《神农本草经》所言药物有“寒热温凉四气”。四气，即四性，是药物或食物的寒热温凉四种性质，与人们味觉可感知的“有形”五味对言，四气属阳，五味属阴，此即“阳为气，阴为味”(《素问·阴阳应象大论》)之意。而事物之阴阳属性是可分的，“阳中有阴，阴中有阳”，故属阳的药物寒热温凉之性还可再分阴阳。温性、热性为阳，凉性、寒性属阴。热甚于温，寒甚于凉，其中只是程度的差异。就温热而言，常又有微温、温、热、大热的不同量级；寒凉又有凉、微寒、寒、大寒的不同量级，如果在性质上没有寒热温凉明显的性质差异，于是就用“平”标定其性质。
《神农本草经》认为药“有毒无毒，斟酌其宜”
“有毒无毒，斟酌其宜”(《神农本草经·序录》)是指临证用药时，务必要先知道哪些药物有毒，哪些药物无毒。有毒之药，其毒性之大小及程度何如等等，然后再根据临证实际情况，斟酌用药。
《神农本草经》认为药有“七情和合”
《神农本草经·序录》认为：药“有单行者，有相须者，有相使者，有相畏者，有相恶者，有相反者，有相杀者。凡此七情，合和视之。”这就是药物配伍理论中“七情和合”的源头。“七情和合”是指药物配伍中的特殊关系。
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