一、重视伏气致温
柳氏认为温病有新感伏气之分，随时感受之温病即叶天士、吴鞠通所论者是也；伏气内发之温病，则是《内经》《难经》《伤寒论》所论者是也。这两种温病的传变出入不同，治法轻重深浅有殊，不能相混。他说，叶氏《温热论》所谓温邪上受，首先犯肺者，是指暴感风温而言，其邪专在肺，咳嗽发热，甚则发为痧疹，治以辛凉清散为主，热重者，兼用甘寒清化。而伏气温病，乃冬时伏邪，郁伏至春夏，阳气内动，化热外达而致，治以清泄里热为主。他对当时医者多宗叶氏，每遇温邪，无论暴感伏气，概用辛凉轻浅之法的倾向颇为忧虑，明确指出：“伏溫是外感中常有之病，南方尤多，非怪证也。其病载在《内经》《难经》《伤寒论》诸书，非异说也！临证者，竟至茫然莫辨，门径全无，医事尚堪间哉！”
邪伏少阴为柳氏伏温学说的基本概念，他认为，邪伏，是由于正虚，特别是肾气先虚，然后邪乃凑之，这也就是《内经》“冬伤于寒，春必病温”,“冬不藏精，春必病温”的经义；邪伏少阴，可因阳气内动而发，也可由时邪外感引动而发，待其发病，或邪由三阳而出，或达肺胃，重者热不外出而内陷于手足厥阴；或肾气虚馁，不能托邪而燔结于少阴，亦有挟湿而内陷太阴，以致缠绵难愈者，故伏气温病病因复杂，传变无定，较之新感温病更为复杂危重。
二、遵六经辨证
柳氏认为，六经是外感热病的辨证大法，是必须遵循的准绳。伤寒与温病为病不同，而六经之见证相同；用药不同，而六经之立法相同。因而，无论是新感温病还是伏气温病，都是适宜于六经辨证的，只不过两者的传变出人不同；新感温病由外而入内，即由主阳传入三阴；伏气温病由内而达外，即由三阴达于三阳。所以，识得六经各证，就能知病情的浅深轻重；问其前何证，今见何证，就可知病势的出入顺逆．柳宝诒对吴鞠通《温病条辨》专主三焦而废六经的观点颇为不满，他说：“其上焦篇提纲云：凡温病者，始于上焦，在手太阴。试观温邪初发者，其果悉见上焦肺经之见证乎？即或见上焦之证，其果中下焦能丝亳无病乎？鞠通苟虚心诊视，应亦自知其说之不可通矣！”可见柳氏在这些重要问题上与叶、吴的思想是不尽相同的。
三、重视助阴托邪
伏气温病病势的顺与逆，取决于邪机能否从少阴向外透达；而邪机的外达，又取决于少阴肾气的振奋与否。其人肾气振奋，能鼓邪化热，达于三阳，则或清或下，病易痊愈。若其人肾阴不足，或肾阴肾阳俱不足异则肾气虚馁，邪机伏而不达三阳，反窜入三阴。入手厥阴经，则可见热入心包诸证，如神昏谵语、烦躁不寐等；入足厥阴肝经，则可见抽搐动风、痉厥、直视等。所以，扶助肾气，托邪外出是治疗伏温的关键。助阴托邪法，就是伏气温热派的绝招。此法从《伤寒论》麻附细辛汤治少阴感寒的法则变化而来。柳宝诒说：“寒伤人之阳，温病烁人之阴，而其正虚邪陷则一也。仲景既立助阳托邪之法以治伤寒；从对面推想。岂不可用助阴托邪之法以治温病乎？”（《柳宝诒医案》）柳氏颇善养阴，常用鲜生地、鲜石斛、鲜沙参相伍，名“三鲜汤”。又常用鲜生地分别与豆鼓、生姜、薄荷等同杵入煎取滋而兼透的功能。助阴托邪法虽以养阴为主，但对邪伏少阴不透之证，每参入鼓荡阳气之品，如附子煎汁制生地、桂枝煎汁制白芍、麻黄煎汁制豆鼓等，恐一味凉润，使邪机冰伏或呆滞气机。
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