在论述传变规律上是从整体出发，不是机械的局限于某脏某腑，显然行温病的客观发展过程，而三焦辨证恰是把这一垃程割裂开来，归结于上、中、下焦的某脏某腑，似有较大的局限性和片面性。因为温病初期并不都是从上焦于太阳肺开始，而渐及中、下两假，如伏邪温病从内而发，可起病于下焦，湿温疫毒发病可起于中焦，署邪为病也多犯中焦，因此三焦辨证在这一点就不如卫气营血辨证全面。
总之，卫气营血辨证与三焦辨证既有相同之处，又有不同之点，各有其长，亦有其短，临床运用时应将两者恰当地结合在一起，才能相得益彰，更好地指导临床实践。
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