清代对于子午流注的研究似乎陷于停顿状态。成书于清乾隆七年（公元1742年）的《医宗金鉴·刺灸心法》除卷七十九有“天干十二经表里歌”、“地支十二经流注歌”各一首外，其余各卷均未提及。道光二年（公元1822年）清王朝下令太医院永远废止针灸科，针灸学术趋于衰落，子午流注针法的应用越来越少。同治十三年（公元1872年）由廖润鸿撰写的《针灸集成》一书，虽然特别重视五输穴的应用，但对与子午流注针法，并未深入论及。国民时期，不少人认为以天干、地支、阴阳、五行等为基础的子午流注针法具有唯心论的色彩，研究的人较少。
解放后，针灸又获得新生。解放初期朱琏编写的《新针灸学》虽未具体论及子午流注，但却认识到选择适当的时机进行针刺的重要性，把“刺激的时机”、“刺激的穴位”、“刺激的手法竹并列为针灸治疗的三大关键。重庆第一中医院吴棹仙所著的《子午流注环周图》、《子午流注说难》及承淡安、陈璧琉、徐惜年合编的《子午流注针法》很好地推动了子午流注学说的发展0 1979年，刘冠军等在《吉林中医药》上介绍了改编的“徐氏逐日按时定穴歌”，对推算当天开穴的方法有所改进0 1980年，上海市中医院吕国中等研究发现针刺开穴时，得气效应明显提高；针刺闭穴时，得气效应电信号出现率低，两者确实有差异。曹欣荣、詹永康编著的《古典时间治疗学》，刘炳权编著的《针灸子午流注灵龟八法知要》，李鼎、李磊校订的《子午流注针经》等标志着我国近年来在研究子午流注针法方面，有了一些进展。
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