小肠受纳胃中初步消化的食物，并进一步分别清浊，其精微物质经脾的转输作用运送至五脏，其水液经下焦渗入膀胱，其残渣向下进入大肠，喻为“受盛之官”，“化物出焉”。据《明堂五脏论》“肠者畅也”，即大小肠的功能均宜通畅下行，但由于小肠的功能复杂，食物留驻的时间较长，故曰“小肠”（小畅），大肠仅传化糟粕，功能单一，故需留驻的时间较短，因此曰“大肠”（大畅）。
大肠将水谷残渣继续向下传导，称为“传导之官”，其将残渣中部分水分吸收，并形成粪便排出，因而谓“变化出焉”。大肠的传导功能与下列几个脏腑的功能相关：一是肺的肃降，唐容川《医经精义·脏腑之官》言：“大肠之所以能传导者，以其为肺之府，肺气下达，故能传导”；二是胃的降浊功能。三是肾的气化功能。
三焦化气行水，维持津液在全身的输布畅通，三当释为大、多，焦乃“会”之意，指空隙之处。凡体腔上下，脏腑之外组织空隙之处，均为三焦之所，被喻为“决渎之官”，而出“水道”。另《内经》中三焦又有三部之意，是上焦心肺，中焦脾胃，下焦肝肾的代称。
膀胱是津液汇聚之处，而名为“州都之官”，州，有聚义；都，水泽所聚谓之都。膀胱在肾的气化作用下，将津液中有用的部分升腾输布至全身，而无用的废料则成为尿液经前阴排出，故曰“气化则能出矣”。
《素问·灵兰秘典论》论述十二脏腑的主要功能及其相互关系，强调了各脏腑既分工又协作的整体协调的重要性和心的主导作用。十二脏腑的相互关系在于“凡此十二官不得相失”。十二脏腑在人体生命活动中发挥的功能和所处地位虽不相同，但它们的功能活动必须相互配合，相互为用，协调统一，不得相失，这种关系称之为“相使”。如果十二脏失其相使协调的正常关系，就会“使道闭塞不通，形乃大伤”。充分体现了中医整体观思想。而在这个“相使”关系当中，心起着最为重要的作用。心为君主，君主圣明，则百官各司其职，安于其位，脏腑功能协调、正常。心主不明则神无所主，而脏腑相使之道闭塞不通，致使脏腑的功能失常。使道就是心神协调十二脏腑相互关系的通道，即血脉。而在这里，心实际上又是“神”的代名词，强调了神在脏腑相使中的主宰作用，举凡《内经》论人体生理、病理、诊断、治疗与养生，无不把“神”放在首位，也正体现了这一观点。
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