经方扶阳法认为，太阳与少阴是循环系统在机体对抗疾病时出现的变化，阳明与太阴是细胞机能在对抗疾病时出现的变化。疾病初期，体温升高，产热增加，散热减少，属于太阳病与少阴病。病势向里发展，血管扩张，血液循环加快，细胞兴奋，肌筋膜舒展，力图多产生热量，机体能量全部用于对抗疾病，新陈代谢和产热中枢都兴奋到了极点。这时，大量胃肠道中的水分与糟粕进入到血液中，机体和疾病的反应进入极期。看上去是正气最旺盛的时候，其实背后隐藏着巨大危机。若机体持续这个状态，则能量逐渐衰竭，疾病进入太阴或者少阴。
阳明病
阳明病本质是当机体自愈机能全面启动，产热迅速增加，而散热速度低于产热，主要矛盾为细胞机能过度亢奋。阳明病属于经方扶阳法三层表里观的里部，代表了机体细胞功能的亢进状态。故从原则上看，无论外感内伤，只要出现细胞功能亢进的状态，均属阳明病。反之，细胞功能处于低下状态，称之为太阴病。
感染性疾病的极期，是感染性疾病症状最明显的时期。此时，机体体温升高并持续保持着最高点，产热和散热达到平衡，故不再恶寒、无汗，而是发热、汗出、面色潮红、口渴、心率加快、脉搏洪数。由于炎症因子的刺激，全身处于高代谢状态。从中医角度看，表现为四大证：身大热、口大渴、面大赤、脉洪大，即阳明经证。
若病情进一步发展，机体在高体温、高代谢的状态下，肠内容物会逐渐失去水分，而出现舌苔黄燥，不大便。肠内容物所含的毒素若被肠道进一步重吸收，则会出现昏迷、谵语，手足大量汗出，全身出汗反而减少（脱水）。这个状态属于阳明腑实证。
从阳明病可以看出，经方扶阳法所称之“阳”，并不单纯指细胞的功能，同时还指与功能伴随产生的精、血、津、液。无功能的病理产物视为阴，而有功能的津血津液，则属于阳的表现形式，与细胞功能共为阳气的一体两面。故阳明病的“保胃气，存津液”，即是经方扶阳法所重视的“阳”之所在。
太阴病
太阴病，为细胞层次功能低下导致的机体功能不足，在病位上与阳明病相同，均为里，但病性与阳明病相反。前者为细胞层次功能亢进，后者为细胞层次功能衰退。太阴病的临床表现主要以脾胃消化吸收功能的减退为特征。
脾的运化功能不单指消化和吸收，同时还指整个机体的新陈代谢。宏观上讲，胃肠道是人体能量代谢和物质代谢的系统。如果这个系统功能下降，全身机能就会随之下降，进而出现功能低下，如免疫力、抗病、抗疲劳能力下降等。从微观角度看，在全身细胞功能代谢功能正常的时候，亦会需要营养，表现为机体消化功能正常。反过来，当消化吸收功能正常的时候，全身的细胞也会有足够的营养物质供给，保证其正常的代谢。
理中汤为振奋全身细胞机能的基本方，也是经方扶阳法的基本立足点，临床多加附子变为附子理中汤。
机体气化主要在太阴经完成。故一方面，任何疾病的治疗，均需从太阴调集能量；另一方面，若太阴本身出现明显不足，则任何治疗方法，均需以治太阴法为先。
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