《本草纲目》药物介绍的“主治”项，编写以主治病症为核心，并用大字书写，内容包括药物作用部位、功用、治疗病症，新增历代本草所未记载或记录甚少而实际运用广泛的药物。纵观此项，聚集历代医家对药物认识的同时，李时珍亦阐发了自己对药物功效的认识与临床运用。
阐释药物功效与适应证
李时珍在吸收前人经验的基础上，结合临床经验，对药物功用、适应证及临床应用有独到见解，对于指导用药有实用价值。
《本草纲目·草部·第十二卷》紫草记载：“【主治】心腹邪气，五疸，补中益气，利九窍，通水道。本经。疗腹肿胀满痛。以合膏，疗小儿疮，及面皶。别录。治恶疮癣。甄权。治斑疹痘毒，活血凉血，利大肠。时珍。”
紫草原载于《神农本草经》。其主治心腹邪气，五疸，以及补中益气，利九窍，通水道。《名医别录》提出治疗腹肿胀满痛。做成膏剂，治疗小儿疮及面皶疾患。甄权云可治恶疮及癣类病症。李时珍则结合临床运用，将紫草之功补充概括，即治疗斑疹痘毒，活血凉血，通利大肠，其论切合临床应用。
《本草纲目·草部·第十八卷》茜草记载：“【主治】寒湿风痹，黄胆，补中。本经。止血，内崩下血，膀胱不足，踒跌蛊毒。久服益精气，轻身。可以染绛。又苗根：主痹及热中伤跌折。别录。治六极伤心肺，吐血泻血。甄权。止鼻洪尿血。产后血运，月经不止，带下，扑损瘀血，泄精，痣痿疮疖排脓。酒煎服。大明。通经脉，治骨节风痛，活血行血。时珍。”
茜草原载于《神农本草经》。主治风寒湿痹，黄疸，有补中之功。《名医别录》记载，止血，主治内崩下血，膀胱不足，跌扑扭伤蛊毒。久服补益精气，轻身。可染为红色。有说其苗根，主治痹痛及热中，损伤跌打骨折。甄权说，治六极伤于心肺，吐血与泻血。《大明日华本草》指出，止鼻血及尿血。疗产后血运，月经不止，带下，跌扑损伤，瘀血阻滞，以及泄精，痣漏痿症，能治疮疖排脓。用酒煎服。通经脉，李时珍归纳说，能通畅经脉，活血行血，主治骨节风痛。进一步明确茜草的作用机制与治疗特点。
拓展药物治疗病症
在总结前人用药经验的基础上，李时珍结合自己在用药经验，拓展药物的治疗范围，为药物作用更好发挥奠定了基础。
《本草纲目·谷部·第二十二卷》小麦记载：“【主治】除客热，止烦渴咽燥，利小便，养肝气，止漏血唾血。令女人易孕。别录。养心气，心病宜食之。思邈。煎汤饮，治暴淋。宗奭曰。熬末服，杀肠中蛔虫。药性。陈者煎汤饮，止虚汗。烧存性，油调，涂诸疮汤火伤灼。时珍。”
小麦原载于《名医别录》。小麦具有除客热，止烦渴咽喉干燥，通利小便，养肝，止漏血唾血。使女人易孕的功效。孙思邈说，可以养心气，心病则宜食服。宗奭说，煎汤饮服，主治暴淋。《药性赋》记载，熬末服用，杀肠中蛔虫。李时珍提出，陈者，煎汤饮服，可止虚汗。烧炭则存性取其性为用，油调，涂敷主治各种疮痈，以及汤火灼伤。可见，其不仅对作用有阐发，增药物之功效，且介绍了3种不同剂型的应用。
《本草纲目·草部·第十二卷》沙参记载：“【主治】血积惊气，除寒热，补中，益肺气。本经。疗胸痹，心腹痛，结热邪气头痛，皮间邪热，安五脏。久服利人。又云：羊乳，主头肿痛，益气，长肌肉。别录。去皮肌浮风，疝气下坠，治常欲眠，养肝气，宣五脏风气。甄权。补虚，止惊烦，益心肺，并一切恶疮疥癣及身痒，排脓，消肿毒。大明。清肺火，治久咳肺痿。时珍。”
沙参原载于《神农本草经》。主治血积惊风，能祛除寒热，补中气，补益肺气。《名医别录》指出，治疗胸痹，心腹疼痛，结热邪气头痛，皮间邪热，使五脏安和。久服有益。还说，羊乳，主治头肿痛，补益气，增长肌肉。甄权介绍，能去皮肌之浮风，治疗疝气下坠，以及常嗜睡，能养肝气，宣发五脏之风气。《大明日华本草》记载。能补虚，止惊烦，补益心肺，并治疗恶疮疥癣及身痒，能排脓，消散肿毒。李时珍根据沙参的性味及功用特点，提出沙参清肺火，主治久咳肺痿。将其主治扩展到治疗肺部疾患。
《本草纲目·草部·卷十四》牡丹记载：“【主治】寒热，中风瘛瘲，惊痫邪气，除癥坚瘀血留舍肠胃，安五脏，疗痈疮。本经。除时气头痛，客热五劳，劳气头腰痛，风噤癞疾。别录。久服轻身益寿。吴普。治冷气，散诸痛，女子经脉不通，血沥腰痛。甄权。通关腠血脉，排脓，消扑损瘀血，续筋骨，除风痹，落胎下胞，产后一切冷热血气。大明。治神志不足，无汗之骨蒸，衄血吐血。元素。和血生血凉血，治血中伏火，除烦热。时珍。”
牡丹原载于《神农本草经》。主治寒热，中风抽搐痉挛，惊痫邪气，祛除留于肠胃的癥块瘀血，疗痈疮，使五脏安和。治时气所致头痛，疗邪热五劳，头痛、腰痛，牙关紧闭，癞疮疾患。《吴普本草》记载，久服轻身益寿。甄权说，治冷气，散解各种疼痛，女子经脉不通，经血淋漓及腰痛。《大明本草》记载，通利血脉，排脓，治跌扑损伤瘀血，续筋结骨，解除风痹，堕胎流产，产后寒热、血气失调。张元素说，治神志不足，无汗之骨蒸，衄血、吐血。李时珍进而提出，牡丹能调血生血凉血，善治血中伏火，消除烦热。“治血中伏火”，发前人之所未发，对牡丹作用机制的深入认识与临床运用，留下了宝贵的记载。
补充药物应用范围
对药物主治阐发其详，并纳入当时药物应用的新认识，将其写入药物的主治适应证，增补药物的应用范围。
《本草纲目·草部·第十六卷》谷精草记载：“【主治】喉痹，齿风痛，诸疮疥。开宝。头风痛，目盲翳膜，痘后生翳，止血。时珍。”
谷精草原载于《开宝本草》。其主治喉痹，齿风疼痛，各种疮疥。李时珍补充指出，主治头风痛，目盲翳膜，痘后生翳，以及止血。使其在五官科尤其是眼科疾病治疗中得以发挥运用。
《本草纲目·木部·第三十四卷》辛夷记载：“【主治】五脏身体寒热，风头脑痛面。久服下气，轻身明目，增年耐老。本经。温中解肌，利九窍，通鼻塞涕出，治面肿引齿痛，眩冒身兀兀如在车船之上者，生须发，去白虫。别录。通关脉，治头痛憎寒，体噤瘙痒。入面脂，生光泽。大明。鼻渊鼻鼽，鼻窒鼻疮，及痘后鼻疮，并用研末，入麝香少许，葱白蘸入数次，甚良。时珍。”
辛夷原载于《神农本草经》。其主治五脏身体寒热，头风脑面疼痛。久服下气，轻身明目，增年耐老益寿。《名医别录》记载，能温中解肌，通利九窍，通畅鼻塞涕出，治面肿牵引齿痛，眩冒身体昏昏沉沉如在车船上，滋生须发，去除白虫。《大明日化本草》记载，通畅关脉，治头痛恶寒，身体挛急瘙痒。放入面脂使用，使面部光泽。李时珍补充提出，主治鼻渊、鼻鼽、鼻窒、鼻疮，以及痘后生鼻疮，并用其研末，加入麝香少许，葱白蘸入数次，疗效很好。其结合医疗实践之增补，不仅扩展其功用。且凸显辛夷治疗鼻病之独特疗效，切合临床实际。
新增药物374种
《本草纲目》新增药374种，为古方无记录者。新增药的功用多来自民间运用经验，并结合自己的实践认识而增加，此举不仅丰富了药物的品种，亦为后世中药的运用提供了史料记载。
《本草纲目·草部·第十二》三七记载：“【主治】止血散血定痛，金刃箭伤跌扑杖疮血出不止者，嚼烂涂，或为末掺之，其血即止。亦主吐血衄血，下血血痢，崩中经水不止，产后恶血不下，血运血痛，赤目痈肿，虎咬蛇伤诸病。时珍。”
三七首载于《本草纲目》，李时珍阐释指出，三七能止血散血定痛，主治金刃箭伤跌扑杖疮血出不止。嚼烂涂敷，或者做成末掺创面，其血即可止住。亦主治吐血、衄血，以及下血、血痢、崩中漏下、月经过多、产后恶血不下、血运不正常、瘀血疼痛、赤目痈肿、虎咬、蛇伤等病症。在此，其止血功能与治疗出血病症，乃其核心功用的陈述。
《本草纲目·草部·第十六卷》紫花地丁：“【主治】一切痈疽发背，疔肿瘰疬，无名肿毒恶疮。时珍。”
紫花地丁首载于《本草纲目》。李时珍着重从其适应证提出，主治一切痈疽发背，疔肿、瘰疬，无名肿毒即、恶疮。此论为后世紫花地丁的清热解毒功效，提供了宝贵的线索。
《本草纲目·草部·第十六卷》半边莲；“【主治】蛇虺伤，捣汁饮，以滓围涂之。又治寒齁气喘，及疟疾寒热，同雄黄各二钱，捣泥，碗内覆之，待色青，以饭丸梧子大。每服九丸，空心盐汤下。时珍。寿域方。”
半枝莲首载于《本草纲目》，源于《寿域方》。李时珍指出，半枝莲主治蛇毒伤，捣汁饮用，再以药滓围创口涂敷。又治痰鸣气喘，以及疟疾寒热往来，配伍雄黄二钱，捣为泥，碗内覆盖之，待其色青，做成丸如梧桐子大。每次服九丸，用空心盐汤下。
突出药物治疗部位
李时珍对一些药物作用机制进行深入阐释，并补充完善其功用，对药物的合理使用，以及疗效的提高有参考意义。
《本草纲目·草部·第十四》姜黄记载：“【主治】心腹结积疰忤，下气破血，除风热，消痈肿，功力烈于郁金。唐本。治癥瘕血块，通月经，治扑损瘀血，止暴风痛冷气，下食。大明。祛邪辟恶，治气胀，产后败血攻心。苏颂。治风痹臂痛。时珍。”
姜黄原载于《唐本草》。其主治心腹结积块烦闷，降气破血，除风热，消散痈肿，功效强于郁金。《大明日华本草》记载，治癥瘕血块，疏通月经，治跌扑损伤瘀血，治突然发作的风寒疼痛，消食。苏颂说名，祛邪辟恶，治气胀，产后败血攻心。李时珍阐释介绍，主治风痹臂痛。明确指出姜黄善治风痹之臂痛。为其药用特性的了解奠定了基础。
《本草纲目·草部·第十四》白芷记载：“【主治】女人漏下赤白，血闭阴肿，寒热，头风侵目泪出，长肌肤，润泽颜色，可作面脂。本经。疗风邪，久渴吐呕，两胁满，头眩目痒。可作膏药。别录。治目赤弩肉，去面疵瘢，补胎漏滑落，破宿血，补新血，乳痈发背瘰，肠风痔，疮痍疥癣，止痛排脓。大明。能蚀脓，止心腹血刺痛，女人沥血腰痛，血崩。甄权。解利手阳明头痛，中风寒热，及肺经风热，头面皮肤风痹燥痒。元素。治鼻渊鼻衄，齿痛，眉棱骨痛，大肠风秘，小便去血，妇人血风眩运，翻胃吐食，解砒毒蛇伤，刀箭金疮。时珍。”
白芷原载于《神农本草经》，记载其主治女人月经淋漓带下赤白，经闭阴肿，恶寒发热，头风侵袭之流泪，生肌长肤，润泽皮肤，可作面脂使用。《名医别录》记载，治疗风邪所致，口渴呕吐，两胁胀满，头眩，眼痒。可制成膏药使用。《大明日华本草》记载，治目赤弩肉，去除面部色斑，补胎漏滑胎，破除瘀血，补益新血，疗乳痈发背瘰，肠风痔瘘，疮疡疥癣，止痛排脓。张元素说，其能去腐排脓脓，止心腹刺痛，经血淋漓、腰痛，崩漏。张元素说，清解阳明头痛，中风恶寒发热，及肺经风热，头面皮肤风痹瘙痒。李时珍进而指出，治鼻渊鼻衄，齿痛，眉棱骨痛，大肠便秘，小便下血，血虚眩晕，反胃呕吐，解砒霜毒，治蛇伤，及刀箭金疮外伤。值得一提的是，“鼻渊鼻衄，齿痛，眉棱骨痛”为头面部疼痛治疗的药物，选择提供了思路。
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