《本草纲目》“发明”项之论，既承袭了前贤的理论观点，亦反映了明代用药经验。其内容涉及药物机理的古今沿革，药物的主治功效及治疗机制，药物功效作用及特点的分析比较，药物配伍相须相使、相反相成，对于前人观点的正误予以辨析，分析药物的毒性与使用禁忌等，对于中药理论的发展，以及临床运用均有重要意义。
辨析前人观点之正误
辨析前人论述药物观点的正误，纠正错误，示人以正确认识。
寒苦之药，不但使人不能长生，久则气增偏胜。如《本草纲目·草部·第十三卷》黄连记载根：“【发明】时珍曰：本经、别录并无黄连久服长生之说，惟陶弘景言道方久服长生。神仙传载封君达、黑穴公，并服黄连五十年得仙。窃谓黄连大苦大寒之药，用之降火燥湿，中病即当止。岂可久服，使肃杀之令常行，而伐其生发冲和之气乎？素问载岐伯言：五味入胃，各归所喜攻。久而增气，物化之常也。气增而久，夭之由也。王冰注云：酸入肝为温，苦入心为热，辛入肺为清，咸入肾为寒，甘入脾为至阴而四气兼之，皆增其味而益其气，故各从本脏之气为用。所以久服黄连、苦参反热，从火化也，余味皆然。久则脏气偏胜，即有偏绝，则有暴夭之道。是以绝粒服饵之人不暴亡者，无五味偏助也。又秦观与乔希圣论黄连书云：闻公以眼疾饵黄连，至十数两犹不已，殆不可也。医经有久服黄连、苦参反热之说。此虽大寒，其味至苦，入胃则先归于心，久而不己，心火偏胜则热，乃其理也。况眼疾本于肝热，肝与心为子母。心火也，肝亦火也，肾孤脏也，人患一水不胜二火。岂可久服苦药，使心有所偏胜，是以火救火，其可乎？秦公此书，盖因王公之说而推详之也。我明荆端王素多火病，医令服金花丸，乃芩、连、栀、蘖四味，饵至数年，其火愈炽，遂至内障丧明。观此，则寒苦之药，不但使人不能长生，久则气增偏胜，速夭之由矣。当以《素问》之言为法，陶氏道书之说，皆谬谈也。”
李时珍阐释指出，《神农本草经》《名医别录》并无黄连久服长生之记载，只有陶弘景说道方久服长生。李时珍认为黄连是大苦大寒之药，用之降火燥湿当中病即止，久服可导致肃杀之令常行，克伐人的生发冲和之气。其后，援引《素问》记载：五味入胃，各归所喜入，久而增气，物化之常理。气增而久，乃为夭折之由。王冰注释：酸入肝为温，苦入心为热，辛入肺为清，咸入肾为寒，甘入脾为至阴，而四气兼之，皆增其味而益其气，故各从本脏之气为用。久服黄连、苦参，反而为热，从火而化，导致脏气偏胜。所以不吃食物而只服丹药的人不突然死亡是因为没有五味的偏助。又引《秦观与乔希圣论黄连书》记载：传说有人因眼病而服黄连，多至十多两。进而解析，医经中有久服黄连、苦参反热之说。黄连虽属大寒味苦，入胃则先归于心，久服则如以火救火。眼疾本于肝热，肝与心为子母关系。心属火，肝亦有火，而肾为孤脏属水，因一水不胜二火。久服苦药致使心气有所偏胜，乃是以火救火。由此说明久服黄连之危害。明朝之荆端王素多患火病，医者予其服用金花丸，此药乃由黄芩、黄连、栀子、黄柏四味组成。服用达数年，其火病更加严重，于是导致内障而失明。通过此例说明寒苦之药，不但不能使人长生，久服则易使气偏胜导致病情加重。临床使用苦寒药应当以《素问》之言为准则。
陶弘景言前胡与柴胡同功，非矣。治证虽同，而所入所主则异。如《本草纲目·草部·第十三卷》前胡：“【发明】时珍曰：前胡味甘、辛，气微平，阳中之阴，降也。乃手足太阴、阳明之药，与柴胡纯阳上升入少阳、厥阴者不同也。其功长于下气，故能治痰热喘嗽、痞膈呕逆诸疾，气下则火降，痰亦降矣。所以有推陈致新之绩，为痰气要药。陶弘景言其与柴胡同功，非矣。治证虽同，而所入所主则异。”
李时珍将前胡与柴胡的功用进行了明确区分，他指出前胡味甘辛，气微平，属于阳中之阴，其性降。乃是手足太阴、阳明之药，其与柴胡纯阳上升入少阳、厥阴不同。前胡功长于下气，故而能治痰热喘嗽，痞膈呕逆诸疾，因气下降则火降，痰亦随之为降。所以有推陈致新之功，提出前胡为痰气之要药。李时珍认为陶弘景说前胡与柴胡同功是不对的，二者治疗证状虽有相同，但二药归经有明显差异。
补肺阿胶散用马兜铃，非取其补肺，乃取其清热降气。如《本草纲目·草部·第十八卷》马兜铃：“【发明】时珍曰：马兜铃体轻而虚，熟则悬而四开，有肺之象，故能入肺。气寒味苦微辛，寒能清肺热，苦辛能降肺气。钱乙补肺阿胶散用之，非取其补肺，乃取其清热降气也，邪去则肺安矣。其中所用阿胶、糯米，则正补肺之药也。汤剂中用多亦作吐，故崔氏方用以吐蛊。其不能补肺，又可推矣。”
李时珍解说，马兜铃体轻而中空，成熟则果实悬而裂开，像肺的形状，故而能入肺。此论体现取象类比的思想。马兜铃气寒味苦微辛，寒能够清肺热，苦辛能够降肺气。宋代医家钱乙用补肺阿胶散，并非取其补肺之功，乃是取其清热降气的功效，邪热去则肺自安。其方中所用阿胶、糯米，则是其补肺之药。汤剂中使用马兜铃，其剂量大则引起呕吐，故而崔氏方用此以催吐蛊毒。故而可以推导出其不能补肺。李时珍明确马兜铃清热降气的作用特点，对于临床运用具有指导意义。
关注药物的毒副作用及禁忌
关注药物的毒副作用，以及服用方法和禁忌，亦为发明项的重要内容之一。
用之不节，乃反成病。亦在用之有节。如《本草纲目·草部·第十六卷》葶苈：“【发明】时珍曰：甘苦二种，正如牵牛，黑白二色，急、缓不同；又如壶芦，甘苦二味，良毒亦异。大抵甜者，下泄之性缓，虽泄肺而不伤胃；苦者，下泄之性急，既泄肺而易伤胃，故以大枣辅之。然肺中水气膹满急者，非此不能除。但水去则止，不可过用剂尔。既不久服，何至杀人。淮南子云：大戟去水，葶苈愈胀，用之不节，乃反成病。亦在用之有节。”
李时珍阐释指出，葶苈子有甜苦二种，正如牵牛，有黑白二种，其作用有急缓的不同。又如葫芦，有甜苦二种，甜者泄下之性较缓，泄肺而不伤胃；苦者泄下之性较急，泄肺同时易伤胃，故用大枣辅佐使用。然而肺中水气郁积喘息者，非此药则不能除。但水邪去除，就停止使用，不可超用剂量。不长期服用也就不会产生不良反应。《淮南子》记载：大戟能祛除水邪，葶苈子能治胀满，如果使用不节制，反而招致疾病。亦明确指出，其运用的要点在于使用有节制。
砒乃大热大毒之药，而砒霜之毒尤烈。如《本草纲目·石部·第十卷》砒石：“【发明】时珍曰：砒乃大热大毒之药，而砒霜之毒尤烈。鼠雀食少许死；猫犬食鼠雀亦殆；人服至一钱许亦死。虽钩吻、射罔之力，不过如此，而宋人着本草不甚言其毒，何哉？此亦古者礜石之一种也，若得酒及烧酒，则腐烂肠胃，顷刻杀人，虽绿豆、冷水亦难解矣。今之收瓶酒者，往往以砒烟熏瓶，则酒不坏，其亦嗜利不仁者哉？饮酒潜受其毒者，徒归咎于酒耳。此物不入汤饮，惟入丹丸。凡痰疟及齁喘用此，真有劫病立地之效。但须冷水吞之，不可饮食杯勺之物，静卧一日或一夜，亦不作吐；少物引发，即作吐也。”
李时珍阐释，指出砒石是大热大毒的药，其中砒霜的毒性最为峻烈。鼠、雀吃少许就能致死；猫、狗吃被毒死的鼠、雀也被毒死；人服一钱左右就可备毒死。然而宋人所著本草书记，没有特别说明其毒性，因为这是古人所说的礜石的一种，若与酒及烧酒一起吞服，则腐烂肠胃，迅速致命，虽用绿豆、冷水也难解其毒。当今做瓶酒的商人，往往以砒烟熏酒瓶，则酒不坏。喝酒的人暗受砒霜之毒害，却将问题归咎于酒。临床上砒霜不入汤剂，只是入丹丸。凡患痰疟及齁喘用此药，确有药到病除的功效。但须用冷水吞服，且服药后不可再吃其他食物，静躺一日或一夜，也不呕吐吐；进食少量食物，则引发呕吐。
知病在何经何脏方可用之，若误投之则害深。《本草纲目·草部·第十七卷》芫花：“【发明】时珍曰：芫花、大戟、甘遂之性，逐水泄湿，能直达水饮窠囊隐僻之处。但可徐徐用之，取效甚捷。不可过剂，泄人真元也。陈言三因方，以十枣汤药为末，用枣肉和丸，以治水气喘急浮肿之证，盖善变通者也。杨士瀛直指方云：破癖须用芫花，行水后便养胃可也。好古曰：水者，肺、肾、脾三经所主，有五脏六腑十二经之部分。上而头，中而四肢，下而腰脚，外而皮毛，中而肌肉，内而筋骨。脉有尺寸之殊，浮沉之别。不可轻泻。当知病在何经何脏，方可用之。若误投之，则害深矣。芫花与甘草相反，而胡洽居士方，治痰癖饮癖，以甘遂、大戟、芫花、大黄、甘草同用。盖欲其大吐以泄湿，因相反而相激也。”
李时珍指出，芫花、大戟、甘遂逐水泄湿，能直达水饮停聚隐藏之处，缓服取效很快。但是服用不可过剂，若过剂则泄人真元之气。陈无择《三因方》，用十枣汤各味药研为末，以枣肉和为丸，用治水气引起的喘急浮肿，其用属于善于变通之方法。杨士瀛《直指方》记载：破痞块须用芫花，祛除水邪后，即养胃，能愈。王好古说，水由肺、肾、脾三经所主，有五脏六腑十二经之部分，都能到达。上而能达头部，中而分布四肢，下而能至腰脚，外而润泽皮毛，中而滋润肌肉，内而濡养筋骨。脉有尺寸之各部，有浮沉之不同。不可轻易使用泻利。当知其病在何经何脏，方可用之。若误投泻利，则危害很大。芫花与甘草相反，而《胡洽居士方》，治疗痰饮积聚病证，以甘遂、大戟、芫花、大黄、甘草同用。原是要使其大吐以泄湿邪，因相反为用，而达迅速泻利水邪的治疗目的。
甘遂苦性泄，寒胜热，乃泄水之圣药。但有毒不可轻用。如《本草纲目·草部·第十七卷》甘遂：“【发明】宗奭曰：此药专于行水，攻决为用。元素曰：味苦气寒。苦性泄，寒胜热，直达水气所结之处，乃泄水之圣药。水结胸中，非此不能除，故仲景大陷胸汤用之。但有毒不可轻用。时珍曰：肾主水，凝则为痰饮，溢则为肿胀。甘遂能泄肾经湿气，治痰之本也。不可过服，但中病则止可也。张仲景治心下留饮，与甘草同用，取其相反而立功也。刘河间保命集云：凡水肿服药未全消者，以甘遂末涂腹，绕脐令满，内服甘草水，其肿便去。”
援引寇宗奭之说，认为甘遂专于攻下逐水。张元素解释，其味苦气寒，苦性泄下，寒性胜热，直达水气所结之处，乃是泄水之圣药。水结聚胸中，非甘遂不能祛除，张仲景大陷胸汤用甘遂。但甘遂有毒不可轻用。李时珍指出，肾主水，水凝聚则为痰饮，溢于肌肤则为肿胀。甘遂能泄肾经之湿气，是治痰之本。但不可过服，宜中病即止。如张仲景治心下留饮，将甘遂与甘草同用，取其相反为用而获效。刘河间《保命集》记载：凡水肿病服药未能全消者，用甘遂末涂腹部，绕脐部用药填满，再内服甘草水，其水肿可消。
牵牛丸服，治大肠风秘壅结。不可久服。如《本草纲目·草部·第十八卷》牵牛子：“【发明】宗奭曰：牵牛丸服，治大肠风秘壅结。不可久服，亦行脾肾气故也。好古曰：牵牛以气药引则入气；以大黄引则入血。利大肠，下水积。色白者，泻气分湿热上攻喘满，破血中之气。震亨曰：牵牛属火善走，黑者属水，白者属金。若非病形与证俱实，不胀满、不大便秘者，不可轻用。驱逐致虚，先哲深戒。”
援引寇宗奭之言，服用牵牛丸，治疗大肠风所致便秘壅结。但不可久服，因其有损脾肾之气。王好古解释，牵牛用气药为引药则入气分，用大黄为引药则入血分。牵牛通利大肠，可以下水积。其色白者，泄气分湿热，上于肺之喘满，且破血中之气。朱震亨说，牵牛属火，其性善行，黑丑属水，白丑属金。若不是病的症状与证候性质俱属于实，若无胀满、无大便秘，不可轻用。否则其驱逐邪气，攻伐而致虚，智者引以为戒。
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