一、以温疫病为主要研究对象
温疫，是一种感受疫疠之毒而发生的急性热病，其特点是发病急，病情险恶，具有强烈的传染性，能引起流行。历史上温疫多次流行，给人类带来了极大的危害。温疫派就是在与瘟疫斗争中逐渐壮大起来的。其中有的善治火热之疫，有的善治燥热之疫，有的则善治温热相搏之疫，还有的善治疫痧。正是在对同一类疾病的治疗中，他们产生了相同的学术观点，从而形成流派。需要指出，由于传统理论及时代的局限，中医关于温热病的分类上尚有不少不尽满意的地方，故不少医家持温疫即是温病的主张，如吴又可就“温瘟不分”，指出“夫温者热之始，热者温之终，温热首尾一体，故又为热病即温病也。又名疫者，以其延门阖户，犹如徭役之役，众人均等之谓也”。杨栗山亦将那些毒火深重，发病急骤的热性病均称之为温病。但从他们的理法方药分析，主要是针对温疫而设的。
二、强调温疫有特殊的致病因素
他们大都否认传统的风寒外感学说，认为温疫的病因是有别于风寒署湿燥火六淫之气的“异气”、“杂气”、“戾气”、“疫气”。这种气无形可见，无象可求，无声可听，无臭可闻，且来去无定，其若无方，其至无时，人一旦触之，便能产生遍于一方、众人相同的疫情，而且或发于村落，或发于城市，也不以年岁四时为拘。这种特殊的致病因素大多从口鼻侵入人体，不象风寒始于皮毛，进入人体后，又专入某脏腑经络，专发为某病。他们还认为这种气的种类很多，不同的气会引发不同的疾病，如发颐、大头瘟、虾蟆瘟、瓜瓤瘟、疙瘩瘟所感染的气是不一样的。温疫派这种思想为临床寻找特异性的治法方药奠定了基础。
三、强调温疫有相对稳定的基本病机
就六经而言，多在阳明；就脏腑而言，多在肺胃；就性质而言，是火，是热，是毒。有时也可出现太阳经证的头痛项强，腰痛如折；出现少阳经证的胁痛耳聋、寒热口苦，但病机不在太阳与少阳。根源尚在阳明、肺胃之火热毒气，因而温疫派诸家临证每抓住这些基本病机一治到底，很少有按部就班、层层深入的治法。例如刘河间治温疫仅以汗下为大法，前三日热壮于表，用汗法，后三日热重于里，即用下法，且下之尤猛。吴又可亦以表里辨温疫的传变之机，于里证的治法论述更为详细。杨栗山认为“温病皆里证”，擅用黄连解毒汤苦寒直折。显而易见，温疫派诸家与同为研究温病的叶薛诸家在认识上是有较大差异的。
四、治疗以祛邪为第一要义
由于温疫传变快，病势急，毒火充斥，温疫派皆以祛邪为急务，他们认为：攻邪为上策，扶正祛邪为中策，养阴为下策，只有祛除邪气才能保住正气，故各家均擅用攻击性的疗法，如白虎汤大清气热，承气汤攻下逐邪，黄连解毒汤苦寒直折、清热解毒。实际上，以上疗法尚不是温疫家的最佳选择，按吴又可的观点，自然界一定存在着制克各种杂气的药物，“能知以物制气，一病只有一药之到病己，不烦君臣佐使品味加减之劳矣”，但是由于受无形之杂气为病，不知何物能制，“故勉用汗吐下三法以决之”。
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