贮藏药材常用的容器有缸、坛或瓮、木板箱、麻袋等。在药材贮藏期间要定期检查，适当晾晒。在霉雨季节特别要注意防潮。发现受潮后要及时干燥。如发现生虫应迅速扑灭，以免蔓延，除虫方法可用火烘或硫磺烟熏。若用剧毒药物来防治应专门保管，以防发生事故。
关于留供繁殖栽培生产作种用的中草药种子之贮藏，根据各种子的萌发能力，可用干藏法和湿藏法贮藏。干藏法是将种子阴干或晒干后，置通风干燥处贮藏，如荆芥、薄荷、穿心莲、黄芪等。容易失去生活力和必须经层积处理后才能通过休眠的种子，可将种子与湿润的砂土(1：3)混和，盛入木箱内，置低温阴凉处贮藏或在室外挖窖层积贮藏，如人参、西洋参、黄连、山茱萸等。寿命短或稍干即易丧失发芽力的种子，应随采随播，不宜贮藏。
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