“点穴”作为医疗手段的理论依据，即以阴阳为认识，以五行为分析。在阴阳认识和五行分析的基础上，了解人体脏腑的性能，经络的分布，以及营、卫、气、血与经络脏腑的相互关系。在了解经络与脏腑的同时，还要了解组成人体的素质，维持人体的生命，使生命得以存在和继续的营、卫、气、血。而营、卫、气、血的功能，即经脉的循环；它是先天与后天，天气与地气，阴阳统一性的结合，而促成其循环功能。阴阳统一性包含着五行，五行生克制化，却维护着人体气化的相互平衡。总之，这些理论概念，就成为指导点穴治病的原理。具体分述于下：
1．阴阳认识
阴阳认识，是从对立统一的认识方法，去认识宇宙间一切事物和有生命力的代代遗传与变化。天为阳，地为阴；日为阳，月为阴；热为阳，寒为阴；光为阳，暗为阴……。此乃大自然的阴阳概括。大自然的存在与继续，即天地对立统一的运动。这种运动，包含着动中有静和静中有动。这种大自然的运动，使海、陆、空所有的生物和具有生命的一切，受其影响得以存在和继续。
生命的存在和继续就是运动。运动的形式，为伸张与收缩。伸张为动属阳，收缩为静属阴。伸张与收缩的性质，即一开一合。开合仍属阴阳对立的统一，它包含着上下、左右与前后。这不仅是人类的生命如此，动物和植物的存在、继续，也是如此。
以阴阳认识人的性别，男性为阳，女性为阴。以阴阳观察人的整体，头在上为阳，足在下为阴。按表里说，表在外为阳，里在内为阴。具体的讲，即外表为阳，内里为阴。外表指的是肢体，内里着重为脏腑。脏属阴，为阴中之阴；腑属阳，为阴中之阳。外表肢体分布着经络，经络中的十二经脉，又区分为阳经和阴经。阳经的外表，为阳中之阳；阳经的内里，为阳中之阴。阴经的外表，为阴中之阳；阴经的内里，为阴中之阴。从阴阳认识上，不但能对自然界变化，人体的经络，脏腑的属性，进行分析和辨别，而且能认识到疾病的位置和性质以及发展的趋向。并且可用认识到的病情，配以对症穴位，使点穴恰当地运用规律性的轻、重、快、慢等手法，以调节人体阴阳运动的平衡。这种阴阳的认识，指导着点穴疗法的实践。
2．五行分辨
五行，是观察物质的本质和本物质与其他物质，相互之间关系的一种规律的分辨方法。在自然界，以方向为五行，即：东、西、南、北、中。以颜色分五行，为：青、黄、赤、白、黑。以物质定五行，为：木、火、土、金、水。从这五个运行的物质看，它既是相生，又是相克。
相生：木生火、火生土、土生金、金生水、水生木。它们之间的相生是周而复始的。
相克：木克土、土克水、水克火、火克金、金克木。这又是五行相克的周而复始。
以五行对人来说，有五体头躯与四肢。人的面部，有五官与七窍。躯体内的五行为五脏。上肢肘至手为五节，手有五指。下肢膝至足有五节，足有五趾。手五指与足五趾，以经脉相应于五脏，五脏则开窍于五官。
人的每一指或每一趾相通于一个脏或一个腑（脏腑为表里关系，经络又区分阴阳。请参看脏腑与经络部分），每一经脉的手至肘与足至膝，又分布着5个俞穴，即：井、荥、俞、经、合，以应五脏之气化。观察面部五色，则可辨五脏精气的反映。切脉象，则可测五脏之气化。木、火、土、金、水，相配于五脏。以五行生克制化，不但可以辨别脏腑的邪正盛衰，且可依此作为点穴治病的临证配穴和决定手法的补泻原则。
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