根据病史、症状、视功能及检眼镜检查所见，诊断并无太大困难。但应与一引先天性或后天性脉络膜视网膜炎症后的继发性视网膜色膜变性加以鉴别。先天性梅毒和孕妇在妊娠第三个月患风疹后引起的胎儿眼底病变，眼底所见与本病几乎完全相同； ERG、视野等视功能检查结果也难以区分。只有在确定患儿的父母血清梅毒反应阴性及母亲怀孕早期无风疹病史后，才能诊断为原发性色素变性。有时还需较长时间的随访观察。先天性继发性色素变性通常在出生后即已存在，病情静止。
后天性梅毒和某些急性传染病（如天花、麻疹、猩红热、流行性腮腺炎等），均可发生脉络膜视网膜炎，炎症消退后的眼底改变有时与原发性色素变性类似。应通过病史、血清学检查、眼底改变（色素斑大且位置较深，形态不规则呈非骨细胞样，有脉络膜视网膜萎缩斑，视乳头灰白色）及夜盲程度较轻等方面予以鉴别。
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