藏象学说的形成，以《内经》的成书为标志，而历代医家不断有所补充与发展。其形成的基础，主要有以下四个方面：
1．古代解剖知识的积累
早在春秋战国时期，古人对脏腑的形态已有了一定的认识。如《史记·扁鹊仓公列传》记载上古俞跗治疗疾病云：“乃割皮解肌，决脉结筋，搦脑髓，揲荒爪幕，湔浣肠胃，漱涤五脏。”此案例因系传说，似乎不足为凭，但若着眼于其所论述的解剖程序，则不难发现这一传说背后翔实的解剖知识底蕴，说明当时已积累了一定的解剖学知识。
《灵枢·经水》说：“若夫八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之，其死，可解剖而视之。其脏之坚脆，腑之大小，谷之多少，脉之长短，血之清浊……皆有大数。”说明在当时解剖学方法是认识人体结构的基本方法。《灵枢·肠胃》及《难经·四十二难》详细描述了人体脏腑的解剖形态、重量、色泽、容积等。据日本学者山田庆儿考证，这是对“莽诛翟义之徒，使太医尚方与巧屠共刳剥之，度量五脏，以竹筵导其脉，知所终始 ”(《汉书·王莽传》)结果的记载，故其对人体解剖结构的认识和描述，远比当时的其他医学要详细准确得多。
解剖学方法在藏象学说形成中的意义，首先是通过解剖观察建立了脏腑器官的概念，尽管最终建立起来的藏象学说不以脏腑器官的解剖形态为指归，但其理论构建却以这些初始解剖概念为起点。其次，解剖实践促进了人们对脏腑生理功能的认识，如心主血脉、肺主呼吸、肾主水液、胃主受纳腐熟、大肠主传化糟粕、胆藏精汁等，都是以解剖知识为基础的。
2．对人体生理、病理现象的长期观察
由于古代解剖知识的粗疏，无法满足揭示生命的高度复杂性这一医学需求，借用解剖方法难以建立完整的医学理论体系，在中国古代哲学的精气、阴阳、五行理论及其思维方法的文化背景下，古代医家采用了“以表知里”、“司外揣内”的认识方法，即通过对活的生命体的功能变化的观察分析建立重视功能态的医学理论体系。
根据“有诸内者，必形诸外”的原理，采用“司外揣内”、“视其外应，以知其内脏”及“取象比类”的方法，通过对活的生命体的整体观察，分析人体对不同环境条件和外界刺激所作出的不同反映，来认识人体的生理、病理规律，是藏象学说形成的主要依据。如在已知肺主呼吸的基础上，观察到人体体表受寒时会出现鼻塞、喷嚏、咳嗽、声音嘶哑等呼吸道症状，从而推论出肺主皮毛、开窍于鼻、肺主声等论点。又如在已知心主血脉的基础上，发现情绪紧张、恼怒、羞愧时常伴有心跳、脉搏加快、出汗等变化，以此推导出心主神明、在液为汗的结论。
3．医疗实践经验的积累与总结
通过医疗效果来探索和反证机体的生理病理，是使藏象学说的具体内容不断丰富充实，并发展成为具有指导临床普遍意义的基础理论的重要依据。如食用动物肝脏可以治疗夜盲，多次重复的经验则产生了“以脏补脏”的治疗方法，并佐证了“肝开窍于目”的理论；用补肾填精的方法，能治疗生长发育障碍、生殖机能减退，及促进骨折愈合，反证肾有藏精，促进生长发育、生殖及主骨的功能。又如外感入里化热，常会出现腹胀、发热、气急、鼻煽、大便不通等症，运用导滞泻下之药治疗，往往便通、热退、喘平，从而推导出肺与大肠相表里，脏实可用泻腑治疗的结论。当然，被临床实践证伪的假说或理论，则被淘汰或修正。如脏与脏的关系中，按照五行之间递相资生的次序，火生土是指心火温煦脾土，但与临床实际不完全相符，故命门学说兴起以后，多认为命门之火有温煦脾土的作用，临床上温肾阳以健运脾土的治法则
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