在《规定旧医登记案原则》中，尽管没有立即禁绝中医，但通过限制中医登记，听任年老中医老死，不准办学而使中医界后继无人，以达到中医自然消亡之目的，实际上采取了釜底抽薪的办法。如果该案得到实施，那么中医的灭亡，就只是时间的问题了。所以此案一出，医界鼎沸，社会震动，立即爆发了中医近代史上规模浩大的抗争风潮。数日之内全国各地中医药团、药商团体、全国商会联合会等团体质问南京政府的函电不可胜数。香港、菲律宾、新加坡等海外中医药团体也纷纷来电请愿。面对国内外中医界和各界人士的强烈反对，国民政府为了息事宁人，不得不取消废止中医提案。
然而，取消废止中医提案并没有从根本上说明中医的合理性，余云岫为代表的西医废止旧医的最重要理由，就是中医不合近代科学。在科学主义肆虐的时代洪流中，只要没有从根本上论证中医理论的科学性、合理性，中医就一天无法摆脱人们的质疑，中医的生存危机便难以得到根本消除。这也是为什么多年来“中医不科学”的声音不绝于耳的原因。
余云岫等人以极端的方式指出了中医的问题，但是问题的解决绝不应当是消灭中医，中医几千年来一直佑护着中华儿女，在无数的与病魔作斗争的成功事实中，毫无疑问，必然蕴含着深邃的真理。凤凰在烈火中重生，中医经历了怀疑与诽谤，目前已经面对前所未有的机遇与困境，科技的高度发达使得中医深邃理论的现代诠释成为可能，同时也时时面对着被最终宣判死刑的危机。中医作为整个中华民族的宝贵遗产，如果要得到继承，那么用现代语言、现代科学的方式进行阐释，已是当务之急。
“何方圆之能同兮，夫孰异道而相安”，中医呼唤自己的理论家！
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