是最常见的一类闭经，由于中枢神经系统–下丘脑功能失调而影响垂体，进而影响卵巢而引起闭经。其病因复杂，一般可分为功能性和器质性两大类。功能性障碍所致者比叫多见，如精神紧张、神经性厌食、营养不良、药物、运动等因素引发的闭经；器质性病变所致者，如脑部肿瘤、脑炎、先天性下丘脑缺陷等大脑病变引发的闭经。
1．功能性下丘脑性闭经：指下丘脑无器质性病变，垂体和卵巢功能完备的下丘脑性功能失调性闭经，多为继发性闭经，受精神、神经、营养、运动和药物等因素的影响。
（1）精神性闭经(psychogenic amenorrllea)：亦称功能性下丘脑性闭经(functional hy-pothalamic amenorrhea)或应激性闭经(stress amenorrhea)，多见于少女和知识阶层妇女，有明显的精神心理创伤和不良刺激因素。先有月经不调，突然闭经伴体重减轻，抑郁，焦虑，情绪和行为异常。雌–孕激素试验(十)。FSH、LH比例失调，PRL正常，E P 降低。垂体兴奋试验反应良好。甲状腺、肾上腺功能正常。
（2）神经性厌食症(anorexia nervosa，AN)：常见于年轻而过度活动的妇女。表现继发性或原发性闭经，典型精神心理障碍，顽固性拒食或厌食，因营养不良、代谢紊乱，致使体重下降，严重消瘦、心动过低、低血压、低体温或性器萎缩。GnRH分泌减少，FSH、LH值极低，TRH分泌亦减少。
（3）假孕和持续黄体综合征 (Pseudocyesis and persistent corpusluteum syndrome
PCL）也属精神–神经性闭经，多见于盼子心切或幻想妊娠的妇女。表现类似早期妊娠的症象，如闭经，腹涨，自觉胎动(肠蠕动)、乳胀、溢乳、胃肠反应等，伴精神抑郁症。GnRH、FSH、LH，PRL，E，P升高，LH无排卵峰值。B超检查卵巢正常或增大，或有黄体囊肿，并可排除妊娠。
（4）药物性闭经(PostPillamenorrhea)：亦称医源性闭经(iatrogenic amenorrhea)，或药物抑制性综合征。有服用避孕药，酚哩嗓类药物(冬眠灵、奋乃静、利血平、灭吐灵、安定等），达那唑，棉酚或雷公藤贰等药物治疗史，由于药物抑制了下丘脑GnRH，影响垂体Gn分泌（GNRH-GnH降低)，或FR乙升高，从而卵巢功能被抑制(E2、P降低)而导致继发闭经，或合并溢乳和不孕。孕或雌激素试验有撤药性出血，垂体兴奋试验反应良好。甲状腺和肾上腺功能检查正常。该类闭经对克罗米芬和促排卵药物敏感，部分可在停药后月经自恢复。
（5）运动性闭经(exercise amenorrhea盯athletic amenorrhea)：为体育训练和超负荷劳动所致闭经，其中以跑步、游泳和自行车运动员发生最多，与训练强度、体重下降、脂肪组织减少（低脂肪／肌肉比值)、精神情绪过度紧张、食物蛋白质比例下降等因素有关，且多见初潮前开始参加严格体育训练的未婚、未孕妇女。由于运动和应激引起下丘脑功能紊乱，血浆中β-非呔、皮质醇、雄激素、儿茶酚胺、降黑色素(melantonin)、GH、PRL、LH增高，而GNRH-FSH、E2降低，HPOU轴功能抑制引发闭经。无甲亢、甲低临床表现，停止超负荷的训练．月经可自然恢复，对性激素周期治疗和促排卵治疗反应好。通过病史及实验室检查易于鉴别。
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