三仁汤方体现了中医治疗学中的“湿热治肺”一大法则。在藏象学说中，肺为五脏六腑之华盖，主通调水道，为水之上源。依常理推断，湿热从肺论治当为医者临证惯用之法。
然而，临证医者更为熟知的是脾居中焦，主运化水湿，湿热从中焦论治。“湿热病属阳明，太阴经者居多。”（《湿热论》）“治湿之法，古人云宜理脾、清热、利小便为上。”（《景岳全书》）很多时候，对应该从肺论治的湿热病证也每每从中焦论治。对三仁汤方从湿热弥漫三焦角度解读，也与治疗湿热不离中焦的理论认识有关。
叶天士在临证实践中认识到“温邪上受，首先犯肺。”（《温热论》）“暑热必夹湿，吸气而受，先伤于上。故仲景伤寒，先分六经；河间温热，须究三焦。大凡暑热伤气，湿著阻气。肺主一身周行之气，位高，为手太阴经。”（《临证指南医案》）吴鞠通在研读叶天士著作的基础上，尽管指出湿温病“中焦病最多”，但明确提到湿温病有在上焦者，治疗“惟以三仁汤轻开上焦肺气，盖肺主一身之气，气化则湿亦化也。”（《温病条辨》），创立三仁汤方。
后学石寿棠在《医原》中，针对外感湿热证的治疗，提出：“治法总从轻开肺气为主，肺主气，气化则湿自化，即有兼邪，亦与之俱化……湿热治肺，千古定论也。”不知石氏从何得出“千古定论”，但此语一出，“湿热治肺”被后世医家所传承。
雷丰《时病论》中在治疗湿温备用成方中列举了三仁汤和苍苓白虎汤（苍术、茯苓、石膏、知母、生甘草、粳米）等方，并指出：“三仁汤，治湿温之轻者。苍苓白虎汤，治湿温之重者。”什么是“轻者”？什么是“重者”？重用三仁汤能不能治“重者”？轻用苍苓白虎汤能不能治“轻者”？这类论述似乎不符合临床实际。实际上，三仁汤方治疗湿热困阻肺气者（在上焦），苍苓白虎汤治疗湿热困阻脾胃者（在中焦，所谓属阳明、太阴者）。
《时病论》中尚提到“清宣温化法”：“治秋时晚发之伏暑，并治湿温初起。连翘三钱（去心），杏仁二钱（去皮尖研），瓜蒌壳三钱，陈皮一钱五分，茯苓三钱，制半夏一钱，甘草五分，佩兰叶一钱。加荷叶二钱为引。”
清宣温化法，可从二陈汤加味中套出。与三仁汤方相比较，前者作用部位在肺胃，后者作用部位在肺卫。
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