闭经分为原发性闭经和继发性闭经。女子年逾16岁尚未初潮为原发性闭经；月经周期建立后又中断6个月以上或者月经停闭3个周期者，为继发性闭经。中医学称之为“经闭”“不月”“月事不来”“经水不通”等。
沈氏女科认为闭经为妇人月经病之痼疾，以病因病机复杂、病程长、疗效差、难以在短期内治愈为特点，反复强调治疗闭经不能一味活血化瘀，要从脏腑、月经周期不同生理病理特点以及合并症等多方面考虑，以脏腑为中心灵活用药，形成了调肾-调脾-调肝-活血贯序用药，即对于闭经患者先调肾以养精生血，接之调脾以后天补先天，继而调肝以疏气血，最后活血化瘀以通经。
调肾以养精血 女性生理状态与机体一般的生理活动和一定年龄范围内的生殖活动息息相关。前者指脏腑能化生精、气、血、津液，用以维持人体生命需求，并为肾—天癸—冲任—胞宫生殖轴的功能成熟与稳定提供足够的物质基础；后者是指女性周期性、规律性的子宫出血及妊娠、分娩与哺乳的生理特点。而保证此两者功能正常进行莫过于肾的作用。
肾为先天之本，元气之根，主藏精气。肾有肾精、肾气两个方面。肾气是肾精的功能体现，肾精是肾气的物质基础。肾精足则肾气旺盛，精能生血，血能化精，精血同源而互相资生，成为月经的物质基础之一。
肾为天癸之源，肾气的盛衰主宰天癸的至与竭；而天癸的盛衰主宰月经的来源与断绝。肾精所化生之精气，包含肾阴肾阳两方面。阴阳平衡，则天癸成熟，任脉通，冲脉盛，月事以时下，故有“冲任之本在肾”之说。因此肾在月经的产生及生理活动中起着主导作用。这与西医大脑皮质功能正常，内分泌调节有序则月经正常的认识是一致的。
肾气亏虚，精血匮乏，源断其流，冲任失养、血海不足而引发闭经。正如《傅青主女科》所说：“肾气本虚，又何能盈满而化经水外泄耶”。
肾阴虚者以五心烦热，腰膝酸软，舌淡质红，脉细数为主症，“壮水之主，以制阳光”，沈氏女科以杞菊地黄汤为主方治疗，选用枸杞子10克，生地10克，黄精10克，女贞子10～15克，玄参10～15克，制何首乌10克，鸡血藤20～30克。
肾阳虚以形寒腰酸，舌质淡胖，脉沉细为主症，治宜“益火之源，以消阴翳”，沈氏女科以肾气丸为主方治疗，以蛇床子10克，补骨脂10～15克为主药。填精则选用阿胶珠10克，龟板10～15克，鳖甲10～15克，紫河车10克等。
肾为水火之脏，肾的阴阳互根。“善补阴者，必于阳中求阴，则阴得阳升而泉源不竭”，滋阴药中可佐以补骨脂10～15克、仙灵脾5克、菟丝子10～15克等；“善补阳者，必于阴中求阳，则阳得阴助而生化无穷”，温阳药中可佐以枸杞10克、女贞子10～15克、生杜仲10克、桑寄生10～20克等。
调脾胃以后天补先天 “脾胃为气血生化之源”，女性以阴血为主。月经不调者，素体脾虚，或饮食劳倦损伤脾气，化源不足，冲任不充，血海空虚而引发闭经。《陈素庵妇科补解》“经血应期三旬一下，皆由脾胃之旺，能易生血。若脾胃虚，水谷减少，血无由生，始则血来少而色淡，后且闭绝不通。”调养脾胃可使精微输布，新血化生而月经自调。
另有素体肥胖，痰湿内盛或饮食劳倦，脾失健运，痰湿内生，痰湿阻于胞宫，胞脉闭塞，经血不得下行而月经停闭。正如《女科切要·调经门》所说：“肥白妇人，经闭而不能者，必是湿痰与脂膜壅塞之故也”。
脾虚气血不足可用香砂六君子汤，中焦湿热内盛用温胆汤加减并结合调养脾胃。调养脾胃有醒脾、开胃、健脾三种方法，醒脾常选用木香10克，砂仁5～10克；开胃选用鸡内金15～30克，焦三仙15克；健脾选用党参15～20克，白术10克，云苓10～20克，白扁豆10克，太子参15～20克。
疏肝以理气解郁 女子以肝为本。治疗月经不调疏肝理气解郁贯穿始终。肝为藏血之脏，司血海，具有贮藏血液及调节血流、血量的作用。肝血充盈，藏血功能正常，冲脉盛满，血海充盈而经至。
“百病生于气也”，女性患者多忧郁善怒，情志变化最为明显，气郁气滞多见。气滞则血滞，故而提出了“调经而不理气，非其治也”。正如《女科经论》所说：“凡妇人病，多是气血郁结，故以开郁行气为主，郁开气行，而月候自调，诸病自瘥矣。”
理气分为行气、破气、补气三大法则。①行气多选用柴胡5～10克，香附10克，木香10克，乌药10克，佛手10克，陈皮10克，炒橘核30克。②破气多选用青皮10克，枳实10克，大腹皮10克，厚朴10克，沉香5克。③补气多选用西洋参10克（另煎兑服），黄芪10～30克，党参10～20克，白术10克，黄精10克，仙鹤草10～20克，太子参10～20克，山药10克，白扁豆10克。
肝气郁结选用四逆散；气郁化火选用丹栀逍遥散；气滞血瘀选用柴胡疏肝散。
活血以化瘀通经 经上述脏腑调整，患者出现腰腹坠痛、乳房胀痛、脉弦滑有力，说明脏腑功能得复，血海充盈，此时可用活血化瘀法，因势利导，以达通经之功。常用桃红四物汤为基础方，再根据患者不同情况加减。其组方遵循3条原则：①“气行则血行”，常佐行气药、温通药，如柴胡、桂枝、香附。②“瘀阻多致痛”，常佐止痛药，如川楝子、元胡、蚕砂。③“逐瘀防伤正”，常佐和血药，如当归、白芍、鸡血藤。
上述治疗法则在组方基础上可加用有调整内分泌作用的中药以提高疗效，如菟丝子、蛇床子、泽兰等。
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