一般说来，科学理论的建构都要借助于观察、实验、测量、调查、数学、逻辑、科学抽象、创造思维、建立假说和理论等科学研究方法体系。科学哲学认为，方法是学科体系中最深层、最本质的内容，它决定着学科的众多特点。中医学之所以能成为一种独特的医学体系，在很大程度上取决于它的科学研究方法体系，包括认识人体生命活动规律和疾病的方法，加工经验材料的方法，建立科学理论和检验科学理论的方法，叙述科学结果的方法等。
中医学理论体系的建构方法，是指相对于四诊、辨证、治法、针法、灸法等特殊科学方法而言的哲学方法和一般科学方法。中医理论建构的哲学方法即精气、阴阳、五行学说。一般科学方法通常分为经验性科学方法、理论性科学方法和横向学科方法三类。经验性科学方法是获取经验材料或科学事实的一般方法，如观察、实验、调查、测量方法等；理论性科学方法是对经验、事实进行思维加工，建立理论的一般方法，包括分析、综合、归纳、演绎、类比等逻辑方法以及假说方法、思想实验、理想化方法等；横向学科方法是指由数学、一般系统论、信息论、控制论等横向学科抽取出来的一般方法，如各种数学方法和系统方法、黑箱方法、反馈方法、信息方法等。中医理论建构最具特色的一般科学方法当是理性思维方法，它对经验性科学方法有制约作用。
1．司外揣内
司外揣内是指通过观察事物的外在表象来分析判断事物内在状况的认知方法，也称为以表知里。早在《灵枢·外揣》中就指出：“合而察之，切而验之，见而得之，若清水明镜之不失其形也，五音不彰，五色不明，五藏波荡，若是则内外相袭，若鼓之应桴，响之应声，影之应形。故远者司外揣内，近者司内揣外，是谓阴阳之极，天地之盖。”中医的元气论自然观和气化论生命观内在地规定了中医认识和研究人体在“象”的层次上，因而也决定了中医认识事物的方法为司外揣内。
《孟子·告子下》说：“有诸内必形诸外。 ”已认识到事物的本质和现象之间有着必然的联系，事物内在的变化，可通过某种方式在外部表现出来。故通过观察表象，可在一定程度上认识内在的变化机理。如《灵枢·刺节真邪》说：“下有渐洳，上生苇蒲，此所以知形气之多少也。”即从苇蒲的繁茂与否，可以推断下面水土的肥瘠情况。中医理论关于人体生理病理的许多知识即以此为认知方法，藏象学说就以此为方法论的根基，借助于对外在生理病理现象的观察分析，来推知判断内在脏腑的功能特点。司外揣内是决定中医学本质特征的科学方法，有效地解决了中医学所把握的现象与状态的关系。中医学通过对生命现象的观察、辨认，形成感性认识，进而发现并归纳本质属性的生命状态与表现于外在现象的固定联系，形成概念，完成对“象 ”的研究，即司外揣内之“司外”的阶段。然后由概念展开判断、推理，进入“揣内”阶段。揣，本质上是由现象形成概念，进而展开为判断、推理的逻辑思维过程。所以，“司外揣内”是为实现认识人体的“现象一状态”层面生命规律而采取的手段和思维途径。
司外揣内的方法与现代控制论的黑箱方法有所相似。对于内部有着复杂联系而又不便打开逐项分析，或打开后可能干扰破坏原有状态的研究对象，特别是生命体的活动过程和变化，借助黑箱方法，通过对输入信息和输出信息之间关系的比较研究，常可测知该对象内部的大致联系及其变化规律。由于此法没有肢解对象和干扰破坏对象固有的各种联系，因此“失真”较少，可获得许多用白箱（还原分析）方法所无法获悉的信息。中医藏象学说之所以有许多超结构的联系，如“肾开窍于耳”、“肺主皮毛”等，究其原因即在于此。
由于司外揣内的方法是在
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