黄连与黄芩皆味苦，性寒，色黄，同归于胆、胃、大肠经，皆能清热燥湿，泻火解毒，可治肠辟、下痢等湿热为患之疾，功能有些相似，为临床上所常用。然而，二药无论从药性及其治疗病症来说，又确有所差异。
《伤寒杂病论》中，含有黄连的经方有13个，含有黄芩的经方有25个。这些经方为我们在临床上如何运用这两味药作出了示范，值得认真研究。
仲景用药多紧贴《本经》。《本经》云：黄连“主热气目痛、眦伤、泣出、明目，肠辟，腹痛，下痢，妇人阴中肿痛”；黄芩“主诸热，黄疸，肠辟，泄痢，逐水，下血闭，恶疮，疽，蚀，火疡”。
纵观仲景经方中对黄连、黄芩的运用可以看出，黄连更偏于入心经，泻心火，并治不寐、心烦及上腹部不适感等涉及神志方面的病状。立六个泻心汤：黄连阿胶汤用之治失眠，为补剂中泻药。清代医家邹润安认为，以其证属阴虚阳盛，阳盛则宜泻火。还如后世之交泰丸（黄连、肉桂），亦治心肾不交之失眠者。故南京中医药大学黄煌教授总结说，黄连“主治心中烦，兼治心下痞、下利”；“见有烦而痞，烦而利者，多用黄连”。
临床凡见目赤、牙痛、口舌生疮、呕吐及消渴等症，大多与火邪有关，以火性炎上，又消灼津液，故常用黄连以泻火。邹润安云：“黄连为心胃之剂，呕吐为胃病，故后世治呕用黄连其效最捷，盖上升皆火之变见”；“二方（指黄连汤和黄连阿胶汤）皆以黄连为君，二证皆发于心，可见黄连为泻心火之剂矣”。
须得特别指出的是：黄连苦寒而燥，黄芩虽苦寒而不燥；黄连能治湿生之热，但不能治热生之湿，而黄芩却能治热阻生湿。故《本经》云黄芩“逐水”，《别录》云其“利小肠”。由于手、足阳明皆属燥金，与性燥之黄连同气相求，故大肠、胃及胆如被湿热所扰，皆宜此苦寒而燥者治之。所以黄连有“调胃厚肠”之功效是确切无疑的。笔者平时治胃痛、胃胀或胃痞者就喜用黄连（配伍蒲公英、麦冬、夏枯草等药），疗效颇佳。
与黄连不同的是，黄芩更偏于入肺经，长于清泄肺热，如疗痰热咳嗽等疾，以治气分之热为专功。黄煌认为，“烦热是使用黄芩的重要指征”，“黄芩证中烦热极为重要”，“黄芩主治烦热而出血者，兼治热利、热痞”。当年李时珍患骨蒸发热、肤如火燎，每日吐痰盈碗，即用黄芩一两煎服而愈。邹润安说：“黄芩治自里达外之热”，又“阴虚气盛热自内出者，黄芩亦能治之”；“凡气以热滞致血缘气阻者，得气之调则行，此黄芩之专司也”；“大率黄芩所治之小腹绞痛，必烦热，必口渴，必小便有异于常”。《千金》治小儿腹痛三方（地肤子汤、蒲黄汤等），均为气热攻血，故方中皆用黄芩。再如黄芩所治之黄疸，其特征是“一身面目悉黄”（据《千金》治黄方），可知疸证非一身面目悉黄者不可用。泄利无热者亦不可用。
邹润安指出：“仲景用黄芩有三耦焉。气分热结者，与柴胡为耦（如小柴胡汤等）；血分热结者，与芍药为耦（如大柴胡汤等）；湿热阻中者，与黄连为耦（如半夏泻心汤等）……故黄芩协柴胡能清气分之热，协芍药能清迫血之热，协黄连能清热生之湿也。”就是这样几个最基本的药物组合（即配伍），就可衍生出许多常用的方剂，如经方中的当归散、黄芩汤、黄连阿胶汤，以及后世的芍药汤等。
另外，黄芩还是止血良药。仲景首用之于泻心汤治吐血、衄血，又用于黄土汤治便血，再用于当归散以安胎。后世如张景岳云其“能除赤痢、热畜膀胱五淋涩痛”；徐大椿用黄芩清肺饮治孕妇衄血不止、脉数者；蒲辅舟用一味黄芩酒炒为末，治痔久出血等。
最后，邹氏还就黄连之宜忌及为何主“妇人阴中肿痛”的问题作了分析。他说：“大抵阴中之疾皆始于小便，小便不利则湿壅热生，湿与热相搏则不得泄为肿，妇人前阴又为血潮汐之常道，于是遂涉血为痛。”他又强调指出：“黄连之治湿治热须分别观之。湿证之急者可用，缓者不可用，盖湿缓者热不盛，热不盛则恶黄连之气寒也；热证之缓者可用，急者不可用，盖热证急者湿不盛，湿不盛则恶黄连之燥矣。”由此可见，黄连虽治湿热，但只宜用于“湿急热缓”之证。
总之，黄连与黄芩的异同点在于：黄连偏于入心，长于清火解毒，性燥，为心胃之剂，主治心中烦，兼治心下痞，下利，能调胃厚肠，治湿阻生热，止消渴，解巴豆毒，擅除水火相乱之病及蔓延淹久之证。黄芩则长于清肺热，其性虽寒而不燥、能治热阴生湿，主治烦热而出血者，治气热攻血之出血证及小腹绞痛或小儿腹痛，能安胎及治烫伤火疡等。
黄连与黄芩，性相近而又各有专长，故二药配伍则更能发挥协同作用，而清化湿热之效益显。
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