阴阳学说对于中医理论体系的形成和发展起着十分重要的作用，贯穿于中医理论体系的各个方面，指导着历代医家的理论思维和诊疗实践。故张介宾《景岳全书》说：“医学之要，阴阳而已。”
（一）说明人体的组织机构
根据阴阳对立统一的观点，中医学认为人体是一个有机的整体，其内部充满着阴阳对立统一的关系。人体的一切组织结构，都可以依据阴阳属性的规定，根据其所在部位、功能特点划分为相互对立的阴阳两部分。因此《素问·宝命全形论》说：“人生有形，不离阴阳。”由于结构层次的不同，人体组织结构的阴阳所指也有所不同。就人体部位而言，上部为阳，下部为阴；体表为阳，体内为阴。就腹背而言，背部为阳，胸腹面为阴；就肢体的内外侧而言，四肢的外侧面为阳，内侧面为阴；就筋骨与皮肤而言，筋骨在深层为阴，皮肤居表为阳；就内脏而言，六腑传化物而不藏精气，故为阳，五脏化生和贮藏精气而不泻，故为阴。就五脏而言，心、肺位于身体的上部胸腔之中为阳，而心属火，主温通，为阳中之阳；肺属金，主肃降，为阳中之阴。肝、脾、肾位于身体的膈下腹腔为阴，而肝属木，主升发，为阴中之阳；肾属水，主闭藏，为阴中之阴；脾属土，居中焦，为阴中之至阴。具体到每一脏腑，又有心阴、心阳，肝阴、肝阳，胃阴、胃阳，肾阴、肾阳等。就经络而言，十二经脉中有三阳经和三阴经的区别，奇经八脉中有阴跷与阳跷、阴维与阳维的不同，络脉中有阴络与阳络。就气血而言，气为阳，血为阴；而在气之中，营气循行脉内为阴，卫气循行脉外为阳。可见，人体结构中的上下、内外、表里、前后各部分之间，以及体内的脏腑、营养物质之间，都存在着对立统一的阴阳关系，都可以用阴阳学说加以分析和认识。
（二）解释人体的生理活动
对于人体的生理活动，中医学也是用阴阳学说加以说明的，认为人的正常生命活动，是机体内部以及机体与环境之间阴阳协调平衡的结果，所谓“阴平阳秘，精神乃治 ”（《素问 ·生气通天论》）。如以物质与功能而言，物质属阴，功能属阳。人体的生理功能是以体内物质为基础的，没有物质的运动，就无以产生功能活动，而功能活动一方面消耗着能量与物质，另一方面其结果促进着物质的新陈代谢，有助于物质的摄入和能量的贮存。物质与功能的关系，也就是阴阳相互制约、资生、不断消长转化的过程。
再如人体的睡眠活动，是属阳的兴奋与属阴的抑制两种功能对立统一运动的结果。人在白昼，体内属阳的兴奋制约了属阴的抑制而占主导地位，所以处于醒寤的兴奋状态；进入黑夜，体内属阴的抑制制约了属阳的兴奋而占主导地位，所以人就进入睡眠状态。显然人的睡眠活动就是机体内部阴阳对立统一运动的结果。就人体物质之间的关系而言，气和血分阴阳，属阳的气具有生血、行血和摄血的功能，而属阴的血具有载气、寓（藏）气、养气的作用。可见，气血之间又体现着阴阳关系的多个层面。此外，如营卫关系、气与精或津液关系、脏腑关系、经络关系，也是如此。因此说“生之本，本于阴阳”（《素问 ·生气通天论》）。
（三）解释人体的病理变化
人体的正常生命活动，是阴阳双方保持协调、和谐，处于动态平衡之中的结果。疾病的发生，就是这种动态平衡遭到破坏的结果。因此，阴阳失调就是中医学对疾病发生及其病理变化的高度概括。阴阳学说用来解释人体的病理变化，主要反映在以下两个方面：
1．分析病因的阴阳属性
疾病是致病因素作用于人体，引起邪正斗争，导致机体阴阳失调、脏腑组织损伤及机能障碍的过程。就病邪而言，可以分为阴邪
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