自古以来，有些医家据《难经》中之“经曰”或“经言”之语，有9处出自《素问》，有38处出自《灵枢》，故很多人都将《难经》看作是“解经之作”，是对《内经》的注释和补充。从思想与内容上看，《难经》与《内经》属于同一理论体系，有很多共通之处，可互为补充。但笔者认为，《难经》中同样有很多独创性的见解，发《内经》所未发，具有很高的理论价值。尤其是在藏象学方面，《难经》创意命门，详论三焦，提出元气论，对完善藏象学理论体系有着非常重要的贡献。
创意命门 详论三焦
“命门”一词首见于《内经》，但其并非指言脏腑，而是指眼目或眼中之精明穴，如“足太阳之本在跟以上五寸中，标在两络命门，命门者目也”（《灵枢·卫气》）。“太阳根起于至阴，结于命门，名曰阴中之阳。”对此，清代徐灵胎在《医贯砭》中解释曰：“目为五藏六府之精气所注，故曰命门。”这也反映了眼睛在古人心中的重要地位。
《难经》中最早提出人身有“命门”之藏，并将之明确定位在右肾。《三十六难》曰：“藏各有一耳，肾独有两者，何也？然。肾两者，非皆肾也，其左者为肾，右者为命门。命门者，诸神精之所舍，原气之所系也。故男子以藏精，女子以系胞，故知肾有一也。”由此则为后世影响深远的“命门学说”之发轫。
在《难经》中，命门是作为肾藏的一部分存在的，是右肾的别称。在传统上，《难经》常被看作是对《内经》最早的注解，这是由于《难经》的主要精力都用于以思辨的方法来化解《内经》中存在的矛盾上，“命门”这一概念的出现，就其最初的出发点，也同样是源于这一目标，即《难经》的作者为了回答“藏各有一耳，肾独有两者”这一明显的矛盾，而被提出来的。“命门”就其本质而言，仍然是肾藏的一部分，故《三十九难》曰：“其气与肾通”，因此其诸多特性均与肾藏相类。在其功能上，“命门”则主要继承了肾藏中“藏精”与“主生殖”的这一部分，故曰：“男子以藏精，女子以系胞”。此命门对《内经》概念的引申，为后世命门学说的建立提供了发展空间。
“三焦”在《内经》中的内容并不很多，其作用也较为单纯，主要是作为水液与气的运行通道。然而在《难经》中，“三焦”被单独提出加以讨论，并被赋予了更多的功能与特性。《难经》首先对三焦的解剖形状作了深入讨论，认为其“有名而无形”（《二十五难》、《三十八难》），“不属于五藏”（《三十九难》），与其他五腑不同，故称为“外府”（《三十八难》），这一思想虽在《内经》中也可见端倪，但在《难经》中才被明白无误地确定下来。对三焦的生理功能，《难经》与《内经》也有所区别，《内经》中主要强调三焦作为气血与水液运行通道的功能，但《难经》中则对此有所发展，书中特别强调了三焦具有“主持诸气”的作用（《三十八难》）。
提出元气论
《难经》提出三焦可通行作为人身生命之本的“元气”：
所以府有六者，谓三焦也，有原气之别焉，主持诸气，有名而无形，其经属手少阳。此外府也，故言府有六焉。
——《难经·三十八难》
三焦所行之俞为原者，何也？然。脐下肾间动气者，人之生命也，十二经之根本也，故名曰原。三焦者，原气之别使也，主通行三气，经历于五藏六府。原者，三焦之尊号也。故所止辄为原，五藏六府之有病者，皆取其原也。
——《难经·六十六难》
“元气”即“肾间动气”，后世医家又称之为“原气”，是人体最基本、最重要的气，是人体生命活动的原动力，《八难》曰：“所谓生气之原者，谓十二经之根本也，谓肾间动气也。此五藏六府之本，十二经脉之根，呼吸之门，三焦之原，一名守邪之神。”元气既称肾间动气，当产生于肾中所藏之精气，因而其产生部位在 “命门”中，故《三十六难》曰：“命门者，……原气之所系也。”命门作为一藏，也因此成为人身之根本。这一思想虽然始于《难经》中，但在当时，显得过于超前了，一直没有受到重视，直至一千多年后的金元时期，这一思想才逐步发展成熟起来，成为藏象学另一新理论体系的核心内容。《难经》元气论的提出，使《内经》关于气的理论不仅系统化了，而且使其内涵也更加深广。
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