张仲景《伤寒论》为中医学经典，历代医家皆奉为圭臬。《本草纲目》虽然不是研究《伤寒论》的专著，但从该书所涉及有关张仲景著作的条文中可以发掘到李时珍一些独特的学术观点。
以《内经》理论研究伤寒证候
李时珍每论事理，言必有据。诚如他在《本草纲目·凡例》所说：“疑误者辨正，采其精粹，各以人名，书于诸款之下，不没其实，且是非有归也。”张仲景著作乃撰用《素问》《九卷》等并结合临床而写成。李时珍研究《伤寒》《金匮》亦以《内经》理论为依据，对疾病证候机理的解释，不落前人窠臼，而有他自己独特的见解。下举二例以证之。
论太阳病有中风伤寒之分而病位在肺
太阳病由外感风寒引起，其证脉浮、头项强痛而恶寒，前贤皆认为乃邪犯太阳经所致。李时珍指出：“风寒之邪，皆由皮毛而入，皮毛者，肺之合也，肺主卫气，包罗一身，天之象也。是证虽属乎太阳，而肺实受邪气。”肺主气司呼吸，外邪由皮毛而入肺，宣肃失职，其气膹郁而咳喘，所以说太阳伤寒，“其证时兼面赤肺郁，咳嗽有痰喘而胸满诸证者，非肺病乎？盖皮毛外闭，则邪热内攻，而肺气膹郁。”然而风寒邪气客于肺，何以有中风伤寒之不同？一方面与风邪、寒邪属性特点相关，另一方面又与营卫生理病理相关。《内经》认为，营卫皆生成于中焦，由上焦肺宣发之。营卫偕行，营行脉中，卫行脉外。肺经受邪，必及营卫。气能化津，血能化液。风性疏泄，寒性凝涩。故李时珍解释太阳伤寒无汗、中风汗出说：“津液为汗，汗即血也，在营则为血，在卫则为汗。夫寒伤营，营血内涩，不能外通于卫，卫气闭固，津液不行故无汗发热而憎寒。夫风伤卫，卫气外泄，不能内护于营，营气虚弱，津液不固，故有汗发热而恶风。”这说明风邪入肺伤卫，卫气不固，营阴不守，便为中风。寒邪入肺伤营，卫气闭固，营阴内涩，便为伤寒。中风有汗为表虚，伤寒无汗为表实。治中风以桂枝汤和营卫以救表，治伤寒以麻黄汤发散以祛邪。若肺经受寒而内有火热，则用大青龙汤，李时珍说石膏“是泄肺火药。”而“麻黄汤虽太阳发汗重剂，实为发散肺经火郁之药也。”病位终不离乎肺。李时珍此论既“与昔人所解不同”（以上引文皆见《本草纲目·卷十五·麻黄》），较诸后世如柯琴“六经地面”说（《伤寒附翼》）则明晰得多。
论痞满结胸病位且分层次
《素问·至真要大论》曰：“谨守病机，各司其属。”李时珍强调“欲疗病先察其源，先候病机。”其论痞满、结胸二证，认为病位皆在上脘，而病机则有气血浅深层次的不同。伤寒误下，阴寒之邪乘虚内陷结于上脘，寒热气滞在气分者便为半夏泻心汤证；热气痞结在血分者便为大黄黄连泻心汤证。伤寒误下，阳热之邪内陷结于上脘，与痰热互结在气分者便为小陷胸汤证；与水饮互结在血分者便为大陷胸汤、丸证。而脘在腹上，脾胃所属。所以李时珍认为，调治脾胃也就是治疗陷入上脘气分、血分之病邪。他援引《素问》文说：“太阴所至为痞满。又云：浊气在上，则生chen（月+真）胀是矣。”故指出：“病发于阴而反下之，则作痞满，乃寒伤营血，邪气乘虚结于上焦，胃之上脘在于心，故曰泻心，实泻脾也……病发于阳而反下之，则成结胸，乃热邪陷入血分，亦在上脘分野，仲景大陷胸汤、丸，皆用大黄，亦泻脾胃血分之邪，而降其浊气。若结胸在气分，则只用小陷胸汤；痞满在气分，则用半夏泻心汤矣。”可见其用脏腑气血辨证解释伤寒病机理，是颇具特色的。符合张仲景撰用《素问》《九卷》的心机。故他对“成无己注解伤寒论，亦不知分别此义，”（以上引文见《本草纲目·卷十七上·大黄》），颇觉慨然。
从仲景方中总结配方规律
对于仲景方的严密李时珍十分推崇。如蜂蜜具有清热、补中、解毒、润燥、止痛等作用。张仲景以之治疗阳明燥结，大便不通，用蜜煎导法。李时珍称赞说“诚千古神方也”（《本草纲目·卷三十九·蜂蜜》）。故特别重视总结张仲景配方规律，兹择要分述于下。
择药组方，勿伤胃气
胃为五脏六腑之大源，人以胃气为本，治病用药必须注意勿伤胃气。李时珍指出择药组方勿伤胃气是仲景方的基本精神，具体体现在峻利药、苦寒药以及温补药的运用上。如葶苈子，其“苦者下泄之性急，既泄肺而易伤胃”，所以仲景葶苈大枣泻肺汤“以大枣辅之”（《本草纲目·卷十六·葶苈》），使勿伤胃气。如治产后虚烦呕逆，安中益气竹皮丸，以枣肉为丸，李时珍说：“徐之才《药对》言白薇恶大枣，而此方又以枣肉为丸，盖恐诸药寒凉伤脾胃耳。”（《本草纲目·卷十三·白薇》）饴糖、大枣本为补脾之药，然中满者忌之。脾胃以升降运动为常，若健运失职而病虚痞，仲景立方每减饴、枣，避其呆补壅气，反碍健运，若补之犹伤之也。李时珍说：“故仲景建中汤心下痞者，减饴、枣，与甘草同例，此得用枣之方矣。”（《本草纲目·卷二十九·枣》）
补而勿壅，伐而勿伤
张子和说：“夫病之一物非人生素有之也，或自外而入，或由内而生，皆邪气也。邪气加诸身，速攻之可也，速去之可也，揽而留之可乎？……惟脉脱下虚无邪无积之人，始可议补。”（《儒门事亲·汗下吐三法该尽治病诠》）因病而致虚，因虚而致损。无邪而纯虚损者寡，虚而挟邪者多。所以张仲景治虚劳诸不足，风气百疾薯蓣丸，虽为补益之方，仍配伍祛邪之药。又如对名方肾气丸，李时珍明确指出：“仲景地黄丸，用茯苓、泽泻者，乃取其泻膀胱之邪气，非接引也，古人用补药必兼泻邪，邪去则补药得力，一开一合，此乃玄妙，后世不知此理，专一于补，所以久服，必至偏胜之害。”（《本草纲目·卷十九·泽泻》）即揭示了这种补而勿壅邪的配方原则。而且李时珍强调“久服必至偏胜之害”，凡药性皆偏，长服蓄积既久，可以重新打破机体的阴阳协调。故虽为补药，而李时珍断言，久服亦必然产生偏胜之害。
药以去邪，中病即止，故《素问》有“大毒治病，十去其六，勿使过之，伤其正也”之论。服用仲景方药，亦应遵循这一原则。如服桂枝汤汗出病瘥，不必尽剂；服大陷胸汤，得快利，止后服，等等。论及治疗水饮之十枣汤，李时珍说：“十枣汤驱逐里邪，使水气自大小便而洩，乃《内经》所谓洁净府，去陈莝法也……但可徐徐用之，取效甚捷，不可过剂，洩人真元也。”（《本草纲目·卷十六·芫花》）此论说明，伐而勿伤也是仲景方的基本原则。
相恶相反同用，有经有权
自《本经》始，药物配方有七情合和之论，并指出勿用相恶相反。对于这一理论，李时珍认真分析仲景方，指出需持有常有变的辨证观，不可执一而论。如甘遂与甘草相反，而仲景治留饮有甘遂半夏汤，其方中甘遂与甘草同用，取其相反而立功。后贤治疗重症，继承并发展了这一用法。如刘河间《病机气宜保命集》云：“凡水肿服药未全消者，以甘遂末涂腹绕脐令满，内服甘草水，其肿便去。”王璆《百一选方》：“脚气上攻，结成肿核，及一切肿毒，用甘遂末水调敷肿处，即浓煎甘草汁服，其肿即散。”李时珍总结这种配方说：“盖相须相使同用者，帝道也；相畏相杀同用者，王道也；相恶相反同用者，霸道也。有经有权，在用者识悟尔。”（《卷一·序例上·神农本经名例》）。有常规，有变法，相恶相反同用即权变法，在于医者使用恰合得当，如施行霸道治理社会，乃权宜之计，取喻形象深刻。
以意逆之，阐述药物性味功效
张仲景方配伍严密，药物增减恰到好处。然而经文言简意赅，义理深邃。因此，读仲景书，李时珍强调“当以意逆之”“善观书者，先求之理，毋徒泥其文。”也就是必须从生理病理治则等来研究方药之理，必须结合患者脉证来追索方药增减的原因。如少阳病用小柴胡汤，腹痛者去黄芩加芍药，成无己说黄芩寒中，故去之。李时珍则指出：“若因饮寒受寒，腹中痛，及饮水心下悸，小便不利，而脉不数者，是里无热证，则黄芩不用可也；若热厥腹痛，肺热而小便不利者，黄芩岂可不用乎？”（以上文引《本草纲目·卷十三·黄芩》）可见少阳病兼腹痛属热者，亦不可去黄芩。是以读张仲景书不可徒泥其文。李时珍以其精研求索的精神，严谨的科学分析方法，来阐述仲景方中药物的性味功效，故多所创见。下再举二例以明之。
芫花逐饮邪直达窠囊说
伤寒病悬饮者，咳唾痛引两胁。胁为肝经分野，故有饮流于肝则为悬饮之说，可以十枣汤攻逐水饮。李时珍说：“芫花大戟甘遂之性，逐水洩湿，能直达水饮窠囊隐癖之处。”（《本草纲目·卷十七下·芫花》）指明水饮于隐癖之处而有窠囊裹之，故不同于一般水停不化之证。今人多用此方治疗渗出性胸膜炎，对胸腔积液的消除，疗效卓著，笔者验证亦然。则李时珍直达窠囊说较诸前贤水饮癖积之论明晰得多。
瓜蒌治胸痹甘寒不犯胃气说
胸痹病咳喘胸背痛，乃胸阳虚弱，痰浊痹阻所致。仲景以瓜蒌薤白白酒汤治之。其方以瓜蒌实涤痰散结，薤白辛温通阳，下气豁痰，白酒温通阳气以行药力。瓜蒌实甘寒而润，似与阳虚不恰，但得酒薤之温，则寒性受制，而其甘润与辛共同发挥散结涤痰之效。此等患者，疼痛发作，胃口即坏，纳食随减，胃气不足，胸阳愈馁，故凡苦寒之品，不可轻投，恐其更伤胃阳。然成无己释瓜蒌，谓其苦寒以泻胸中蕴热，以此释仲景方则大相径庭。李时珍指出，治胸痹用瓜蒌实，“乃取其甘寒不犯胃气，……使痰气下降也。成无己不知此意，乃云苦寒以泻热，盖不尝其味原不苦，而随文傅会尔。”《本经》载瓜蒌实苦寒无毒，李时珍则疏正曰：“味甘不苦。”（《本草纲目·卷十八上·栝蒌》）若非“先求之理”“以意逆之”，并亲尝药耳验证，何能正误而有所发明。
以发展的眼光对待仲景方药
由于李时珍对事物持变化发展观，所谓“天地品物无穷，古今隐显亦异，用合有时，名称或变，岂可以一隅之见而遽讥多闻哉？”（《本草纲目·卷一·序例六·本草拾遗》）所以他对于张仲景方既称颂作“千古神方”，但也并不认为医药至张仲景已发展到顶点。故此认为，凡汉后良方妙药，又能补仲景之不及。如牵牛子一味，自宋以后，习用颇频，刘守真、张子和又倡为通下药，李东垣则认为其脱人元气，不可轻服，著言力闢之。并谓“仲景治七种湿热，小便不利，无一药犯牵牛者，仲景岂不知牵牛能泄湿利小便乎？”李时珍认为李东垣之言矫枉过正，指出：“东汉时此药未入本草，故仲景不知，假使知之，必有用法，不应捐弃，况仲景未用之药亦多矣！”并举自治肠结及精隧闭塞，二便不通二案，以证牵牛卓有殊功（卷十八·牵牛子）。说明读张仲景书，只能继承发展之，而不能画地为牢，反为古人所限。李时珍研究仲景之学的科学辨证方法，值得后人认真总结借鉴。
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