在临证诊疗过程中李时珍始终尊崇奉行易水学派的学术思想，《本草纲目》中引录的许多条濒湖病案都体现了易水学派辨证、遣方用药的特点。
李时珍精于辨证，灵活用方，在临证论治时一本灵素，善用仲景及千金等古方化裁，师其法而不泥其方，认为“古人方皆有至理，但神而明之，存乎其人而已。”
李时珍不仅是博古通今的药物学家，亦是技艺精湛的医学家，他尝将其平生诊疗经验，整理为《濒湖医案》一书，但该书世无传本，今已亡佚。《本草纲目·序例·第一卷·引据古今医家书目》中列有《濒湖医案》，书中亦采集了部分医案内容，虽属一鳞半爪，但管中窥豹，可见一斑，从中亦可了解李时珍的学术思想和治疗经验。
推崇易水，辨证精细
李时珍医疗思想活跃，不但重视传统的理法方药理论，也很尊重金元四大家的医学争鸣论述，尤其推崇张元素、李东垣的医疗思想，并在临床实践中广为运用。他高度评价张元素“深阐轩岐秘奥，参悟天人幽微。言古方新病不相能，自成家法”“大扬医理，灵素之下，一人而已。”“千古之下，窥其奥而阐其微者，张洁古、李东垣二人而已。”李时珍20岁时，患肺热咳嗽，转为骨蒸发热，病势沉重，几至不起，其尊君李言闻师李东垣治肺热如火燎的经验，用一味黄芩汤，以泻肺经气分之火。次日即身热尽退，而痰嗽皆愈。”这对李时珍触动很大，印象深刻，深深的赞叹曰“药中肯綮，如鼓应桴，医中之妙，有如此哉。”因之在编撰《濒湖医案》时详细记录在案。乃至于影响了其一生的学术发展轨迹，在临证诊疗过程中终生服膺尊崇奉行易水之旨，《本草纲目》中引录的许多条病案都体现了易水学派辨证、遣方用药的特点。
如《本草纲目·草部·第十三卷·升麻》记载：“一人素饮酒，因寒月哭母受冷，遂病寒中，食无姜、蒜，不能一啜。至夏酷暑，又多饮水，兼怀怫郁。因病右腰一点胀痛，牵引右胁，上至胸口，则必欲卧。发则大便里急后重，频欲登圊，小便长而数，或吞酸，或吐水，或作泻，或阳痿，或厥逆，或得酒少止，或得热稍止。但受寒食寒，或劳役，或入房，或怒或饥，即时举发。一止则诸证泯然，如无病人，甚则日发数次。服温脾胜湿滋补消导诸药，皆微止随发。时珍思之，此乃饥饱劳逸，内伤元气，清阳陷遏，不能上升所致也。遂用升麻葛根汤合四君子汤，加柴胡、苍术、黄芪煎服，服后仍饮酒一二杯助之。其药入腹，则觉清气上行，胸膈爽快，手足和暖，头目精明，神采迅发，诸证如扫。每发一服即止，神验无比。若减升麻、葛根，或不饮酒，则效便迟。”
李时珍遵从李东垣“脾胃为元气之本”的学术思想，临证十分重视脾胃的升降功能，治病擅长补中升阳。列举了升麻葛根汤合四君子汤加味治疗元气内伤、脾气下陷、清阳郁遏导致的诸证，认为“升麻葛根汤，乃发散阳明风寒药也。时珍用治阳气郁遏，及元气下陷诸病，时行赤眼，每有殊效，神而明之，方可执泥乎？”并阐述了升麻、葛根之药性特长即在方中之重要性，“升麻引阳明清气上行，柴胡引少阳清气上行，此乃禀赋素弱，元气虚馁，及劳役饥饱生冷内伤，脾胃引经最要药也。”李时珍还认为“大抵人年五十以后，其气消者多，长者少；降者多，升者少；秋冬之令多，而春夏之令少。若禀受弱而有前诸证者，并宜此药活法治之。《素问》云：阴精所奉其人寿，阳精所降其人夭。千古之下，窥其奥而阐其微者，张洁古、李东垣二人而已。”这是对李东垣内伤元气学说最好的论证发挥和阐述诠释。
清·俞震《古今医案按·卷第七·心脾痛》收载了李时珍此案，按曰：“观此病饮酒少止，得热少止，似有间可寻矣。乃不用温药，而以升、柴、葛、二术、参、耆升阳益胃，实得力于东垣。可谓李时珍千古知音，款曲相通。”
又如《本草纲目·草部·第十八卷·牵牛子》载，李时珍用牵牛末、皂荚膏丸治愈一宗室夫人肠结便秘用，川楝子、茴香、穿山甲诸药，入牵牛加倍，治愈外甥柳乔二便不通等验案，可谓独出心裁，别树一帜。其实亦得力于李东垣。其说“牵牛能达右肾命门，走精隧。人所不知，惟东垣李明之知之。故明之治下焦阳虚天真丹，用牵牛以盐水炒黑，入佐沉香、杜仲、破故纸、官桂诸药，深得补泻兼施之妙。方见《医学发明》。又东垣治脾湿太过，通身浮肿，喘不得卧，腹如鼓，海金沙散，亦以牵牛为君。则东垣未尽弃牵牛不用，但贵施之得道耳。”
清·俞震《古今医案按·卷第六》“大便秘结”“二便不通”目下收载了李时珍此两案，并按曰：“李时珍之牵牛、皂荚，疏通迥异硝、黄。”“而李时珍之用甲片、牵牛，走精隧，以通瘀塞为更奇，直可与东垣滋肾丸并垂天壤。”李时珍辨证精细入微，用药出奇制胜，俞氏深深为之折服，称誉“直可与东垣滋肾丸并垂天壤”，可谓赞叹有加。
再如其用蜡匮巴豆丸、感应丸温下寒积，通因通用，治愈沉寒痼冷积滞导致的泄泻，亦是承袭李时珍循易水学派之秘旨。
善用古方，析精剖微
李时珍虽然对易水学派推崇备至，但绝不恪守一家之言。易水学派的开山祖张元素治病不用古方，自为家法，提出“运气不齐，古今异轨，古方今病，不相能也”的见解，主张方药的应用，要根据气候的变化和患者的体质情况等而随时变动，以善制新方和化裁新方而闻名。李时珍不拘泥此说，对于古代方药深入探讨，勤加研习，灵活应用，认为“而未发出药微义也，孰谓古方不可治今病耶？”在临证论治时一本灵素，善用仲景及千金等古方化裁，师其意而灵活变通，深谙其精髓秘旨。
《本草纲目·草部·第十五卷·麻黄》载：“一锦衣卫夏月饮酒达旦，病水泄，数日不止，水谷直出。服分利、消导、升提诸药则反剧。时珍诊之，脉浮而缓，大肠下弯，复发痔血。此因肉食生冷茶水过杂，抑遏阳气在下，木盛土衰，《素问》所谓‘久风成飧泄也’。法当升之扬之。遂以小续命汤投之，一服而愈。”
小续命汤本为治疗中风的常用方剂，前人未见有治疗泄泻的论述。李时珍认为本案病因病机为“因肉食生冷茶水过杂，抑遏阳气在下，木盛土衰”，因之以小续命汤发散风邪，平肝健脾，所谓逆流挽舟之法也。“风药多燥，湿为土病，风为木药，木可胜土，风亦胜湿”，用药切中病机，故能“一剂而愈”。本案后段连类而及，李时珍溯源了此类病证治法的滥觞，言：“昔仲景治伤寒六七日，大下后，脉沉迟，手足厥逆，咽喉不利，唾脓血，泄利不止者，用麻黄汤（应为“麻黄升麻汤”）平其肝肺，兼升发之，即斯理也。神而明之，此类是矣。”李时珍从临床实践出发，指出此类证候宜升发郁阳，平其肺肝，清肺运脾，其病机实质上是邪陷阳郁，土盛木衰，肺热脾寒。此论足以平息历代争议，揭示了麻黄升麻汤证的精神实质，阐发了张仲景治疗泄泻的蕴意。
李时珍精于辨证，灵活用方，诸多治法皆从仲景之方悟出，师其法而不泥其方，皆有方案为证。《本草纲目·菜部·第二十六卷·韭》曰：“有一贫叟病噎膈，食入即吐，胸中刺痛。或令取韭汁，入盐、梅、卤汁少许，细呷，得入渐加，忽吐稠涎数升而愈。此亦仲景治胸痹用薤白，皆取其辛温能散胃脘痰饮恶血之义也。”《本草纲目·石部·第十一卷·绿矾》：“按张三丰《仙传方》载伐木丸云：此方乃上清金蓬头祖师所传。治脾土衰弱，肝木气盛，木来克土，病心腹中满，或黄肿如土色，服此能助土益元。用苍术二斤，米泔水浸二宿，同黄酒面曲四两炒赤色，皂矾一斤，醋拌晒干，入瓶火煅，为末，醋糊丸梧子大。每服三四十丸，好酒、米汤任下，日二三服。时珍常以此方加平胃散，治一贱役中满腹胀，果有效验。盖此矾色绿味酸，烧之则赤，既能入血分伐木，又能燥湿化涎，利小便，消食积，故胀满黄肿疟痢疳疾方往往用之，其源则自张仲景用矾石消石治女劳黄疸方中变化而来。”
李时珍知识丰富，博古通今，对《千金要方》《外台秘要》收录的一些罕见之方，临证亦能信手拈来，娴熟应用，竟奏奇功。并对其药物配伍蕴意，析精剖微，发隐就明。认为“古人方皆有至理，但神而明之，存乎其人而已。”
《本草纲目·草部·第十四卷·香薷》载：用《千金要方》神秘汤加麻黄治喘咳欲死、以胃苓汤吞深师薷术丸浮肿难消的验案，清·俞震《古今医案按·卷第五·肿胀》收载了李时珍此案，曰：“金液丹、神秘汤，人所罕用，而善用之，则各奏奇功。因思古方，具在简策，特患寻不着对头帽子耳。”又按：“神秘汤，乃生脉散合二陈汤去麦冬、茯苓，加紫苏、桑白皮、桔梗、槟榔，以生姜三片为引，施与此证恰好，加麻黄更好。并非八寸三分通行之帽也。”称赞了李时珍每一病症均有恰如其分的对头之方，并非以一通行之方应对诸证，疗效自然有高下之别。
李时珍不仅善用古方，还对古方的组方蕴意，详加剖析，阐述无遗。《本草纲目·石部·第九卷·慈石》又载：“慈石法水，色黑而入肾，故治肾家诸病而通耳明目。一士子频病目，渐觉昏暗生翳。时珍用东垣羌活胜风汤加减法与服，而以慈朱丸佐之。两月遂如故。盖慈石入肾，镇养真精，使神水不外移；朱砂入心，镇养心血，使邪火不上侵；而佐以神曲，消化滞气，生熟并用，温养脾胃发生之气，乃道家黄婆媒合婴姹之理，制方者宜窥造化之奥乎？方见孙真人《千金方》神曲丸，但云明目，百岁可读细书，而未发出药微义也，孰谓古方不可治今病耶？”李时珍论述了磁石镇养肾精、明目聪耳的功效，并解析了磁朱丸的配伍组合意义，辨析切当，议论中肯，见解精辟。
注重体质，因人治宜
重视人的体质及其差异性是中医学的一大特色，人在生命的过程中可以显示出刚柔、强弱、高低、阴阳、肥瘦等显著的个体差异，体质与发病、辨证、治疗用药以及疾病预后等方面皆有密切的关系，不可忽视。李时珍深谙其理，不惮举例论述人体体质有异，脏腑禀赋有偏，谆谆告诫临证辨证用药，应注重体质，因人而治，“不可以常理概论也”。
《本草纲目·草部·第十七卷·附子》曰：“乌附毒药，非危病不用，而补药中少加引导，其功甚捷。有人才服钱匕，即发燥不堪，而昔人补剂用为常药，岂古今运气不同耶？荆府都昌王，体瘦而冷，无他病，日以附子煎汤饮，兼嚼硫黄，如此数岁。蕲州卫张百户，平生服鹿茸、附子药，至八十余，康健倍常。宋张杲《医说》载：‘赵知府耽酒色，每日兼干姜熟附汤吞硫黄金液丹百粒，乃能健啖，否则倦弱不支，寿至九十。他人服一粒即为害。’若此数人，皆其脏腑禀赋之偏，服之有益无害，不可以常理概论也。又《琐碎录》言：‘滑台风土极寒，民啖附子如啖芋栗。’此则地气使然尔。”
同时，李时珍指出偏食亦可导致体质阴阳偏胜，产生病痛，临证当知避忌。《本草纲目·菜部·第二十六卷·生姜》云：“食姜久，积热患目，珍屡试有准。凡病痔人多食兼酒，立发甚速。痈疮人多食，则生恶肉。此皆昔人所未言者也。”《本草纲目·菜部·第三十一卷·胡椒》亦云：“胡椒大辛热，纯阳之物，肠胃寒湿者宜之。热病人食之，动火伤气，阴受其害。时珍自少嗜之，岁岁病目，而不疑及也。后渐知其弊，遂痛绝之，目病亦止。才食一二粒，即便昏涩。此乃昔人所未试者。盖辛走气，热助火，此物气味俱厚故也。病咽喉口齿者，亦宜忌之。”
谙熟药理，机圆法活
李时珍深研本草，精通药性，对于药物的一些特殊作用熟练掌握，临证使用驾轻就熟，在辨证论治的基础上，灵活加入，往往能起到意想不到的作用，这在很多案例中得到体现。
《本草纲目·草部·第十三卷·延胡索》曰：“玄胡索味苦微辛，气温，入手足太阴厥阴四经，能行血中气滞，气中血滞，故专治一身上下诸痛，用之中的，妙不可言。荆穆王妃胡氏，因食荞麦面着怒，遂病胃脘当心痛，不可忍。医用吐下行气化滞诸药，皆入口即吐，不能奏功。大便三日不通。因思《雷公炮炙论》云：‘心痛欲死，速觅延胡’。乃以元胡索末三钱，温酒调下，即纳入，少顷大便行而痛遂止。又华老年五十余，病下痢腹痛垂死，以备棺木。予用药三钱，米饮服之，痛即减十之五，调理而安。”
其他如骨碎补治疗肾虚久泻、栗子治暴泄如注、夏枯草治目珠疼夜甚者，酸浆治虚乏咳嗽有痰，效皆如神。
巧施外治，屡奏奇勋
外治法疗效独特，作用迅速，其机理主要是内病外治，上病下取，通过皮毛、腠理、经络气血的作用，调整相关脏腑组织的疾病，发挥其整体治疗作用。李时珍非常注重此法，临证中亦经常使用，对其奇特的功效，赞叹不已。
《本草纲目·草部·第十七卷·蓖麻》载：“蓖麻油能拔病气出外，故诸膏多用之。一人病偏风，手足不举。时珍用此油同羊脂、麝香、鲮鲤甲等药，煎作摩膏，日摩数次，一月渐复。兼服搜风化痰养血之剂，三月而愈。一人病手臂一块肿痛，亦用蓖麻捣膏贴之，一夜而愈。一人病气郁偏头痛，用此同乳香、食盐捣熁太阳穴，一夜痛止。一妇产后子肠不收，捣仁其丹田，一夜而上。此药外用屡奏奇勋，但内服不可轻率尔。”李时珍以蓖麻为外用要药，取其消肿拔毒、走窜入络、辛散通痹的特性，广泛用治中风、肿痛、偏头痛、子宫脱垂等证，疗效迅速，屡奏奇勋。
此外，还记载了大蒜、吴茱萸贴足心，引热下行治疗衄血、咽喉口舌生疮的案例。赞曰“真奇方也”。
外治法局部用药，还可使药物直达病所，从而发挥其局部快速治疗效果，李时珍亦积累了丰富的经验，不少方法至今仍在临床中广泛应用。分别介绍了炉甘石、蚕砂研细外用点眼，明目去翳、收湿除烂，治疗目部疾患的验案。
垂范后学，影响深远
《濒湖医案》虽然失传，现不能窥其全貌，但《本草纲目》所载必是撷取其精华，以之来佐证药论之功效，最能代表李时珍的诊疗特点。其案多潜心于经旨，参酌历代名医之治验，发前人之未发，补前人之不足，是其临床实践经验的结晶，因之后代医家对此十分重视。各种医案类书籍，多加载录，立学津梁，垂范后世。
如清·魏之琇《续名医类案》搜罗广泛，内容宏富，是历代医案著作中一部极具学术价值的巨著，几乎收载了李时珍留存的绝大部分病案，仅卷七“泄泻篇”即收录了李时珍治疗泄泻的四个案例。
清代著名医家俞震纂辑的《古今医案按》一书，选案精当，评注中肯，示范性强，不仅比较全面地展现了古今医家的诊疗经验，而且互相比较，剖析异同，授人以巧，充分揭示了古今名医的创新观点和学术特色，是一部对中医学术经验的传承和中医临证医学的发展产生很大影响的名医医案类著作。陆以湉称赞该书“选择简言，论说精透，可为医林圭臬。”（《冷庐医话》）《濒湖医案》留存案例本来寥寥无几，而在该书中就精心遴选了李时珍的诊疗案例6个，总结规律，探其要旨，并予以高度的点评赞誉，足见李时珍治疗经验价值的可贵。
以上两部最具有代表性的医案，一繁富，一精简，都把《濒湖医案》摆在了重要的位置，可见其案价值的珍贵与临证的实用，值得认真阅读，反复玩味，深入研究，潜心体悟。
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