《神农本草经》是后世公认的现存最早药物学专著，是汉代以前人类与疾病作斗争过程中有关药物学知识的总结。是书分为总论和各论两部分，总论概括地记述了君臣佐使、七情和合、四气(性)五味等药物理论，以及药物的采收、炮制、贮藏和用药方法等。
各论部分介绍了每种药物的具体内容，全书收载药物365种，其中植物药252种，动物药67种，矿物药46种，并按药物的功效和主治，分为上、中、下三品。上品药120种，多属补养药，除矿物药外，毒性小或无毒，可以多服或久服。中品药120种，多为祛邪治病兼有补养作用，有的有毒，有的无毒。下品药125种，多属攻邪治病之药，毒性较大，适用于寒热、积聚、癥瘕等病证。
全书药物主治病证名约170余种，其中内科病证名如中风、痹、痿、水肿、疟、肠澼、下痢，各种血证等。外科病证如痈疽、鼠漏、恶疮、漆疮、痔等。妇科病证如崩中、漏下、乳难、月闭等。五官科病证如目赤肿痛、青盲、目翳、衄血、鼻息肉、耳中流脓、耳鸣、耳聋等。口腔咽喉病如喉痹、口疮等。寄生虫病如三虫、疥虫等。
南朝齐梁时代的陶弘景沿用《神农本草经》原有分总论、各论的体例，把总论部分增补并加以注释，为成《本草经集注》卷一序例。各论部分除了将《神农本草经》不同版本的药物种类确定为365味，从《名医别录》中也选用药物365味，合计730味，并按他自己的见解予以注解，这就是《本草经集注》后6卷的内容。730味药物按玉石、草木、虫兽、果、菜、米及有名无用分为七类，除后者外，前六类均尊古法分为上、中、下三品。可见药物的资料源是由古本《神农本草经》、《名医别录》及陶弘景的注释三部分构成。陶弘景为了让读者和后人能区分两个不同资料源的内容，特地采用朱、墨杂书的方法，以红字朱文书写《神农本草经》，以黑字墨文书写《名医别录》。这对保存、标记、识别《神农本草经》原来面目有着非常重要的价值，这也是唐代《新修本草》、宋代《证类本草》得以见到《神农本草经》内容真目并为之仿效(《证类本草》缘镂版印刷而变通为“白文”和“黑文”)。
唐初苏敬《新修本草》是由《本草经集注》和《药图》、《图经》三部分组成，《神农本草经》的内容是正文、是主体，《药图》是当时全国各地选送的药物标本绘画而成，《图经》是药图的文字说明，其主体内容沿用了陶弘景的体例和方法。在药物数量上增加了114种，由于将《神农本草经》中的数味药物(如“由拨”与“鸢尾”)进行了分条，所以其中所载药物为850种。在药物分类上，将原有的“草木”“虫兽”分解为“草、木、兽禽、虫鱼”而成为九类分法，极个别药物在原有类别中作了调整。《新修本草》对药物资料来源也仿照陶弘景的思路而采用大、小号字的办法予以标记。凡陶弘景注文用小字书写，而新增注文不但用小号字书写还冠以“谨案”予以区别。
北宋马志等人在《新修本草》的基础上，经过两次修订，著成《开宝重定本草》(即《开宝本草》)(公元974年)，沿用苏敬的9类分法，新增药物133种，载药为983味。《开宝本草》的正文用大字单行，注文小字双行。正文出于《神农本草经》者印成白文，出于《名医别录》印成黑文，出于《新修本草》则在文末加注“唐附”，出于《开宝本草》新增者于文尾加注“今附”。
《开宝本草》问世数十年后，掌禹锡等完成了《嘉祐补注神农本草经》，简称《嘉祐本草》(公元1057～1061年)。其分卷、药物分类、编写体例、文献出典等，完全依照《开宝本草》，共21卷，载药1082种。其中983种承袭《开宝本草》所载的全部药物及内容，新增99种，唯文献来源的标记方式略有区别。凡正文出于《神农本草经》者印成“白文”，出于《名医别录》者印成黑字，出于《新修本草》补充的内容用“唐本先附”标记，
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