中华文化多学科互相渗透，这在道家与医家之间殊为典型。先秦道家以老庄学说为中心，汉魏以后的道家多指道教的丹术之士。道家讲究修炼以求长生，医家强调养生防病以延年，故二者有殊途同归的合辙。早在《本经》中就汇入了不少方士之言，然多谬说。李时珍在医药学的研究过程中，对道家观点去粗取精，去伪存真，创立新论。本文就其采用道家思想对医药实践知识进行药学论证，再作讨论。
采用道家观点，确立药名
中药有数物同一名称，或同一物而数名者，本草诸书，记载颇为混乱，统一名称，十分必要。李时珍说：“药有数名，今古不同，但标正名为纲，余者附于释名之下，正始也。”（《本草纲目·凡例》）以正名统一异名，这样概念清楚，便于循名责实，避免名实不符，而产生误采误收误用药物的现象。为使正名成立，在《本草纲目》中，特设立释名一项。他说：“诸品首以释名，正名也”（《本草纲目·凡例》）。
在释名中，李时珍做了大量考证工作，其中常采用道家观点来确立药名。如鹿之精，韩懋称之为血夋，其谓取初生牡鹿，日日饲以人参、硫磺，三年后设法取其精，“香黏如饧，是为血夋也。”（卷五十一上·鹿精）即以血夋为成年牡鹿之精。李时珍则说：“按《老子》云：骨弱筋柔而握固，未知牝牡之合而血夋作者，精之至也。”血夋，《唐韵》臧回切，同朘。《说文》：“赤子阴也。”道家谓血夋原为婴儿阴器，与生俱来，未知交合即有之。故李时珍认为韩懋将血夋“作鹿精之名，亦未为稳，”仍当以鹿精为正名。
天灵盖又名脑盖骨，头颅骨。李时珍考其名说：“人之头园如盖，穹窿象天，泥丸之宫，神灵所集。修炼家取坎补离，复其纯乾，圣胎园成，乃开颅囱而出入之，故有天灵盖诸名也。”（卷五十二·天灵盖）道家认为头有九宫，中间一宫谓之泥丸宫，而藏元神。脑盖骨即保护藏神灵的泥丸宫之盖骨，以天灵盖名之能反映其实。《开宝本草》又首载此名，故以之为正名，完全采用道家修炼派之论。
收录道家方物，增补药味
李时珍强调“医者贵在格物”，认为“天下无弃物”，皆可入药，“虽冷僻不可遗也。”因此他在重修本草的过程中，力求增加品种。凡方物土苴，靡不备采。其有道家首创方物，亦行收入。如天师栗，载于《益州方物记》，“惟西蜀青城山中有之，他处无有也。云张天师学道于此所遗，故名。”（卷二十九·天师栗）可见此物当系道士张道陵植于此山，人工栽培而生长。然而，“既经人力栽培，则性气不能不移，故不得不辨”（卷二十二·蒜）。天师栗“似栗而味美，惟独房若椽为异耳”，有“久食，已风孪”（卷二十九·天师栗）之功效。因此，特为之单设一条。
榔梅，“出均州太和山，相传真武(大帝)折梅枝插于榔树……榔木梅实，杏形桃核，道士每采而蜜渍，以充贡献焉。”其物具有“生津止渴，清神下气消酒”（卷二十九·榔梅）的作用。是一种人工嫁接的新品种，虽属道家方物，却载于《本草纲目》之中。说明李时珍对人工培养新品种性能研究的重视，确为一位伟大植物学家、医药学家所应持的科学态度。
采取道家之说，证物性能
人们对药物性味功能的认识首先是感性的，必须加以升华，才能达到理性认识阶段。在这一过程中，由于多方面的原因，医家认识往往不一致，本草书中所载药性功用或讹误或遗漏，无疑给临床应用带来困惑。
为论证确切，李时珍常取道家之言说明药物的性味功能。如秦皮，李时珍据其色青气寒，故能平木，治目病惊痫。据其味苦涩，故能止痢止崩。他还说：“又能治男子少精，益精有子，皆取其涩而补也。故老子云：‘大道贵涩。’此药乃服食及惊痫崩痢所宜。而人只知其治目一节，几乎废弃。良可为惋。”“又《万毕术》云：岑皮止水，谓其能收泪也。高诱解作致水，言能使水沸者，谬也。”（卷三十五下·秦皮）老子被道家奉为开山祖。《道德经》说：“治人事天，莫若啬。”董思靖注：“啬，音色。乃啬省精神，而有敛藏贞固之意。”（董思靖：《太上老子道德经集解》，从书集成初编，商务印书馆）朱骏声《说文通训定声》：“老子治人事天莫若啬，韩非子解老：少费谓之啬。”李时珍取老子语意，谓秦皮能涩精而不使费耗，则精气得藏，故为补也。而能治男子少精无子，老人目泪出，并为服食所宜。此其用道家之说以论药物性能及药理也。
又如食物调味有五荤之说。“五荤即五辛，谓其辛臭，荤神伐性。”（卷二十二·蒜）佛家求除烦超脱而戒五荤，道家因修真养性亦戒五荤。然其五荤内容不同。“道家以韭、薤、蒜、芸苔、胡荽为五荤……皆辛熏之物，生食增恚，熟食发淫，有损性灵，故绝之也。”其中薤为五荤之一。然而王祯、盂诜皆谓薤白不荤五脏，宜长服；苏颂则说其性冷而补，众说纷纭。李时珍指出：“道家以薤为五荤之一，而诸氏言其不荤，何耶?”乃从道家之说，认定薤白味辛性温，具有“温补助阳道”之功，“老人关膈衰冷者所宜，”（卷二十六·薤）与张仲景用之治阳虚胸痹刺痛符合；而阳旺之躯，发热之病，则非所宜。此皆其用道家观点以论证药物性能。
收罗道士验方，论证药用
《本草纲目》以大量篇幅载有附方。李时珍说：“附方，著用也。或欲去方，是有体无用矣。”“体”指药物的性味功能，“用”指药物的临床应用及实际效验。即以临床实践来论证药物功效。在缺乏实验室研究的古代，这种做法无疑具有较高的科学价值。
何首乌，《大明》有“久服令人有子”之说，世俗用为滋补良药。李时珍说：“嘉靖初，邵应节真人以七宝美髯丹进，世宗肃皇帝服饵有效，连生皇嗣，于是何首乌之方天下大行矣。”（卷十八·何首乌）可证何首乌固精益肾之说不诬。
诸胆可治目病，如烂弦风赤眼，流泪不可近光。及一切暴赤目疾，尤以青羯羊胆为良。李时珍说：“张三丰真人碧云膏，腊月取羊胆十余枚，以蜜装满，纸套笼住，悬檐下，待霜出，扫下点之，神效。”（卷五十上·羊）不失为用胆治疗目疾的良好方药。
在引用道家方以证药用的同时，李时珍述其利并纠其弊。如赤小豆能消痛肿。宋仁宗患胙腮，“命道士赞宁治之。取小豆七十粒为末，傅之而愈。”（卷二十四·赤小豆）李时珍指出：赤小豆“治一切痈疽疮疥及赤肿，不拘善恶，但水调涂之，无不愈者。但其性粘，干则难揭，入苎麻根则不粘，此法尤佳。”他用自己的实践进一步完善其法，推广应用。
以道家方药作为论据，李时珍持慎重态度。如蚤休，“外丹家采制三黄砂汞”（卷十七下·蚤休），且以之作服食，颇重其用。医家认为“紫河车(按即蚤休)足厥阴经药也，凡本经惊痫疟疾瘰疬肿痛者宜之，”是一味能治重病的良药。李时珍将道家关于蚤休服食法收载于附方之下，并郑重指出：“道家有服食法，不知果有益否，”存以待考，科学态度，于斯益见之。
李时珍对道家有关观点及医药知识去粗取精，利用之进行中药学的逻辑论证，进一步说明《本草纲目》的科学成就是在渊博的知识与卓杰的思维基础上取得的。故《本草纲目》被推崇为东方的百科全书。
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