自从西晋皇甫谧《针灸甲乙经·序》第一次提到《神农本草经》书名之后，张华《博物志》将其简言之为《神农经》，其中传载药物的内容经南朝齐梁陶弘景对当时载药分别为“595种、441种、319种”，至少三种不同传本的《神农本草经》进行整合，从中选定了365味药物及其内容，又从《名医别录》中选择了365味药物及其内容，共计730种，在保留上、中、下三品分类的基础上，根据药物的自然状态及临床所用，创造性地将药物分为玉石、草木、虫兽、果、菜、米食及有名无用七大类。陶氏为了区分两种底本不同资料源的内容，采用“朱文”和“墨文”两色书写方式予以标记，这为后世识别《神农本草经》的原貌有十分重要的文献学价值。这就是他所说的“苞综诸经，研括烦省，以《神农本草经》三品，合三百六十五种为主”(《本草经集注·序》)，此乃“法三百六十五度，一度应一日，以成一岁”（《神农本草经·序》）。显然，“三百六十五种”之数是陶弘景确定的，《神农本草经·序》文中的“三百六十五种，法三百六十五度”也应当是出于陶氏之笔，只要认真研读两书之序，是不难得出这一结论的。
《隋书·经籍志》虽然转引了梁国阮孝绪《七录》中的五种《神农本草经》和9种《本草经》书名，但却无法知晓这14种古“本草”文献的具体内容。唐初经苏敬等人在陶弘景《本草经集注》的基础上，补充了隋唐时期所增的药物，修编了世界上第一部由政府颁行的药典——《新修本草》（公元659年），又称为《唐本草》，共54卷，收载850种药物，并将陶氏的七类分法调整为玉、石、草、木、禽兽、虫鱼、果、菜、米谷和有名无用9类。在此同时，苏敬等人又亲自绘制和征集了相应的药图，编著了第一部药物图谱，这就是世传的《本草图经》。作为独立传本的《神农本草经》在《唐书·艺文志》中仍著录有3卷本和署名雷公集注的4卷本两种。为何从隋代至唐代著录的《神农本草经》传本数目减少了呢？最主要的个中原因是经过陶弘景和苏敬等人的精心整理修订，使本草的内容趋于全面、详尽、适用、规范，未经过整治的古本《神农本草经》也就失去了存世的价值。这可能是著录数量减少的最主要因素。其次，因战乱丢失，以及唐以前的各类文献书籍均为手抄本而不便于收藏等，也是十分可能的原因。
北宋初期，经刘翰等人，取《新修本草》、《蜀本草》校订，又参以《本草拾遗》内容，修编成《开元本草》（公元973年）。次年李昉予以重新修订，名曰《重订开元本草》，据其序言称：镂版时“以白字为‘神农’（注：指《神农本草经》）所说，以黑字为‘名医’（注：指《名医别录》）所传，‘唐’（注：指《新修本草》，又名《唐本草》）附。今附（注：指《重订天宝本草》所增），各加显注，详其解释”，全书共收载药物983种，此书已佚，但其内容被收录于唐慎微的《经史证类备急本草》。可见，《重订开元本草》收录《神农本草经》内容可能有三个途径：一是此书作者在修编时还见到《唐书·艺文志》注录中的《神农本草经》原著，因为在李昉编撰的《太平御览》（公元976年~983年）所载《经史》图书纲目中还有《神农本草经》的书名。李昉对《重订开元本草》重新修订时参阅了该书内容，其“序”言之“以‘白’字为‘神农’所说”亦可为此判断之佐证。二是凭借《新修本草》中传载的相关内容。三是依据陶弘景《本草经集注》的内容。
之所以认为《重订开元本草》中有关《神农本草经》的内容取材于《本草经集注》的判断有两点理由：其一，陶弘景的《本草经集注》是从《神农本草经》和《名医别录》中各选365种药物集注而成，而《重订开元本草》所载的983种药物内容也是以这两书为主。其二，李昉等人借鉴了陶氏以朱、黑两色区别不同资料源的做法，让当时及后来者能识别《神农本
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