中医学认为，疾病的发生是在病因的作用下，引发人体脏腑的功能及其相互关系、气血津液的生成与运行等被破坏，进而导致阴阳失衡的过程。其间所经历的病变环节往往决定着病变的复杂程度。就内科病证而言，由于病因多较纷繁，加之涉及的脏腑性能各异、相互关系错综，故病变过程常呈无序无规而有“内伤杂病”之称。现今教科书中的内科病证常根据损伤的病位而分类为脏腑病证、气血津液病证与肢体经络病证。但若着眼于病变过程的中间或终末环节，内伤杂病的发病形式则不外乎因失运而阻滞、因失和而紊乱、因失养而虚弱。如此分类，可简化内伤杂病的病机，加强对内伤杂病病变实质的认识，加深对病证特点的理解。
阻滞
人体的气血是脏腑功能活动的产物，也是脏腑功能活动的物质基础，正常应呈现为流动不息的状态。即如朱丹溪所言：“气血冲和，万病不生。一有怫郁，诸病生焉。”可见，气血阻滞是许多疾病发生和久治不愈的内在基础。
气滞是气运行异常最为常见的形式，临床可涉及肝、肺、脾、胃等多个脏腑。其成因常见有两类：一是情志不舒，郁怒、思虑均能致气机不畅，既可独立发为郁证，临证可见精神抑郁，情绪不宁，胸胁或脘腹满闷、疼痛，痛无定处，善太息或悲忧善哭等，也可以病因或诱因的形式见于喘证、胃痛、痞满、呕吐、呃逆、泄泻、便秘、鼓胀等病证中。二是邪气阻滞，主要表现为寒凝、湿阻、痰结、食滞等，随所阻之处而发病。
此外，尚有一种较为特殊的气滞，即阳气不通，或谓之阳遏，主要因于寒、湿、痰、饮、水等阴邪阻滞，使阳气难以正常流通、敷布，无以温煦，多见闷、胀的同时还有局部怕冷，此如《金匮要略》所言：“夫心下有留饮，其人背寒冷如掌大。”
血瘀是多种实、虚因素导致的血行不畅，可见于多种疾病的发生、发展过程中。其临床表现包括面色黧黑，肌肤甲错，唇甲青紫，舌质色暗，或有瘀点、瘀斑，脉涩等。不通则痛，临床易致多个部位的疼痛，也可见于胸痹、心悸、痴呆、噎膈、鼓胀、中风、癃闭、消渴、痹证、痿证等多种病证中。此外，瘀阻日久日甚，还可引发络阻，即“久痛入络”或“久病入络”，呈现叶天士所说“气血沉混，隐伏幽深”的特点，使病证更加隐匿、缠绵难愈，多见于各种痛证、中风后遗症、痹证、痿证等病证中。
湿、痰、饮、水是津液不归正化的产物，常因所停留的部位不同而见不同症状，如湿阻于中则见脘腹满闷，可发为痞满，也可见于胃痛、呕吐、泄泻、痢疾等病证中；痰源于湿，但可随气机升降而无处不到，痰阻于肺可致咳、喘、哮等，阻于心胸可致胸痹，蒙蔽清窍可致眩晕、头痛，或痴呆、癫证等；饮留于胸肺发为支饮，留于胸胁发为悬饮，留于胃肠发为痰饮，留于四肢发为溢饮；水停泛溢肌肤可发为水肿，水积腹中可见鼓胀。当然，这些病理产物也常伴有气血的运行障碍。
当气、血、痰结聚日久，还可新生肿块，呈现留积与阻滞互为因果，积、滞交加，如气血结于腹内，可见腹内结块，其中有形、固定不移者为积证，无形、聚散无常者为聚证；气、血、痰交互壅结颈前则为瘿病，气、血、水混结于腹中则为鼓胀等。其中一些肿块日久还可蕴结成毒，发生质变而成为癌肿。
逆乱
人体是一个以五脏为中心的有机整体，各脏腑间通过生克制化，保持着互助互制、相辅相成、和谐有序的关系。要保持这种关系状态，就须赖以气的正常升降出入。一般情况下，脏腑各秉其性，各司其职，肝、脾主升，肺、胃主降，水火相济，协调配合，构成了一种动态平衡。
若气机骤然逆乱，升降乖戾，阴阳二气不相顺接，则发为厥证，可见卒然昏不知人，或伴四肢逆冷；肺气上逆可致咳、喘，胃气上逆可致呕、呃；肝气上逆、肝火上炎、肝阳上亢可致头痛、眩晕；脾气下陷则可致痞满、脱肛、癃闭等。
脏腑失和，关系失序，是内伤杂病常见的病变状态。如心火不能下降于肾，肾水不能上济于心，此为心肾不交，可见心悸、失眠等；肝气横逆，恃强凌弱，最易戕土，犯胃可致胃痛、呕吐、呃逆等，乘脾可致泄泻等。此外，营卫失和、木火刑金、火不生土等，也都是常见的脏腑、气血失调紊乱形式。
一些脏腑性喜清静而为，不耐侵扰。当遇邪滋扰，尤其是阳热之邪，这种静谧即会被打破，进而不能正常司职。如痰热、痰火、肝火等扰心，可致心悸、失眠，甚至狂证；湿热熏蒸肝胆，胆汁外溢，可致黄疸；风热或痰热扰肺，则可致咳嗽、喘证；郁火、肝阳、虚火等扰及脑窍则发为眩晕；郁火、湿热或虚火扰动精室，则发为遗精。
失养
一般而言，人体正气无非指气血阴阳，这是保证脏腑功能正常发挥、生命活动正常进行的物质基础。其中，气与阳行使着温煦、推动、防御、固摄、气化的职能，血与阴则发挥着濡润、滋养的作用。一旦出现亏虚，则可出现局部或全身的失养，进而导致功能衰减，并成为邪气侵犯、停留的内在基础，即所谓“邪之所凑，其气必虚”“至虚之处，即容邪之所”，同时也是久病不愈的内因。
气虚的基本表现为精神萎靡、倦怠乏力等。肺气虚可见咳、喘、哮等，心气虚可见心悸等，脾气虚可致呕吐、呃逆、泄泻、便秘、自汗、内伤发热等，肾气虚可致腰痛、淋证、癃闭等。
阳虚常是气虚的进一步发展，基本表现为平时畏寒肢冷或手足不温、遇寒加重等。心阳虚可致心悸、胸痹等，脾阳虚可致胃痛、泄泻、便秘、水肿等，肾阳虚可致喘证、心悸、泄泻、水肿、癃闭、血证、腰痛等。
血虚的基本表现为面色萎黄或苍白、唇甲色淡、四肢麻木等。心血虚可致心悸、失眠等，肝血虚可致眩晕、头痛等。
阴虚的基本表现为潮热、盗汗、五心烦热、舌体瘦小、舌苔少或剥、脉细数等。肺阴虚可致咳嗽、肺痨、消渴等，心阴虚可致心悸、失眠等，胃阴虚可致胃痛、呕吐、呃逆、便秘、消渴等，肝阴虚可致胁痛、中风等，肾阴虚可致消渴、眩晕、内伤发热、腰痛等。
需要指出的是，因虚致实、虚实夹杂是临床多种病变的常态。因为各种病理产物大都是脏腑虚损、难以尽职的情况下产生的，如气虚无力推运而致血瘀，阳虚无力温化而致水停，再如脾胃气虚，不仅可出现因虚而滞、因虚而逆，还可出现因虚而陷等。
上述所列举的只是内伤杂病的常见病机类别，另有几点还须注意：
1.此种分类显然不能涵盖内科病证的发病形式，如与热毒相关的肺痈、痢疾等，发病往往通过热壅血瘀、腐肉败血而形成；热盛导致出血，是由热伤血络、迫血妄行所致，等等，这就需要结合病因、病位加以具体分析。
2.上述致病形式常可相兼交织出现，既可表现为同类型间病因的交互为患，如气滞血瘀、痰气郁结、痰湿中阻、痰瘀痹阻，或气血两虚、阴阳两虚等，也常可见不同类型的相兼为病，如肝气乘脾犯胃，即是紊乱与阻滞并见；而气血阴阳亏虚作为病理基础，几乎可与其他任何致病形式并见，呈现本虚标实或虚实夹杂证。这种现象在一些病证中尤为常见，如泄泻的病机关键是“脾虚湿盛”；鼓胀的基本病理变化总属肝、脾、肾三脏受损，气滞、血瘀、水停腹中；中风的发病涉及“虚（阴虚、血虚），火（肝火、心火），风（肝风、外风），痰（风痰、湿痰），气（气逆、气滞），血（血瘀）”六端等。
3.上述致病形式既可处于病变的终末环节导致某一病证的发生，如气滞之于郁证、血瘀之于痛证、正虚之于虚劳等，但更多的是处于中间环节引发多个兼证。
4.病机类别决定着治疗的导向或侧重，如阻滞者重在疏通，留积者重在祛除，逆乱者重在调和、制约，失养者重在补益等，但这要建立在弄清发病原因、明晰发病过程的基础之上，尤其是要注重消除病因，阻断病变环节。
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