奇经八脉纵横交叉于十二经脉之间，主要有以下三个方面的生理作用：
（一）密切十二经脉之间的联系
奇经八脉在循行过程中，不但与十二经脉交叉相接，加强十二经脉间的联系，补充十二经脉在循行分布上的不足，同时对十二经脉还起到分类组合的联系作用。如督脉与手、足三阳经交会于大椎，故为“阳脉之海”；任脉在中极与关元穴和足三阴经交会，而成“诸阴之海”；冲脉通行上下，渗灌三阴三阳，称之为“十二经脉之海”；带脉约束诸经，沟通腰腹部的经脉；阳维维于阳，组合所有的阳经；阴维维于阴，组合所有的阴经；阴跷脉与阳跷脉均起于足踝部，对下肢内外侧的阴经与阳经有协调作用。
（二）调节十二经脉的气血
奇经八脉错综分布、循行于十二经脉之间，当十二经脉气血旺盛有余时，则流注于奇经八脉，涵蓄以备用；当生理活动需要或十二经脉气血不足时，可由奇经溢出给予补充，以保持十二经脉气血在总体上的相对恒定状态，有利于维持机体生理功能的需要。正如《圣济总录·奇经八脉》所说：“脉有奇常，十二经者，常脉也，奇经八脉则不拘于常，故谓之奇经。盖言人之气血，常行于十二经脉，其诸经满溢，则流入奇经焉。”
（三）加强与某些脏腑的联系
奇经不像十二正经那样与内脏有广泛的联系，仅与肝、肾等脏及女子胞、脑、髓等奇恒之腑的关系较为密切。如女子胞、脑、髓主要与奇经直接联系，相互之间在生理和病理方面均有一定影响；冲、任、督三脉一源而三歧，带脉环腰一周，共同构成一个完整的系统，且和肝经相通，故与疝气及女子的经、带、胎、产等密切相关。
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