目前，影响中医院发展的因素很多，但笔者认为，当前亟待破解的主要有以下几个方面。
农耕文化影响顽强
中医药学脱胎于中国传统文化，这一文化是在农业自然的生产力发展水平基础上形成的，以家族为单位，以血缘为纽带的小规模农耕现象为特征。这一基因遗传给中医药学后，主要反映为以家庭宗族为行医单元，以祖传庭训为授受手段，维护本家（医）道尊严，使中医走上秘而不宣、门派林立、理论割据、学人相轻之路，更为严重的是，这种农耕文化意识，在当今特别是基层中医院里还大有市场：疏于会诊，三级医师查房难以形成制度，病案讨论缺乏民主气氛，学术上论资排辈等。
在现代化医疗技术已向集约化、多学科、多领域协同救治疾病方向迈进时，这些落后的文化理念却把中医院的发展步伐向后紧紧攥住。
理论更新缓慢
受“崇尚过去”的中医传统文化价值取向影响，中医药学强调从过去的医学理论和医疗行为中引出现行的医疗依据，典型的表现是：理必《内经》、《难经》，法必《伤寒论》，药必《本草经》。有反叛精神的吴鞠通在他的《温病条辨》里论述温病时，也只能抬出医圣张仲景的桂枝汤来打“头阵”，采用“旧衣妆新人”的方法来减轻传统“行规”形成的压力。
几千年来，中医药传统理论指导中医医疗实践到如今，尽管典籍多如牛毛，自清至今，在理论上有重大突破的却并不多见。中医药理论的老化，致使中医药学缺乏符合时代节拍的发展指导思想，中医院的发展也就很难挣脱这种“尚古顺旧”思维的羁绊，从而使中医院在“传统”与“现代”间踟蹰不前，近现代西方医药学崛起后，这一现象显得尤为突出。
现代科技手段难以应用
一是老百姓不理解、不支持，他们对中医药的思维认识有自己的固定模式：理论上“阴阳五行”、诊断上只能是医生主观的“视、听、嗅、触”，制药必然是“汤、罐、柴、灶”，药形必定为“杂、多、黑、粗”，稍有现代色彩，即被认为非正宗中医药；二是中医药界的不少从业者，缺乏科研意识，对现代科技手段的认同度低，强烈的门阀意识，使中医药产出的科研成果难以推广运用；三是现代科技手段应用时的指标，很难用中医药语言来描述，使用它既怕被病人说成“变味”，又恐同行斥为“叛逆”，只好束之高阁；四是有的现代科技手段和成果成本高，如小袋装中药配方颗粒，且不说其制作过程是否符合传统炮制要求，单其价格就比同等中药饮片贵一些，病人难以接受；五是有的现代中医设备实用性不高，比如脉波描记器，无法准确对中医脉学理论进行合理阐释。
“科学技术是第一生产力。”在中医院的发展进程中，不仅需要中医药界跨越自身的许多障碍，还必须要有广泛的民众认同基础，没有他们的理解和支持，中医药现代科学技术成果将无法推广运用，中医院的发展也只能是一句空话。
管理功能不到位
没有规范和权威的，具有中医药特色的中医院管理理论体系，各地对中医院的管理，仍沿袭西医药学的管理原则来指导中医院的管理实践。管理系统不完善，政令难以到位，指挥系统不畅，管理人员素质参差不齐，缺乏既懂中医又懂现代医学知识和管理知识的复合型人才，西医领导中医院的现象十分普遍。
管理的目的就在于通过整体把握，科学分解，组织综合，使系统的整体效能大于各子系统效能的总和，即“管理出效益”。如果把中医院置于有中医药特色的管理体系中去，中医院的各子系统的功能反应，将会对中医药事业发展产生加倍效应。反之，没有一个健全、过硬的中医药体系管理团队，中医院就只能裹足不前。
中药质量问题突出
道地药材越来越少，代用品越来越多，假劣药材充斥市场；人工家养药材因追求高产而滥施化肥、农药，致使中药里有害成分增加而药用成分减少；中药炮制手段粗制滥造，传统炮制工艺正在消失，现代制药手段违背了中药炮制学原理的初衷；生态环境破坏，可供中药资源逐渐减少，食品、轻工、机械等行业与中医药行业争夺原源，使本来紧缺的中药更趋短少；中药种植缺乏整体规划，时而过剩，造成滥市，时而供不应求，影响临床用药；种植成本增加，中药价格攀升，新型急救中药虽在临床出现，但不少是几倍或十数倍于同类西药价格；绝大多数的常用中药仍停留在“罐罐药”水平上，服用极不方便。
“振兴中医，必先兴药”，中药质量问题已影响到中医的疗效，中药在使用上的繁琐，让病人“敬中医而远之”，使中医失掉不少行之有效的功能。
理论与实践脱节
以现行中医院校教科书为例，其《方剂学》中所列方剂，真正能在内科临床使用的比例较低。换言之，中医药基础理论对中医药临床学科的指导性不强，中医也就有了“理论医生”、“看病医生”之说，口若悬河的医生，不一定会患者盈门，而很多门庭若市的医生常常是口辞謇讷。理论医生的理论，缺乏必须的实践依据，看病医生的实践经验，上升不到具有指导性的理论高度，这几乎成了中医药学术界的一大“特色”。
理论与实践的脱节，使二者均处在十分尴尬的境地，理论成了空中楼阁，实践好象无本之木，很多中医药绝活、绝招由于没有理论作支撑，往往是“人逝经验绝”。由于理论与实践脱节，中医院校学生对传统中医理论的科学性、合理性、指导性越来越持质疑态度，中医（院）陷入“罗生门事件”越来越频繁，长此以往，青年中医必定会对中医药事业丧失信心，中医院的未来也就很难看到希望。
市场经济挑战
市场经济的一个重要特征就是市场调节的自发性，而市场调节主要通过价值规律、供求规律来实现。现在的中医院依然家底薄，技术设备相对落后，不论是竞争实力还是竞争手段都无法与现代综合医院“抗衡”。实行市场经济后，政府的政策取向，资金投放、指令下达越来越趋向于“效益（包括社会效益）化”，以中医院为代表的中医药事业想走靠政府扶持的路子将越来越窄。市场经济虽然给中医院发展提供了平台，同时也抽掉了扶持的拐杖，随时面临着市场经济的挑战。
如何更新观念，突出中医药特色，提高诊治手段和临床效验，加强科学成果的技术转化，提高中医院临床和管理工作科学化、现代化含量，取得社会的认同和支持，是市场经济向中医院发展提出的严峻挑战。解决好这些难题，中医院必将迎来更加光明的前景。
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