采集后的原生药，并不能直接供给临床医生处方使用，而要根据制药和临床医生治病的需求，对每一种原生药进行适当的加工处理，以确保用药安全有效。常用的方法有修制，水制两大类。
修制是最简单的对药材初步加工处理的方法，也是药材炮制或运用前的准备阶段。常用的方法有挑、揀、筛、刷、刮、镑、锉、切、铡等，以使药物纯净、碎细。如挑出麻黄的根；揀出合欢花中的枝叶；刷去枇杷叶上的细毛、石苇叶背面的绒毛，刮去厚朴、肉桂的粗表皮；菟丝子、苏子筛击沉沙；革决明、莱菔予簸去果壳，牡蛎、龙骨捣碎，犀角、羚羊角镑成薄片或矬成细末；天麻切成薄片，白术切厚片，白芍切成圆片、桑白皮切丝，白茅根铡成段等。
水制：药材在初步加工过程中，用清水（或其它液体辘料）处理药材的一种操作方法，称为水制法。常用的水制法有洗、淘、漂、泡、润、飞等。这监方法都是为了除去药物表面附着之泥沙、脏垢弹物，或使药材质地软化、便于切片，或使药材本身台有的毒性物质减少。在制作时必须根据药材的脏垢程度，质地、气味，或药材本身含有在水中易于溶解的物质来决定在用水处理时所用时间的长短。
1、淘洗，是用清水洗去萄材表面的脏垢异物、泥沙、杂质，或陈去种子、果实的瘪粒。适用于种子、果实、根及根茎，贝壳等类药材，如芦根、麦冬、木瓜、补骨脂、石决明、牡蛎等。石决明、牡蛎等贝壳类药材，脏拆较多，可以泡存水中洗；质地筑松的药材如防风、黄芪、独活等，应当分批洗，在水中的时间要短，以免影响药材的质量。对于含有多量粘液质的药材如车前子、葶苈子在水中易成粘团，故不宜在水中洗，只能晒干筛簸去泥沙、杂质等。
2、水漂，是将药材置于盛有多量水的容器中，并每天换水，或特药材放置容器内以长流水浸漂的一种方法。至于换水次数和漂的天数，要根据药物的性质、季节而定。一般以春秋二季为宜。如半夏、南星、白附予漂去毒性以无麻味为度，紫河车漂去腥味，成苁蓉、昆布、海螵蛸漂去咸苦味等。
3、浸泡，是将药材放入水中（或其它液体）中泡，以至符合要求为度。适用于质地较坚硬或对质量无影响的药材。浸泡时间的长短，应根据药材的品种、新陈、大小，质地软硬，应以地区，季节、气候而定。并定期换水和搅拌，防止药材变质、霉烂等。如白芍、白术水泡2-3小时，龟板、鳖甲泡的时间更长，直至皮肉腐烂后，刮净皮肉洗净晒干等。
4、湿润，是将药材质地软化的重要手段之一。其作法是把药材洗净用清水略泡，或稍微长泡或喷洒清水后，置适当的容器内，保持湿润状态，使水份徐徐渗透到药物组织内部，达到药材质地软化为度，便于切片。对药物有效物质损失亦小。如淋润薄荷，泡润槟榔，酒洗当归，姜汁润厚朴等。
5、水飞，借用药物微粒的大小，在水中沉降的速度不同，以制取微细粉末的一种方法，叫水飞。具体作法是把药物先粉碎置于乳缽中加水共研，研至缽底部无响声时。再加较多量的水搅拌，使细粉悬浮，粗粒下沉，然后将上层混悬液倾入另一容器中，静置使细粉完全沉积，倒出上层清水，即得细粉。如水飞滑石、朱砂、炉甘石。另有一种火飞，亦称煅或炒，如火飞硼砂就是把酬砂研至细粉。
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