1912年7月，北洋政府举行教育会谈，参照日本学制，制订了《王子癸丑学制》。1912年11月北洋政府教育部颁布了《医学专门学校规程》。1913年1月，北洋政府教育部公布了《大学规程》医学、药学两门，完全没有中医药学方面的规定，这就是民元的所谓教育系统“漏列”中医事件。
教育系统“漏列”中医药案，引发了近代医学史上首次抗争救亡运动。上海神州医药总会余伯陶等人，立即和各地医学团体进行联系，至1913年10月有19个省市医学团体响应。并派代表参加“医药救亡请愿团”推举恽薇荪(北京)、叶晋叔(上海)为代表。此外尚有药业方面，同仁堂、西鹤年堂等参加。代表于1913年11月23日起程赴京请愿。《神州医药总会请愿书》是一份非常珍贵的近代中医教育史资料。现文摘如下：
“为请求建议，呈为恳请提倡中医中药，准予另设中学(注：指中医学)医药专门学校，以重民命而顺舆情事……”“今者民国肇始，力图自强，我国医药人材，方将与世界各国竞胜争雄，教育部太部定章，于医学课程独取西法，不及中学，此虽迫于世界进化之大势，别具苦心，然会员等愚以为医药为卫生强种之要素，与国计民生有绝大关系；速举中医中药切实整顿则可，逐如淘汰则不可……”。
请愿书全文很长，最后提出八条具体措施，即设立中国医药书编辑社；开设医院；开设中医补习学校；规定诊察手续及立案程式；删补丸散膏丹暨各种药品；设立医药藏书楼、药品陈列所；设药品化验所；编辑医学报等。请愿书结尾曰：“大部为全国教育总司，必能下顺舆情，俯加采择，当无畸轻畸重之虞。所有请求恳请建议提倡中医中药，准予另设专门学校各缘由，除向教育部恳请，议会请求外，理合抄具简章，吴请俯充批示祗遵，不胜迫切待命之至。谨呈。”
北洋政府教育部在群众舆论压力下，1914年1月8日函复余德勋(余伯陶)请愿书。该批示认为：“本部对于医学，只期学术完备，求合于世界进化之大势，然后检疫，卫生诸政，冀可推行无碍，并非于中医、西医有所歧祝也。”
继教育部批复之后，北洋政府国务院于1月16日也发下正式复文：“查中国医学，肇自上古，传人代起，统系昭然，在学术固已蔚为专科，即民生亦资具利赖，前此部定医学课程，专取西法，良以歧行不至，疑事无功。先其所急，致难兼采，初非有废弃中医之意也。来呈述理由五端，尚属持之有故，拟办各宰，亦均具有条理，除厘订中医学校课程一节暂从缓议外，其余各节，应准分别筹办。仍仰随时呈明地方行政长官立案，俾资查考以便维持。此批。”。
教育部和国务院的答复，明确表示并非于中医有所歧视、废弃之意，基本同意了全国医药救亡请愿团要求，准予分别筹办。虽然对中医学校课程要暂缓议定。但原则上已表示准许不加反对。这次请愿的初步胜利，为以后各地中医学校立案成功奠定基础。
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