“三三制”原指一种机构的人员组成或人员编制形式，我国历代许多时期的军队步兵序列建制即是采用“三三制”，如一团辖三营，一营辖三连，一连辖三排，一排辖三班，一班辖三组，一组辖三人等。这种“三三制”的军队编制对于提高执行指挥命令、有效进行火力配置、相互协调战术机动等，都发挥着很好的作用，也可以说是现代战术中“模块化配置”的雏形或缩影。“用药如用兵”，清代医家徐大椿说：“兵之设也以除暴……药之设也以攻疾……其道同也”。在我们常用的许多经典方剂中，除了《素问·至真要大论》所谓“君一臣二，制之小也”的“小方”是由“三味药组”构成外，许多“君一臣三佐五，制之中也”及“君一臣三佐九，制之大也”的“大方”“复方”，处处都体现着这种“三三制”的配伍关系，试做如下举例说明。
补益剂中“三三制”
——虚则补之
在以补益为主的方剂中，“三三制”的架构处处体现着“虚则补之”的治疗原则，或补气合并养血，或补阴兼顾温阳，或补脾联合补肺，或补肝同时益肾……药组与药组之间常常是性能功效相近，相须为用，三位一体，以共同增强疗效。如参苓白术散是补气剂的一首代表方，方中人参、白术、茯苓补中益气、健脾渗湿，山药、扁豆、薏仁同助君药健脾渗湿；砂仁芳香醒脾、化湿止泻，莲子补脾益气、涩肠止泻，桔梗开宣肺气、载药上行。如是则虚得补，脾得健，湿得除，泻得止。
天王补心丹是补养安神的代表方，方中在用生地滋阴养血清热的基础上，选天冬、麦冬、元参滋心阴、清心热，酸枣仁、柏子仁、远志养心血、安心神，人参、五味子、茯苓补心气、益心智。可治阴虚血少之失眠、心悸、健忘等。
泰山磐石散有益气健脾、养血安胎之功效，主治妇人妊娠、气血两虚之胎动不安等，方中人参、黄芪益气健脾，熟地养血补肾，共为君药。当归、白芍、川芎补血和血以养胎；白术健脾益气以安胎，川断补养肝肾以固胎，砂仁醒脾行气以保胎，共襄君药以奏功。
右归丸主治肾阳不足、命门火衰证，方中附子、肉桂、鹿角胶温肾壮阳，熟地、山萸肉、山药填精补髓，菟丝子、枸杞子、杜仲补肝益肾。阴阳兼顾，既温补肾阳以复其温煦之职，又填精益髓使“阳得阴助而泉源不竭”。
祛邪剂中“三三制”
——多为三味药组
在以祛邪为主的方剂中，“三三制”的架构多为性能功效有某种共性的“三味药组”组成，相使为用；或有君臣、将佐关系的“三味药组”相配，相互协助。一点两面，一体两翼，分工明确，共同抗邪。如常用的藿香正气散，在用藿香芳香化湿、和中止呕、发散表邪的同时，用陈皮、半夏、苏叶燥湿和胃止呕，用白术、茯苓、白芷健脾运湿止泻，用大腹皮、厚朴、桔梗行气化滞畅中。
主治大头瘟的普济消毒饮，则在用酒炒黄芩、黄连清热泻火、祛上焦头面热毒的同时，伍用牛蒡子、连翘、薄荷辛凉疏散头面风热，玄参、马勃、板蓝根清热解毒，升麻、柴胡、桔梗疏散风热并引诸药上达头面，直至病所。治疗湿温时疫、湿热并重的甘露消毒丹，是以滑石、茵陈、黄芩清热利湿，石菖蒲、藿香、白豆蔻芳香化湿，连翘、射干、薄荷清热解毒。
安宫牛黄丸是清热开窍（凉开）的代表剂，方中牛黄清热解毒、熄风止痉、豁痰开窍，麝香芳香走窜、为开窍要药，水牛角凉血解毒、清心安神；黄连、黄芩、栀子清热泻火助牛黄清泄热毒；冰片辛散苦泄、芳香走窜、善通诸窍，郁金辛开苦降、芳香宣达、行气开郁，雄黄豁痰解毒。用于治疗温热病邪热内陷心包证。苏合香丸是温开剂的代表方，其中苏合香、安息香、麝香芳香开窍、辟秽化浊、通行气血；木香、香附、檀香与沉香、乳香、丁香行气解郁、散寒止痛、辟秽化浊、活血化瘀。诸药相合共奏芳香开窍、行气散寒之功。
疏凿饮子是主治遍身水肿、气喘、口渴、二便不利等阳水实证的表里分消之方，其中商陆泻下逐水，槟榔、大腹皮行气利水，气行则水行，导在里之水由二便而下；羌活、秦艽、生姜疏风发表，使在表之水从肌肤而出；木通清热利水、椒目行水平喘、赤小豆利尿消肿。诸药合用，内攻外散，前后分泄，效若桴鼓。
橘核丸是治疗睾丸肿胀偏坠、或坚硬如石、或痛引脐腹的一首方剂，选橘核为君以疏肝行气、散结止痛。辅以海藻、昆布、海带软坚化痰散结，佐以枳实、厚朴、木香入气分行气消痰、理气止痛，桃仁、元胡、木通入血分活血化瘀、通利血脉。
防风通圣散是一首表里双解之剂。其所主治为外感风邪、内有蕴热、表里俱实的证候。因为证情较为复杂，所以方中用了六个“三味药组”：麻黄、荆芥、防风及连翘、桔梗、薄荷辛散解表，祛风邪从肌腠而解；大黄、芒硝、甘草与滑石、甘草、栀子通便利尿，使里热走二便分消（调胃承气汤泻热通便，栀子配六一散清热利湿）；石膏、黄芩、栀子清肺胃之热，芍药、当归、川芎以养血活血。如此则“汗、下、清、利四法具备”，“表里、气血、三焦通治”。
攻补兼施剂中“三三制”
——存在主副关系
在扶正祛邪、攻补兼施的方剂中，“三三制”的架构则存在着一定的主副关系及轻重缓急，根据病症的需要，有时以攻为主，有时以补为先；有时驱邪佐以扶正，有时补益兼以祛邪。薯蓣丸是《金匮要略》中治疗“虚劳诸不足，风气百疾”的一首以补为主、兼以祛邪的调补方剂，方中以薯蓣为君。人参、白术、茯苓补中益气、健脾渗湿，干姜、豆黄卷、神曲温中散寒、醒脾利湿；当归、川芎、芍药及地黄、麦冬、阿胶养血滋阴；柴胡、桂枝、防风疏风散邪，杏仁、桔梗、白蔹理气开郁。六个药组合用，薯蓣与炙甘草汤、理中丸等相配，以健脾益气、补气养血、滋阴温阳为主，稍佐少量疏风、理气之药，共奏扶正祛邪之功。
鳖甲煎丸有除痰消癥、行气化瘀、杀虫止疟之功，方中主用鳖甲以消癥瘕坚积。辅以大队鼠妇、?虫、蜣螂逐瘀破积、攻毒消癥，紫葳、蜂窝、半夏祛痰解毒、消肿散结，桃仁、丹皮、芍药活血化瘀；大黄、赤硝、清酒通滞祛瘀，葶苈、石苇、瞿麦利水消肿，柴胡、黄芩、桂枝调节寒热。佐以干姜、人参、阿胶温补脾胃、补益气血，以防上述峻猛有毒之品在攻邪之时戕伐正气。是一首攻补兼施但以攻伐为主的方剂。
参苏饮与再造散都是扶正解表的代表方，参苏饮益气解表，在联用苏叶、葛根透邪解表的同时，配以前胡、半夏、桔梗止咳化痰，陈皮、枳壳、木香理气宽胸，人参、茯苓、甘草补气健脾，共奏益气解表、理气化痰之效。再造散助阳解表，其用黄芪、人参益气固表为君药，同时内有附子、桂枝、细辛温阳散寒相助，外有防风、羌活、川芎祛风解表相辅。另外尚有煨姜、大枣、甘草相协，即可补脾胃生化气血以益汗源，又可调和营卫以驱邪外出。助阳益气固表不留邪，祛风散寒解表不伤正。
百合固金汤与九仙散都是止咳方剂，百合固金汤有滋肾润肺、止咳化痰之作用，主治肺肾阴亏、虚火上炎之咳嗽气短、痰中带血等，所以用百合滋阴清热、润肺止咳，生地清热凉血，熟地滋阴养血；麦冬养阴润肺，玄参清热养阴，当归治咳逆上气；贝母清肺化痰止咳，桔梗宣肺利咽化痰，甘草祛痰止咳清热。而九仙散功擅敛肺止咳，故方中用罂粟壳、乌梅、五味子君臣相配以敛肺止咳，款冬花、桑白皮、贝母伍用以止咳化痰，人参、阿胶、蜂蜜益肺气、养肺阴。诸药配伍，成为敛肺止咳之剂。
消风散、独活寄生汤、大秦艽汤都属疏散外风剂，消风散是治疗风湿或风热之邪侵袭人体、浸淫血脉出现的风疹及湿疹，故用荆芥、防风、蝉衣辛散透达以疏风，苍术、苦参、木通燥湿清热以除湿，当归、生地、胡麻仁养血活血以通络。独活寄生汤主治痹证日久、肝肾两虚、气血不足证，则在用独活散风胜湿、蠲痹止痛为君，防风、秦艽、细辛祛风胜湿、散寒止痛为臣的同时，选当归、地黄、白芍养血活血，桑寄生、杜仲、牛膝补益肝肾，人参、茯苓、甘草补气健脾。藉以达到扶正以驱邪的目的。而大秦艽汤主治风邪初中经络证，所以在用羌活、独活、防风助秦艽祛风散邪的同时，用当归、白芍、川芎养血活血、行血通络，血行风自灭；生地、石膏、黄芩清热，防止风邪及温燥药物之化热。
镇肝熄风汤、天麻钩藤饮及大定风珠皆属平息内风剂，镇肝熄风汤主治肝肾阴亏、肝阳上亢或肝风内动所致的类中风，方中生赭石、生龙骨、生牡蛎镇肝降逆，直折上亢之肝阳；龟板、白芍、玄参滋阴潜阳，以济肝肾之阴虚；茵陈、川楝子、生麦芽清泄肝热以利肝木之条达。三组药物“三点一线”，靶点不同，目的则一。天麻钩藤饮主治肝阳偏亢、肝风上扰证，方用天麻、钩藤、石决明平肝熄风潜阳，急治其标；杜仲、桑寄生、牛膝补益肝肾，以治其本；夜交藤、茯神、栀子清热宁心安神，兼顾肝阳化热之扰心。三组药物“一主二仆”，有主有次。大定风珠主治阴虚动风证，故在鸡子黄、阿胶滋阴养液以息虚风的基础上，用白芍、地黄、麦冬滋水涵木，柔肝熄风；生龟板、生鳖甲、生牡蛎益阴潜阳，平肝熄风；麻仁则养阴润燥，助君药阿胶、鸡子黄养阴熄风。三组药物“三足鼎立”，共奏滋阴、潜阳、熄风之效。
另如地黄饮子功能滋肾阴、壮肾阳、化痰浊、开窍道，主治瘖痱，方用山茱萸、巴戟天、肉苁蓉襄桂、附温壮肾阳，熟地、石斛、麦冬携五味滋养肺肾，菖蒲、远志、茯苓开窍化痰、交通心肾。如此则下元得补，浮阳得摄，痰浊得蠲，水火既济，瘖痱可愈。
温经汤为妇科调经的常用方剂，方中在用吴茱萸、桂枝温经散寒、通利血脉的同时，伍以当归、川芎、丹皮凉血散瘀、养血调经，阿胶、白芍、麦冬养血止血、养阴柔肝，人参、甘草、生姜益气健脾、以资化源。诸药配伍，温经与祛瘀共用，温补与寒凉并施，调肝与健脾兼顾。
十灰散主治血热妄行之上部出血证，方中大、小蓟凉血止血，棕榈炭收涩止血；荷叶、柏叶、茅根以加强二蓟之凉血止血作用；茜草、丹皮配大黄则既凉血止血，又活血化瘀，使血止而不留瘀。
枳实消痞丸有行气消痞、健脾和胃作用，适宜于脾虚气滞、寒热互结证，方中枳实行气导滞、厚朴下气除满、黄连泻热除痞；半夏散结开痞，干姜温中散痞，麦芽消食健胃；人参、白术、茯苓补气健脾。消补兼施而以消为主，寒热并用但寒多于热。
如此等等，不胜枚举。也就是说，许多药物组成在九味以上的方剂都存在着“三三制”的配伍规律。
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