秦汉时期一个重要的文化背景就是诸子百家在学术上的创新与争鸣。成书于汉代晚期的《黄帝内经》之中也体现着各家学说的特点就不难理解了。
现在一般认为，《黄帝内经》的成书收纳了西汉以前众多医家学术思想，在很大程度上保留着秦汉医学文献的本来面目，其中一部分是出自后人的增补，而且从内容中还显露出许多学术观点的分歧，这反映出其决不是出自一人的手笔，也不是一个时代、一个方域的医学成就，而是在一个相当长的时期内，众多医家学术思想的总结汇编。任应秋先生在《中医各家学说》里也说过：“既然在这一时期，有不同的师承授受关系，又有不同的理论见解，出现学术上的争鸣，说明早在汉代以前，就有产生医学流派的条件。”
正因于此，《黄帝内经》的各家学说性质是有一定依据的，而且就《黄帝内经》本身内容而言，其中就存在着大量不同，如由于阴阳理论的不同学术观点造成五脏阴阳属性的“太”、“少”不同说与至阴之异；同样是由于五行学说的影响，但在具体问题的认识上出现了五脏配五腑说与五脏配六腑说；在五行互藏思想的引导下，《《黄帝内经》出现心开窍于舌、心开窍于耳等众多不同观点；由于古人对时令认识的诸多不同，《黄帝内经》中出现五时配属五脏说、四时配属五脏说等不同学说，以上这些均可说明，在《黄帝内经》中存在大量的不同学术观点，汇集了当时医学流派的不同学说，所以，《黄帝内经》各家学说性质也是《黄帝内经》不容忽视的特点。同时《黄帝内经》的各家学说研究还应该包括后世注家的各种观点，《黄帝内经》成书后，做注释者逾百家。一则因其文义古奥，内容繁杂凌乱，对某些原文的理解尚存颇多争议；二则各家注释多参以己见，其中有许多独到见解，形成一家学说；三则历代注家多重视理论联系临床实际，在丰富的临床实践基础上，引经说之一绪，学用结合，对《黄帝内经》理论有所发挥，可以说后世注家结合临床实践，加以发挥，形成不同的理论观点，也是对《黄帝内经》学术极为重要的发展。如《黄帝内经》中有“肾治于里”与“肾为之主外”两种截然不同的观点，历代医家认识也多有不同，而且两种观点在临床实际都有具体运用，得到过临床验证，很难判断孰是孰非。实际上，根据其原文环境及后世医家认识，我们认为其是从不同角度论述肾脏生理特点的，一个侧重于五脏气机相系，一个侧重于五脏功能互用，所以有了截然不同的两种观点，但都是《黄帝内经》从不同角度论述肾脏生理功能的内容，都一样值得重视，而不能只依据目前中医基础理论对肾脏生理的基本认识轻易否定其中难以解释的观点。
由此可见，《黄帝内经》中存在不同的观点、体现出不同的学说以及后世注家经个人临床实践而做出的不同注释、形成的不同见解均可视为是《黄帝内经》各家学说性质的体现。
另一方面，《黄帝内经》又因此而成为中医学各个流派的源泉。历代大医家几乎没有一个不是精研《黄帝内经》之人，历代医书几乎没有一本不引用《黄帝内经》之章句，甚至每一个新的观点如果不能在《黄帝内经》中找到理论根据，这个理论就很难获得信服。纵观中医学史上重要的医学流派和医家，其理论源头无不始于《黄帝内经》。
张仲景在《伤寒杂病论序》中写道“感往昔之沦丧，伤横夭之莫救，乃勤求古训，博采众方，撰用《素问》《九卷》《八十一难》《阴阳大论》《胎胪药录》，并平脉辨证，为《伤寒杂病论》合十六卷”。由此可见，伤寒学派也是从《内经》学术体系中衍生出来的。金元四大家分别以寒凉、攻下、补土、养阴派著称医林。而追溯其主要理论观点的脉络，是与“医家之宗”——《黄帝内经》的理论指导有着千丝万缕的联系和渊源的。
刘完素依据《素问·至真要大论》的病机19条，著成《素问玄机原病式》，开创了寒凉派。他在其《素问玄机原病式》里，把属于火的10条、属于热的7条扩大为57条。不仅丰富和发展了《素问》病机十九条，在阐述火热为病的广泛性的同时，还从理论上进一步揭示了火热致病的病变机理，为火热病的治疗提供了理论依据。
张子和的最大成就在于攻邪论，而其攻邪论之理论基础，则渊源于《黄帝内经》。张氏认为，“医之善，惟《素问》一经为祖。”所以他无论谈病理、立治法，都努力阐发《内经》精神。如他提出的攻邪三法：天邪可汗而出之，人邪可涌而吐之，地邪可泻而出之，正是《素问·阴阳应象大论》“其在皮者，汗而发之”、“其高者因而越之”、“其下者引而竭之”的治疗原则的具体运用。
李东垣的学术思想，以“脾胃内伤学说”为核心。他把《黄帝内经》“人以水谷为本”、“有胃气则生，无胃气则死”作为理论根据，强调脾胃功能在维持人体生命中的重要性。如李东垣提出的脾胃元气论中的“元气之论”，其实在《内经》中早有论述，称之为“真气”。结合自己的临床实践，才能独创脾胃学说。他还专门写了一篇论文《医学之源》，文中指出：“医者必须先读《内经》、《本草》，辨施之于用。有余者损之，不足者补之，治而平之，务得其中，无误也，得其要者，一言而终，其斯之谓欤。”
朱丹溪创立了著名的滋阴派。他因提出“阳常有余，阴常不足”和“相火论”等新的学说，在治疗上倡用滋阴降火而著名。至于“相火”之谓，最早见诸《黄帝内经》。《素问·天元纪大论》有“君火以明，相火以位”之说，但属于运气概念，尔后，医家把它引申到人体脏腑之中来，朱丹溪在总结前人论述相火的基础上加以发挥。
此外，还有许许多多的医家、流派、学说都和《黄帝内经》有着不解之缘，这里不一而足。
在这里我们谈论《黄帝内经》之中的各家学说以及在这些不同学说、理论之上发展起来的中医流派，其实是想让大家明白，中医从来就是一个开放的体系，自古就存在着学术争鸣，也包容着不同的理论和见解。而正是这些不同学派间的不同见解和争鸣，推动了中医理论几千年来的发展。因此我们要重视《黄帝内经》经文之 “异”与后世注家之“异”的研究，这将有助于解决中医学后世发展中某些相互矛盾之处，对促进百家争鸣，深入阐释中医理论内涵，为临床发展提供新的思路与依据，都有重要意义。
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