黄连性寒，味苦。归心、脾、胃、肝、胆、大肠经。功效清热燥湿、泻火解毒。对治疗湿热痞满、呕吐吞酸、泻痢、黄疸、高热神昏、心火亢盛、血热吐衄、目赤、牙痛、消渴等病症有良好疗效。外治疮痈疔肿，湿疹、湿疮、耳道流脓等皆有很好疗效。《本草正义》有“凡药能去湿者必増热，能除热者必不能去湿。惟黄连能以苦燥湿，以寒除热，一举两得，莫神于此”。现代研究黄连有解热、抗炎、降血糖、利胆、保肝、抗溃疡、抗腹泻、抗肿瘤等作用。
近代医家在治疗胃肠疾病方面又有新的进展。在治疗急慢性胃炎，胃窦炎，幽门螺旋杆菌感染，胃及十二指肠溃疡，食管反流病等疾病取得了良好效果。有报道称，在治疗食管反流病中，用量多达18g。临床应用时应遵循辨证论治原则，特别是胃虚呕恶，脾虚泄泻者，均应慎用，确需应用要严格掌握剂量。如果盲目滥用或大剂量应用黄连，会造成严重不良后果。
2018年10月26日，一位孔姓患者，自述二十多天前，因腹胀不思饮食，烧心等症状，一位执业中医师开出柴平散加黄连10g，加海螵蛸，瓦楞子等制酸药。第一服，口吐清水；第二服口水直涌，接下来便住进合川某医院，住院2天后，开始出现24小时阵发性呃逆，恶心呕吐，饮食不进。4天后转重庆某大医院治疗6天，上述病情加重，后经重庆某中医院治疗，方拟：健脾燥湿诸药加黄连12g，无效。10月26日，经朋友介绍来门诊就医，症见恶心呕吐，口涌清水，喘咳无痰，舌苔水黄，脉沉细。经初步推断，其全身反复检查，各系统无器质性病变，诊断为中焦虚寒，胃气上逆之痞症。拟用理中汤加黄连3g（即连理汤）。第一服，病情好转，酸水即止；第二服饮食逐步恢复正常；第三服喘咳渐止。
这体现了中医整体观念和辨证论治的精髓，只有辨证准确，精准施治，才能收到良好效果。
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