复方丹参滴丸的主要临床副作用是服用后头晕头胀或头痛，伴脸潮红，常见一过性（1.93%）。曾有一例报道需要减量5粒/次，症状消失，其余都不需要对症处理。随着服用时间延长，其症状自然消退，不需特别处置。胃肠道反应是复方丹参滴丸第二个临床常见反应占（1.14%）。59例胃肠反应病人中有12例原患有慢性胃炎，分别在服药后10天或不等的期间出现胃肠不适症状。处理方法为“改为饭后服用，服用健胃药（或西咪替丁等）”，作者们都认为不需停药，病人能逐渐适应。
复方丹参滴丸给小鼠灌胃相当于700倍成人用量，皮下注射350倍成人用量，观察一周无一动物死亡。小鼠口服复方丹参滴丸 LD50大于16.8g/kg，皮下注射LD50大于8.4g/kg，证明该药毒性极微。从近6年国内大规模临床运用复方丹参滴丸的实践证明，该药是安全性药物。
王玉梅等（2003）报道复方丹参滴丸引起过敏反应1例。钟忆周等（2006）报道复方丹参滴丸引起糜烂性胃炎2例；郑析湖等（2005）报道复方丹参滴丸致晕厥2例；杨国民等（2003）报道复方丹参滴丸致血尿1例；麻德福等（2002）报道复方丹参滴丸、异山梨酯、氨酰心安联合应用致休克1例。
该原文只是对多年来有不良反应的论文进行了统计，即在发表的有明确记载报道副作用的66篇文章中，总病例数一共5169例，发生副作用的有161例，占3.11%，其中98.76%都是轻微不良反应（即上表所示头晕头胀脸潮红、胃肠道反应等） 。
复方丹参滴丸自上市以来，先后完成一千多个临床试验（已发表），入选患者50000多人，上述不良反应数据是针对有不良反应的临床文献进行的统计结果，如果从全部研究病例来比较，其不良反应发生应该远远低于3.11%，如果从全部使用人群来分析那就更低了。
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